スターデンパッケージ

Stadenパッケージは、DNA配列のアセンブリ、編集、および配列解析のためのツールセットであるコンピュータソフトウェアです。オープンソースソフトウェアであり、BSD 3条項ライセンスの下でリリースされています。

パッケージコンポーネント

Stadenパッケージは、複数の異なるプログラムで構成されています。主な構成要素は以下のとおりです。

pregap4 – Phredによる塩基コール、末端クリッピング、およびベクトルトリミング
trev – トレースの表示と編集
gap4 – 配列アセンブリ、コンティグ編集、および仕上げ
gap5 – NGSデータのアセンブリ可視化、編集、および仕上げ^{[ 1 ]}
Spin – DNAおよびタンパク質配列解析

歴史

Staden Package は、1977 年以来、英国ケンブリッジの医学研究評議会(MRC)分子生物学研究所の Rodger Staden の研究グループによって開発されました。 ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}このパッケージは学術ユーザーに無料で提供され、2003 年に 2,500 のライセンスが発行され、開発資金が終了した時点で推定 10,000 人のユーザーがいました。^{[ 5 ]}このパッケージは 2004 年にオープンソース化され、それ以来いくつかの新しいバージョンがリリースされています。

活発な開発期間中、Stadenグループは、SCFファイル形式^{[ 6 ]} 、正確なコンセンサス配列を生成するための配列品質スコアの使用^{[ 7 ]}、ZTRファイル形式^{[ 8 ]など、広く使用されているファイル形式やアイデアを多数発表しました。}

参考文献

↑ Bonfield JK、Whitwham A ( 2010 )。「Gap5—10億個の断片配列アセンブリの編集」。Bioinformatics。26 ( 14 ): 1699–1703。doi : 10.1093/bioinformatics / btq268。PMC 2894512。PMID 20513662。
↑ Staden R (1979). "コンピュータプログラムを用いたDNA配列決定戦略" . Nucleic Acids Res . 6 (7): 2601–2610 . doi : 10.1093/nar/6.7.2601 . PMC 327874. PMID 461197 .
↑ Staden R (1984). 「DNA配列の決定と分析を支援するコンピュータ手法」. Biochem Soc Trans . 12 (6): 1005–1008 . doi : 10.1042/bst0121005 . PMID 6397374 .
↑ Staden R、Beal KF、Bonfield JK (2000)。Stadenパッケージ、1998年。Methods Mol Biol. Vol. 132. pp. 115–130 . doi : 10.1385/1-59259-192-2:115 . ISBN 1-59259-192-2PMID 10547834
↑ 「英国のMRCがStadenパッケージへの支援を終了：HGP後の資金提供優先順位変更の最初の兆候？」。Genomeweb。Genomeweb LLC。2003年5月5日。 2016年11月15日取得。
↑ Dear S、 Staden R (1992)。「DNAシーケンシング機器からのデータのための標準ファイル形式」。DNA Seq。3 ( 2 ): 107–110。doi : 10.3109 /10425179209034003。PMID 1457811。
↑ Bonfield JK、Staden R (1995)。「DNAシーケンスプロジェクトへの塩基コール精度の数値推定値の適用」。Nucleic Acids Res。23 ( 8): 1406–1410。doi : 10.1093/nar/ 23.8.1406。PMC 306869。PMID 7753633。
↑ Bonfield JK、Staden R (2002)。「 ZTR: DNA配列トレースデータの新しいフォーマット」。Bioinformatics。18 (1 ) : 3– 10。doi : 10.1093/bioinformatics/ 18.1.3。PMID 11836205。

外部リンク

公式サイト

[Bonfield2010-1] Bonfield JK、Whitwham A ( 2010 )。「Gap5—10億個の断片配列アセンブリの編集」。Bioinformatics。26 ( 14 ): 1699–1703。doi : 10.1093/bioinformatics / btq268。PMC 2894512。PMID 20513662。

[Staden1979ay-2] Staden R (1979). "コンピュータプログラムを用いたDNA配列決定戦略" . Nucleic Acids Res . 6 (7): 2601–2610 . doi : 10.1093/nar/6.7.2601 . PMC 327874. PMID 461197 .

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[5] 「英国のMRCがStadenパッケージへの支援を終了：HGP後の資金提供優先順位変更の最初の兆候？」。Genomeweb。Genomeweb LLC。2003年5月5日。 2016年11月15日取得。

[Dear1992il-6] Dear S、 Staden R (1992)。「DNAシーケンシング機器からのデータのための標準ファイル形式」。DNA Seq。3 ( 2 ): 107–110。doi : 10.3109 /10425179209034003。PMID 1457811。

[Bonfield1995jx-7] Bonfield JK、Staden R (1995)。「DNAシーケンスプロジェクトへの塩基コール精度の数値推定値の適用」。Nucleic Acids Res。23 ( 8): 1406–1410。doi : 10.1093/nar/ 23.8.1406。PMC 306869。PMID 7753633。

[Bonfield2002rf-8] Bonfield JK、Staden R (2002)。「 ZTR: DNA配列トレースデータの新しいフォーマット」。Bioinformatics。18 (1 ) : 3– 10。doi : 10.1093/bioinformatics/ 18.1.3。PMID 11836205。

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[ 7 ]

[ 8 ]など、広く使用されているファイル形式やアイデアを多数発表しました。

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関連項目

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