質量クロマトグラムは、質量分析データをクロマトグラムとして表現したもので、x軸は時間、y軸は信号強度を表します。[ 1 ]ソースデータには質量情報が含まれていますが、質量クロマトグラムでは信号強度と時間の関係を視覚化するために、質量情報はグラフィカルには表現されません。このデータ表現の最も一般的な用途は、質量分析を液体クロマトグラフィー質量分析法やガスクロマトグラフィー質量分析法などの何らかのクロマトグラフィーと組み合わせて使用する場合です。この場合、x軸は他のクロマトグラムと同様に保持時間を表します。y軸は信号強度または相対信号強度を表します。この強度が表す可能性のある指標の種類は、各質量スペクトルから抽出される情報によって異なります。

全イオン電流クロマトグラム(TICC)は、分析の各ポイントで検出される質量範囲全体にわたる合計強度を表します。[ 2 ] [ 3 ]通常、質量電荷比は数百以上です。複雑なサンプルでは、複数の分析対象物が同時に溶出するため、個々の種が不明瞭になり、TICCから得られる情報は限られることがよくあります。

ベースピーククロマトグラムは TICC と似ていますが、各スペクトルで最も強度の高いピークのみを監視します。[ 4 ] [ 3 ]これは、ベースピーククロマトグラムが分析の各ポイントで最も強度の高いピークの強度を表すことを意味します。ベースピーククロマトグラムは、各ポイントで単一の分析対象物に焦点を当てることでバックグラウンドが低減されるため、TIC クロマトグラムよりも見やすく、情報量が多くなります。

抽出イオンクロマトグラム(EICまたはXIC)は、再構成イオンクロマトグラム(RIC)とも呼ばれ、クロマトグラフィー実行の全データセットから、1つ以上の関心のある分析対象物を表す1つ以上のm/z値が回収(「抽出」)されます。[ 3 ]分析の各ポイントで、特定の分析対象物の質量電荷比を中心とした質量許容ウィンドウ内の総強度またはベースピーク強度がプロットされます。質量許容ウィンドウのサイズは、通常、データを収集する機器の質量精度と質量分解能に依存します。これは、これまで疑われていなかった分析対象物を検出するためにデータを再検討したり、潜在的な異性体を強調したり、疑われる共溶出物質を分離したり、関心のある化合物のクリーンなクロマトグラムを提供したりするのに役立ちます。抽出イオンクロマトグラムは、事後に、時間の経過に伴う完全な質量スペクトルを含むデータファイルから関心のあるイオンを分離することによって生成されます。これは、後述する選択イオンクロマトグラムとは異なります。選択イオンクロマトグラムでは、特定のm/z値のみのデータが収集されます。これと密接に関連する用語として、抽出化合物クロマトグラム(ECC)があります。
選択イオンモニタリング(SIM)クロマトグラムは、質量分析計がSIMモードで動作し、分析で事前に選択されたm/z値のみが検出される点を除いて、EIC/XICに似ています。[ 5 ] SIM実験は、質量分析計(MS)またはタンデム質量分析計(MS/MS)を使用して実行できます。これらはMS装置でより一般的です。これは、上記の抽出イオンクロマトグラムとは大きく異なり、SIM実験では目的のイオンのデータのみが収集されます。抽出イオンクロマトグラム(EICまたはXIC)では、実行中に質量範囲全体のデータが収集され、実行完了後に目的の分析対象物が調べられます。
選択反応モニタリング(SRM) 実験は、タンデム質量分析法を使用し、特定の親イオンの特定の生成イオンを検出する点を除いて、SIM 実験と非常によく似ています。 [ 3 ]まず、親分析物の質量が選択され、他のイオンはフィルターで除去されます。次に、親分析物イオンが気相でフラグメント化され、特定のフラグメントイオンがモニタリングされます。この実験は、SRM クロマトグラムが非常に特定の生成質量を生成する方法でフラグメント化された特定の質量のイオンのみを表すため、非常に高い特異性を持っています。このタイプの実験は、タンデム質量分析法を使用してのみ実行できます。MS/MS 分野の技術進歩により、MRM (多重反応モニタリング) が開発され、異なる親イオンおよび/または生成イオンを持つ複数の共溶出分析物を同時に検出できるようになりました。