羽毛

羽毛
開発者	マックス・ボノミ、ジョバンニ・ブッシ、カルロ・カミッローニ、ガレス・トリベッロ
初回リリース	2009年; 15年前
安定版リリース	2.9.1 / 2024年6月3日; 5か月前
リポジトリ	github.com/plumed/plumed2
書かれた	C++ ( C、Fortran、Pythonのバインディングも利用可能)
オペレーティング·システム	Linux、macOS
タイプ	分子動力学
ライセンス	GNU LGPL
Webサイト	詳しくはこちら

PLUMEDは、分子動力学シミュレーション用の拡張サンプリングアルゴリズム、さまざまな自由エネルギー法、および解析ツールを実装したオープンソースライブラリです。ACEMD、 AMBER、DL_POLY、GROMACS、LAMMPS、NAMD、OpenMM、ABIN、CP2K、i-PI、PINY-MD、Quantum ESPRESSOと一緒に使用するように設計されていますが、解析および可視化ツールのVMD、HTMD、OpenPathSamplingと一緒に使用することもできます。 ^[1]^[2]

さらに、PLUMEDは分子動力学軌道の解析のためのスタンドアロンツールとしても使用できます。METAGUIと呼ばれるグラフィカルユーザーインターフェイスが利用可能です。^[3]

集合変数

PLUMEDは、角度、位置、距離、相互作用エネルギー、総エネルギーなど、分子動力学シミュレーション中に発生する複雑なプロセスの説明として機能する集合変数の大規模なコレクションを提供します。^[4]

参考文献

^ ボノミ、マッシミリアーノ;ブランドゥアルディ、ダヴィデ;ブッシ、ジョバンニ。カミッローニ、カルロ。プロヴァシ、ダビデ。ライテリ、パオロ。ドナディオ、ダビデ。マリネッリ、ファブリツィオ。ピエトルッチ、ファビオ (2009-10-01)。「PLUMED: 分子動力学による自由エネルギー計算のためのポータブルプラグイン」。コンピュータ物理通信。180 (10): 1961 ～ 1972 年。arXiv : 0902.0874。Bibcode :2009CoPhC.180.1961B。土井：10.1016/j.cpc.2009.05.011。ISSN 0010-4655。S2CID 4852774。
^ Tribello, Gareth A.; Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Camilloni, Carlo; Bussi, Giovanni (2014-02-01). 「PLUMED 2: 古い鳥の新しい羽」. Computer Physics Communications . 185 (2): 604–613. arXiv : 1310.0980 . Bibcode :2014CoPhC.185..604T. doi :10.1016/j.cpc.2013.09.018. ISSN 0010-4655. S2CID 17904052.
^ Biarnés, Xevi; Pietrucci, Fabio; Marinelli, Fabrizio; Laio, Alessandro (2012-01-01). 「METAGUI. メタダイナミクスおよび分子動力学シミュレーションを分析するための VMD インターフェイス」. Computer Physics Communications . 183 (1): 203–211. Bibcode :2012CoPhC.183..203B. doi :10.1016/j.cpc.2011.08.020. ISSN 0010-4655.
^ 「PLUMED: はじめに」www.plumed.org . 2019年5月23日閲覧。

外部リンク

公式サイト
メタギ

[1] ボノミ、マッシミリアーノ;ブランドゥアルディ、ダヴィデ;ブッシ、ジョバンニ。カミッローニ、カルロ。プロヴァシ、ダビデ。ライテリ、パオロ。ドナディオ、ダビデ。マリネッリ、ファブリツィオ。ピエトルッチ、ファビオ (2009-10-01)。「PLUMED: 分子動力学による自由エネルギー計算のためのポータブルプラグイン」。コンピュータ物理通信。180 (10): 1961 ～ 1972 年。arXiv : 0902.0874。Bibcode :2009CoPhC.180.1961B。土井：10.1016/j.cpc.2009.05.011。ISSN 0010-4655。S2CID 4852774。

[2] Tribello, Gareth A.; Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Camilloni, Carlo; Bussi, Giovanni (2014-02-01). 「PLUMED 2: 古い鳥の新しい羽」. Computer Physics Communications . 185 (2): 604–613. arXiv : 1310.0980 . Bibcode :2014CoPhC.185..604T. doi :10.1016/j.cpc.2013.09.018. ISSN 0010-4655. S2CID 17904052.

[3] Biarnés, Xevi; Pietrucci, Fabio; Marinelli, Fabrizio; Laio, Alessandro (2012-01-01). 「METAGUI. メタダイナミクスおよび分子動力学シミュレーションを分析するための VMD インターフェイス」. Computer Physics Communications . 183 (1): 203–211. Bibcode :2012CoPhC.183..203B. doi :10.1016/j.cpc.2011.08.020. ISSN 0010-4655.

[4] 「PLUMED: はじめに」www.plumed.org . 2019年5月23日閲覧。