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南フィリピン大学財団（USPF）は、以下の人々によって設立されました。
南フィリピン大学は、1927年5月14日の創立当初はサザン・インスティテュートと呼ばれていました。サザン・インスティテュートは、1927年5月29日に小学校課程と中学校課程の最初の2年間を運営する許可を得ました。当初、授業はセブ市コロン通りの賃貸ビルで行われ、生徒数は121名でした。2年後の1929年8月28日、中学校課程が政府に認可され、同校は15名の卒業生を輩出しました。
1933年、生徒数の増加に伴い、サザン・インスティテュートはマビニ通りに建てられた2階建てのコンクリート造りの校舎に移転した。同年、商学部が開設され、当初は11名の学生でスタートした。1935年には、教養学部、土木工学部、法学部が開設された。1937年2月19日、法学部は政府の認可を受けた。
1937年、サザン・インスティテュートはサザン・カレッジに名称を変更した。
1939年、当時小学校教員の需要が非常に高かったため、サザン・カレッジはジュニア・ノーマル・コースの提供を開始しました。1940年には教育学部が開設されました。ジュニア・ノーマル・コースと商学部は、1941年8月9日に政府認可第175号（1941年）を取得しました。
1942年から1944年にかけての第二次世界大戦中、管理棟の正面部分を除いて校舎は跡形もなく破壊された。キャンパスは米軍に占領された。戦後、学校は米軍から買い取った余剰資材を用いて再建された。
学校は1945年に、旧校舎が戦争で全て破壊されたため、旧校舎から3キロ離れたカンプタウ（現在のラフッグ）に再開された。学校は教養学部、法学部、教育学部のコースを提供していた。商学部と土木工学部は1946年に再開された。これらのコース全てに対する政府の認可は1947年に更新され、承認された。
1949年7月1日、サザン・カレッジは、教育学の大学院課程、具体的には教育学修士課程を運営するための政府認可第258号（1949～1950年度）を取得し、大学昇格への道が開かれました。サザン・カレッジは、 1949年7月8日に南フィリピン大学に名称変更されました。当時提供されていた大学院課程は、教育学修士、英語学修士、社会学教育学修士、英語教育学修士でした。
上記すべての拡張により、マビニキャンパスはV. Gullas通り（旧Manalili通り）とP. Burgos通りにまで広がり、そこには小学校部門が入っていたSansonホールとDoña Beatrizホール、工学部が入っていたGonzalesホール、そして家庭科棟が建っている。
1959年、株主は元の株式会社を解散し、USPを非営利の非株式財団に転換することに合意した。1959年5月28日、USPは正式にSEC（証券取引委員会）に南フィリピン大学財団として登録された。
マビニキャンパスの将来的な混雑を予測し、郊外への教育機関の分散化の傾向に着目したドン・アグスティン・ヘレサは、1962年にサリナス・ドライブにUSPラフッグキャンパスを設立した。ラフッグキャンパスは現在、同大学のメインキャンパスとなっている。
USPの創設者であるアグスティン・ヘレサ技師は1968年に亡くなりましたが、教育機会という豊かな遺産を残しました。彼の後継者たちはその使命を受け継ぎ、創設者が思い描いた大学の理想を永続させるためにあらゆる努力を尽くしています。
1970年、オスカー・ヘレザ・シニア技師が南フィリピン大学の学長に正式に就任した。同年、法学修士課程が開設され、1975年には社会福祉学修士課程が大学院のカリキュラムに追加された。
1986年、大学院は教育学博士課程の開設により規模を拡大した。
1989年1月25日、マビニキャンパスの管理棟（図書館と事務室が入っていた）が火災で全焼した。1989年から1990年にかけて、大学総長のオスカー・ジェレザ・シニア技師は、理事会がマビニキャンパスの全レベルの運営を一時的に停止することを決定したと発表した。これは、ラフッグキャンパスという1つのキャンパスに集中することでコストを削減することを目的としていた。大学は学生に対する道義的責任を認識し、1990年から1991年にかけて、すべての卒業生を対象にラフッグキャンパスで授業を行った。しかし、大学への新規入学者は受け入れられなかった。
