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ニコラウス3世、メクレンブルク領主（1230年以降- 1289年または1290年6月8日）は、1264年から1289年までメクレンブルク領主であった。
彼はヨハン1世と、ヘンネベルク伯ポッポ7世の娘である妻ルイトガルト・フォン・ヘンネベルク（1210年 - 1267年）の息子であった。1266年1月9日、リューベック大聖堂の参事会員に任命された。1269年にはヴィスマールの聖マリア教会の司祭も務めた。
ヘンリー1世が聖地巡礼中に捕虜となった際、ニコラス3世とその弟ジョン2世がヘンリーの未成年の息子たちの摂政を務めた。彼が生存していたことが最後に記録されているのは、1289年4月2日付の文書である。
彼は1289年または1290年の6月8日に亡くなり、ドーベラン大聖堂に埋葬された。