レア（パイプライン）

レア

開発者	イリアス・ラグヴァルドス、サンドラ・フィッシャー、ニーラジ・クマール、トーマス・クラベル
初回リリース	2016年11月16日 ( 2016-11-16 )
安定リリース	1.1.0
書かれた	R
オペレーティング·システム	Windows、macOS、Ubuntu、Fedora、Red Hat Linux、openSUSE
ライセンス	MITライセンス
Webサイト	https://lagkouvardos.github.io/Rhea/

Rhea ^{[1]は、微生物プロファイルの分析用に}R言語で書かれたバイオインフォマティクスパイプライン です。2016年末にリリースされ、GitHubリポジトリを通じて公開されています。^[2]

パイプラインには、運用分類単位(OTU) テーブルから始まり、次の一般的な分析手順を実行するスクリプトが含まれています。

1. OTU表の正規化
2. 各サンプルのアルファ多様性の計算
3. PCoAによるベータ多様性の計算と結果の視覚化
4. 分類上の分類
5. 統計的検定
6. 相関分析

Rhea という名前は、主に開発全体で使用されるR言語への音声的および視覚的なリンクとしてパイプラインに付けられました。さらに、元の出版物に記載されているように、 ^{[1]この名前は、スクリプトの流れと進化の性質を反映するために選択されました。これは、「流れ」が神話の女神}Rheaの名前の語源の 1 つであると考えられているためです。