1991年から1992年にかけて、新学長ロナルド・R・ドゥテルテ博士の指導の下、大学は学年ごとに段階的に授業を再開することを決定した。つまり、この学年度にはすべての認定コースの1年次が開講され、1992年から1993年には1年次と2年次が開講され、その後、すべての学年が開講されるまで段階的に再開された。
1995年2月、USPFはマンパワー・リソース・センターと提携し、非学術的なスキルベースの継続教育部門（現在はラーニング・リソース・センターとして知られている）を開設した。
1996年8月、有名なリサリアナ博物館を擁するUSP同窓会館が開館した。
1995年から1996年にかけて、会計学の理学士号課程は、当該課程の実施および運営に関して政府の認可を受けた。
1999年6月、法学部が再開され、環境マネジメント修士課程という新たな大学院プログラムが開設された。
2003年1月28日、高等教育委員会（CHED）は、USPFに対し、2003年6月から4年制の看護学学士課程の1年次を開設・実施するための許可を発行した。
2003年3月5日、CHEDは、2003～2004年度から4年制の情報技術学士（BSIT）課程を実施・運営するための政府承認第104号（2003年）を発行した。
2004年1月6日にアグスティン・ヘレサ・ビルディングの起工式が行われてから2年後、同ビルにはすでに看護学部、法学部、コンピュータ科学・情報技術学部、工学・建築学部、そしてエスコラスティコ・ドゥテルテ図書館が入居していた。
2004～2005年度には、オフィス管理学士、薬学学士、特別支援教育ディプロマ、専門教育ディプロマといった追加のコースが開設されました。
2005年6月10日、CHEDは、地域開発に関するポストバカロレア・ディプロマ課程および起業家精神に関する理学士課程の実施と開設に関する政府認可を発行した。
2005年12月1日、理事会は、同年11月にロナルド・R・ドゥテルテ博士が死去したことを受け、アリシア・P・カバティンガン博士を新学長に任命した。カバティンガン博士は、大学の様々なプログラムがPACUCOA（フィリピン大学・カレッジ認定機関）の認定を受けるための道を開いた。
2006年2月、人文科学部と教育学部は、PACUCOAレベルIの認定を無事取得しました。
2007～2008年度、USPFは国内で最も権威のある資格試験のうち2つでトップの成績を収めた。同年、同大学はマビニキャンパスとラフッグキャンパスの経営学部、コンピュータ科学・情報技術学部、基礎教育学部の認定手続きを完了した。
2017 年 7 月 1 日、アリシア P. カバティンガン博士の退職後、Atty.パウリノ・A・ヤバオ氏が新学長に就任した。
2017年、ラフッグキャンパスへのCCTVの設置は、保健・安全・警備部門によって完了しました。SHSラフッグは、すべての技術職業生活コースでTESDA NCIIアセスメントの合格率100%を達成しました。看護学部は、2017年6月のフィリピン看護師免許試験（PNLE）で合格率100%、2017年11月のPNLEで87.50%を達成しました。
SHS Lahugは2018年3月に最初の卒業式を挙行した。
2018年6月、ラフッグ小学校は教育省の政府認定を再取得しました。また、同大学は同年度から高校でCanvas LMSの試験運用を開始しました。
政府の免許試験を伴うコースの合格率向上を目的とした、改善された委員会／司法試験対策プログラムが2018年8月28日に開始されました。看護学部2018年卒業生は、フィリピン看護師免許試験（PNLE）で81.25%の合格率を達成しました。
2018～2019年度の第2学期より、本学はCHED（高等教育委員会）から経営管理コースにおけるETEEAP（高等教育資格取得プログラム）の提供許可を取得した。
