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セマンティック自動検出および統合( SADI ) [1] [2]は、バイオインフォマティクスやその他の科学分野で一般的に見られるタイプのサービスの公開を簡素化する、標準に完全準拠したセマンティック Web サービス設計パターンの軽量セットです。SADI サービスは、Web サービス「スタック」のすべてのレベルでセマンティック Webテクノロジを活用します。サービスはOWL-DLで記述され、OWL クラスのプロパティ制限を使用して、入力データと出力データに期待されるプロパティを定義します。SADI サービスの呼び出しは、定義された入力 OWL クラスのOWL 個体(「インスタンス」) を表すRDFデータのHTTP POSTを通じて行われ、結果として得られる出力データは、定義された出力 OWL クラスの OWL 個体になります。
SADI 設計パターンは、サービスの動作に単一の一意の制約を課します。つまり、入力の個々のURIと出力の個々の URI は同一でなければなりません。この制約の結果、サービス プロバイダーは、定義された述語を介して出力を入力に接続する必要があります。つまり、出力は入力に関するものであり、入力と出力の関係は明示的です。このように、SADI サービスは、サービスの入力と出力を関連付ける新しいリンク データのソースとなり、SADI サービスのチェーンは、途切れることのないリンク データ グラフを生成します。
SADIは、バイオインフォマティクス データ統合 の多くのケーススタディ[3] [4] [5] や、臨床情報学の分野でのリレーショナルデータのセマンティッククエリに使用されています。[6]
ソフトウェア
- SADIサービスを構築するためのJavaおよびPerlライブラリ[7]
- SHARE - SADIサービス用のSPARQLクエリエンジン[8]
参考文献
- ^ Wilkinson, Mark; Vandervalk, Benjamin; McCarthy, Luke (2011). 「セマンティック自動検出および統合 (SADI) Web サービス設計パターン、API、およびリファレンス実装」J Biomed Semantics . 2 (1): 8. doi : 10.1186/2041-1480-2-8 . PMC 3212890 . PMID 22024447.
- ^ 「SADI フレームワーク Web サイト」。
- ^ Riazanov, Alexandre; Laurila, Jonas Bergman; Baker, Christopher JO (2011). 「SADI セマンティック Web サービス フレームワークを使用した突然変異の影響テキストマイニング ソフトウェアの導入」BMC Bioinformatics . 12(Supl 4) (Suppl 4): 18. doi : 10.1186/1471-2105-12-S4-S6 . PMC 3194198 . PMID 21992079.
- ^ Chepelev, Leonid L; Riazanov, Alexandre; Kouznetsov, Alexandre; Low, Hong Sang; Dumontier, Michel; Baker, Christopher JO (2011). 「脂質学における自動小分子分類および注釈のためのプロトタイプセマンティックインフラストラクチャ」BMC Bioinformatics . 12 : 14. doi : 10.1186/1471-2105-12-303 . PMC 3163564 . PMID 21791100.
- ^ Riazanov, Alexandre; Hindle, Matthew M; Goudreau, E Scott; Martyniuk, Christopher J; Baker, Christopher JO (2012). 生態毒性データフェデレーションと SADI セマンティック Web サービス(PDF)。生命科学のためのセマンティック Web アプリケーションとツール。p. 18。
- ^ Riazanov, Alexandre; Klein, Artjom; Shaban-Nejad, Arash; Rose, Gregory W; Forster, Alan J; Buckeridge, David L; Baker, Christopher JO (2013). 「臨床インテリジェンスのためのリレーショナルデータのセマンティッククエリ:セマンティックWebサービスベースのアプローチ」J Biomed Semantics . 4 (1): 19. doi : 10.1186/2041-1480-4-9 . PMC 3698140 . PMID 23497556.
- ^ 「SADI フレームワーク Web サイト: Building Services」。
- ^ Ben Vandervalk. 「SHARE システム。分散バイオインフォマティクス データベースとソフトウェア間でクエリを評価するためのセマンティック Web ベースのアプローチ、修士論文」(PDF)。
