系統樹BとCには多分岐が含まれており、これは1つのノードから複数の枝が分岐していることを意味する。系統樹の内部ノードは、( i) 根付きツリーにあり、3 つ以上の子サブツリーにリンクされている場合、または (ii) 根なしツリーにあり、4 つ以上の枝に接続されている場合、多分岐または多重分岐として記述されます。[ 1 ] [ 2 ]
ソフトポリトミウス vs. ハードポリトミウス
多分岐には、ソフト多分岐とハード多分岐の2種類が認められている。[ 3 ] [ 4 ]
ソフトポリトミーは、系統発生情報が不十分な結果生じるものです。系統は異なる時期に分岐したため、一部の系統は他の系統よりも近縁であるにもかかわらず、利用可能なデータではこれを認識できません。ほとんどのポリトミーはソフトであり、より良いデータがあれば、典型的な二分法のツリーに解決されるでしょう。[ 5 ]
それに対し、ハードポリトミーは、3つ以上の系統の真の分岐事象を表す。
アプリケーション
多分岐の解釈は、系統樹に示されている個体によって異なる。
分子多分岐
特定の遺伝子のDNA配列データから系統樹を再構築する場合、3つ以上のサンプリングされた遺伝子が祖先生物の単一の遺伝子に由来する場合にハードポリトミーが発生します。対照的に、ソフトポリトミーは、有限の時間的期間を持つ遺伝子ツリー上の枝で、置換が発生していない場合に発生します。[ 7 ]
参考文献
- ↑ハンコック、ジョン M.、ズヴェレビル、マルケタ J. 編 (2004 年 7 月 15 日)。バイオインフォマティクスおよび計算生物学辞典。米国ニュージャージー州ホーボーケン：ジョン・ワイリー・アンド・サンズ社。doi : 10.1002 / 0471650129。ISBN 978-0-471-65012-6。
- ↑ Drummond, Alexei J.; Bouckaert, Remco R. (2015). Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST . Cambridge: Cambridge University Press. doi : 10.1017/cbo9781139095112 . ISBN 978-1-139-09511-2。
- ↑ Purvis, A.、および T. Garland, Jr. 1993. 連続形質の比較分析における多分岐。Systematic Biology 42:569–575.
- ↑ Slowinski, Joseph B. (2001-04-01). "分子多分岐" . Molecular Phylogenetics and Evolution . 19 (1): 114– 120. doi : 10.1006/mpev.2000.0897 . ISSN 1055-7903 . PMID 11286496 .
- ↑ 「系統樹を読む：系統発生の熊手」カリフォルニア大学バークレー校。 2016年11月6日取得。
- ↑ 「系統樹を読む：系統発生の熊手」。evolution.berkeley.edu。2020年3月27日取得。
- ↑ Slowinski, Joseph B. (2001-04-01). "分子多分岐" . Molecular Phylogenetics and Evolution . 19 (1): 114– 120. doi : 10.1006/mpev.2000.0897 . ISSN 1055-7903 . PMID 11286496 .
外部リンク
- http://biology.fullerton.edu/biol404/phylo/polytomies.html