2018年12月、コンピュータ学部は革新的な研究に関するロックトン・レガシー賞の最優秀賞を受賞し、2019年1月に授与され、2020年12月にPACUCOA（ペンシルベニア州立大学コンピュータ学部協会）から表彰されました。
2019年5月、品質保証室は組織再編を実施しました。研究・企画・開発センターとその研究プログラムも2019-2020年度前期に組織再編を行い、その結果、同学期中に研究倫理委員会の設置が必要となりました。2019年6月からは、SHSおよび高等教育部門がCanvas LMSの利用を開始しました。
2019年8月、社会福祉学部はソーシャルワーカー資格試験で上位5位と7位を獲得しました。また、経営学部の経営学修士課程は同月、政府認定（GR）を取得しました。
2019年9月10日～12日に、以下のプログラムが視察され、PACUCOAの認定を受けました。
また、ラーニングリソースセンターはTESDAによる再評価を受け、以下のプログラムについてTESDA認定評価センターとして継続することが承認されました：フード＆ビバレッジサービスNC II、パン＆ペストリー製造NC II、バリスタNC II、調理NC II、ハウスキーピングNC II。
2019年11月、ラフッグ小学校はPACUCOAレベルIIIの再認定を受けました。看護学部2019年卒業生は、フィリピン看護師免許試験（PNLE）で90.91%の合格率を達成しました。
2019年11月13日、USPFはフィリピンNGO認証評議会（Philippine Council for NGO Certification, Inc.）より寄付受領団体としての資格を付与されました。
2019年、保健・安全・警備部門は大学災害リスク軽減管理チーム（UDRRMT）を発足させ、両キャンパスへのCCTV（監視カメラ）の設置を完了した。
2020年1月、看護学部はPACUCOAレベル1の認定を取得しました。
2020年2月21日、内国歳入庁はUSPFに認定寄付受領者資格を付与した。
ガイダンス・テストサービスセンターは、2020年にCOVID-19に関するメンタルヘルス支援を最適化するため、タングラウ・メンタルヘルスと提携を結んだ。
2020年8月、基礎教育部門はC&E社のExcelloおよびKite LMSの利用を開始した。
SBMの経営会計学士課程（BSMA）は、2020～2021年度から1年次から3年次までの課程について、暫定許可（TP）を取得しました。
2020年12月、PACUCOAは、ラフッグ小学校を第7地域で初めてレベルIII再認定を受けた小学校プログラムとして、またラフッグ中学校を第7地域で初めてレベルIII再認定を受けた高校プログラムとして認定しました。ラフッグ高校は、すべての技術職業生活コースにおいて、TESDA NCIIアセスメントの合格率100%を達成し続けています。
経営会計学部の起業家精神学士課程は、2021～2022年度前期より政府許可を取得しました。
マビニキャンパスは、PACUCOAレベルII第2回再認定審査に備え、大規模な改修工事を実施しました。この審査は、2020～2021年度の第2学期に無事実施されました。
専攻分野：
専攻分野：
教員養成学部
専攻：英語／科学
芸術科学部
資格取得コース
南フィリピン大学財団技術教育技能センター（旧称：USPFラーニングリソースセンター）は、技術教育技能開発庁（TESDA）認定の評価センターであり、技術職業教育訓練（TVET）プログラムを提供しています。
USPF TESCで提供されているTESDA認定の短期コースは以下のとおりです。
ラフッグキャンパスとマビニキャンパスの基礎教育部門は、幼稚園から高校までの教育課程を網羅しており、教育省が定める学習能力基準を遵守しています。生徒への質の高い教育を継続的に提供するため、ラフッグキャンパスの小学校と中学校はPACUCOAレベルIIIの初回再認定を受け、マビニキャンパスはPACUCOAレベルIIの2回目の再認定を受けています。
中学校プログラムはESC参加校であり、7年生から10年生まで政府からの補助金を受けています。
この高等学校は、教育省とPEAC（ペンシルベニア州教育諮問委員会）による高等学校バウチャープログラムの受給校であり、以下のコースを提供しています。