UCベース

UCベース2.0
コンテンツ
説明	超保存配列データベース。
生物	ホモ・サピエンス; ハツカネズミ; ドブネズミ
接触
研究センター	オハイオ州立大学
研究室	カルロ・M・クローチェ教授（医学博士）
著者	クリスティアン・タッチョーリ教授、博士
主な引用	Taccioli, C. et al. (2014)
発売日	2014
アクセス
Webサイト	翻訳元
その他
データ公開; 頻度	6ヶ月

UCbase は、2004 年に Bejerano, G. et al. ^[2]によって初めて記述された超保存配列(UCR または UCE)のデータベースです。これらは、ヒト、マウス、ラットの間で 100% の同一性を共有する高度に保存されたゲノム領域です。UCR は 200 塩基より長い 481 の配列です。これらは、がんに関係するゲノム領域に位置することが多く、ヒトの白血病や癌で差次的に発現し、場合によってはマイクロ RNA によって制御されます。^[3] UCbase の最初のリリースは、2009 年に Taccioli, C. et al. によって公開されました。^[4]最近の更新には、hg19 ヒトゲノムに基づく新しい注釈、SNOMED CT分類を使用した染色体座標に関連する疾患に関する情報、SNP を検索するためのクエリツール、および MySQL インターフェイスを使用してデータベースを直接照会するための新しいテキストボックスが含まれています。さらに、配列比較ツールにより、研究者は選択した配列を、特定の疾患に関与するゲノム領域にある超保存要素と照合することができます。UCR染色体座標のインタラクティブな視覚的解釈を容易にするために、著者らはUCbaseのグラフ視覚化機能を実装し、UCSCゲノムブラウザへのリンクを作成しました。UCbase 2.0は、UCRのみに焦点を当てており、マイクロRNA（miRNA）情報は提供していません。UCbase 2.0の公式リリースは2014年に公開されました。^[1]

参照

配列の保存

参考文献

^ ロモナコ、ヴィンチェンツォ;マルトーリア R;マンドレオリ F;アンデルッチ・L;エメット・W;ビッチャートS;タッチョリ C. (2009 年 1 月)。「UCbase 2.0: 超保存配列データベース (2014 年更新)」。データベース。2014：バウ062。土井：10.1093/database/bau062。PMC 4064129。PMID 24951797。
^ Bejerano, Gill; Pheasant M; Makunin I; Stephen S; Kent WJ; Mattick JS; Haussler D. (2004 年 5 月). 「ヒトゲノムにおける超保存的要素」. Science . 304 (5675): 1321–5. Bibcode :2004Sci...304.1321B. CiteSeerX 10.1.1.380.9305 . doi :10.1126/science.1098119. PMID 15131266. S2CID 2790337.
^ カリン・GA、リュー・CG、フェラシン・M、ヒスロップ・T、スピッツォ・R、セヴィニャーニ・C、ファッブリ・M、チンミーノ・A、リー・EJ、ウォジク・SE、清水M、ティリ・E、ロッシ・S、タッチョーリ・C、ピキオーリ・F、リュー・X、ズポS、ヘルレア V、グラマンティエーリ L、ランザ G、アルダー H、ラッセンティ L、ヴォリーニア S、シュミットゲンTD、キップス TJ、ネグリーニ M、クローチェ CM (2007 年 9 月)。「ヒトの白血病や癌では、ncRNAをコードする超保存領域が変化している」。がん細胞。12 (3): 215-29。土井：10.1016/j.ccr.2007.07.027。PMID 17785203。
^ タッチョーリ C、ファッブリ E、ヴィゾーネ R、ヴォリニア S、カリン GA、フォン LY、ガンバリ R、ボットーニ A、アクンツォ M、ハーガン J、イオリオ MV、ピオバン C、ロマーノ G、クローチェ CM (2009 年 1 月)。「UCbase & miRfunc: 超保存配列とマイクロRNA機能のデータベース」。核酸研究37 (データベースの問題): D41–8。土井：10.1093/nar/gkn702。PMC 2686429。PMID 18945703。

外部リンク

https://web.archive.org/web/20191109191155/http://ucbase.unimore.it/ (アーカイブ)
http://ultraconserved.org

[Taccioli2014-1] ロモナコ、ヴィンチェンツォ;マルトーリア R;マンドレオリ F;アンデルッチ・L;エメット・W;ビッチャートS;タッチョリ C. (2009 年 1 月)。「UCbase 2.0: 超保存配列データベース (2014 年更新)」。データベース。2014：バウ062。土井：10.1093/database/bau062。PMC 4064129。PMID 24951797。

[Bejerano-2] Bejerano, Gill; Pheasant M; Makunin I; Stephen S; Kent WJ; Mattick JS; Haussler D. (2004 年 5 月). 「ヒトゲノムにおける超保存的要素」. Science . 304 (5675): 1321–5. Bibcode :2004Sci...304.1321B. CiteSeerX 10.1.1.380.9305 . doi :10.1126/science.1098119. PMID 15131266. S2CID 2790337.

[Calin-3] カリン・GA、リュー・CG、フェラシン・M、ヒスロップ・T、スピッツォ・R、セヴィニャーニ・C、ファッブリ・M、チンミーノ・A、リー・EJ、ウォジク・SE、清水M、ティリ・E、ロッシ・S、タッチョーリ・C、ピキオーリ・F、リュー・X、ズポS、ヘルレア V、グラマンティエーリ L、ランザ G、アルダー H、ラッセンティ L、ヴォリーニア S、シュミットゲンTD、キップス TJ、ネグリーニ M、クローチェ CM (2007 年 9 月)。「ヒトの白血病や癌では、ncRNAをコードする超保存領域が変化している」。がん細胞。12 (3): 215-29。土井：10.1016/j.ccr.2007.07.027。PMID 17785203。

[Taccioli-4] タッチョーリ C、ファッブリ E、ヴィゾーネ R、ヴォリニア S、カリン GA、フォン LY、ガンバリ R、ボットーニ A、アクンツォ M、ハーガン J、イオリオ MV、ピオバン C、ロマーノ G、クローチェ CM (2009 年 1 月)。「UCbase & miRfunc: 超保存配列とマイクロRNA機能のデータベース」。核酸研究37 (データベースの問題): D41–8。土井：10.1093/nar/gkn702。PMC 2686429。PMID 18945703。