ヤス（ソフトウェア）

ヤス
安定版リリース	1.14
リポジトリ	github.com/laurentnoe/yass ;
オペレーティング·システム	Linux、Mac、MS-Windows
タイプ	バイオインフォマティクスツール
ライセンス	GPLv2 セシル
Webサイト	https://bioinfo.univ-lille.fr/yass/

YASS (Yet Another Similarity Searcher) ^[1]^[2]^は、ヌクレオチド配列のペアワイズ配列アライメントソフトウェアであるフリーソフトウェアです。つまり、DNAまたはRNA配列間の類似性を検索できます。YASSは、プレーンテキストまたはFASTA形式のヌクレオチド配列を受け入れ、出力形式にはBLAST表形式出力が含まれます。YASSは、遷移制約の間隔を置いたシード k-merをいくつか使用し、感度を大幅に向上させます。YASSは、ユーザーのマシン上でローカルに使用することも、ブラウザベースのドットプロットを生成するYASSウェブサーバー上のSaaSとして使用することもできます。

参照

^ Noe L., Kucherov. G. (2005). 「YASS: DNA類似性検索の感度の向上」. Nucleic Acids Research . 33 (2): W540–W543. doi :10.1093/nar/gki478. PMC 1160238. PMID 15980530 .
^ Noe L. 、 Kucherov . G. (2004) 。「DNAローカルアラインメントのヒット基準の改善」。BMC Bioinformatics。5 : 149。doi : 10.1186 / 1471-2105-5-149。PMC 526756。PMID 15485572。
^ 「README」。 2015年4月7日閲覧。