結核構造ゲノミクスコンソーシアム(TBSGC)は、2000年にタンパク質構造イニシアチブの一環として設立された、結核菌のタンパク質の3次元構造を決定することで結核の診断と治療の基盤を開発する世界的な科学者コンソーシアムです。[1] [2]コンソーシアムは、結核生物学コミュニティにとって大きな関心事であるタンパク質の構造を解明することを目指しています。[3]コンソーシアムの主な目標は、結核ゲノム内のすべてのORFの推定機能を明らかにすることです。
活動
2006 年 6 月現在、82 個の TB タンパク質構造が決定されており、そのうち 15 個は 2006 年 1 月 1 日以降に決定されたものです。この情報を使用して構築された構造と機能に関する情報をリンクしたデータベースは、 M. tuberculosis の病因の理解と構造に基づく薬剤設計のための永続的な基盤となります。[引用が必要]
2006 年 6 月現在、TB 構造ゲノミクス コンソーシアムは、15 か国 83 機関の 148 の研究室の 430 人のアクティブ メンバーで構成されています。[3]コンソーシアムの研究室は、タンパク質データ バンクの全タンパク質構造の 3.3% を共同で担当しており、方法開発の広範な記録を持っています。コンソーシアムのメンバーは、超好熱菌の構造ゲノミクスに関するパイロット プロジェクトを実行し、構造決定プロセスのボトルネックを特定し、ハイスループット構造決定および分析の方法論を開発しました。コンソーシアムには 5 つの中核施設 (ローレンス リバモア国立研究所、ロスアラモス国立研究所、ローレンス バークレー国立研究所、カリフォルニア大学ロサンゼルス校、テキサス A&M 大学) があり、タンパク質生成、結晶化、X 線データ収集などの日常的なタスクの割合が増加しています。コンソーシアムのメンバーは、これらの施設に材料を送り、結果として得られる製品やデータを受け取り、この活動をデータベースに報告することで、生産性を向上させます。これにより、ターゲットの重複した追求を最小限に抑えることができます。この構造的および機能的な情報は公開されています。[引用が必要]
コンソーシアムのメンバーが利用できる 5 つのコア施設では、タンパク質のクローニング、発現、精製、結晶化、それに続くタンパク質結晶の回折とデータ分析のサービスが提供されています。[4]さらに、コンソーシアム内で行われたすべての活動を記録するデータベースが開発されました。このデータベースはメンバー間の材料の移動も追跡し、最新の状況を記録して他のすべてのメンバーが利用できるようにします。[要出典]
参考文献
- ^ Grabowski, Marek; Niedzialkowska, Ewa; Zimmerman, Matthew D.; Minor, Wladek (2016-03-01). 「構造ゲノミクスの影響:最初の51年」. Journal of Structural and Functional Genomics . 17 (1): 1–16. doi :10.1007/s10969-016-9201-5. ISSN 1570-0267. PMC 4834271. PMID 26935210 .
- ^ Terwilliger, T. C; Park, M. S; Waldo, G. S; Berendzen, J; Hung, L. -W; Kim, C. -Y; Smith, C. V; Sacchettini, J. C; Bellinzoni, M; Bossi, R; De Rossi, E (2003-08-01). 「結核構造ゲノミクスコンソーシアム:結核菌生物学のリソース」。結核。83 ( 4): 223–249。doi : 10.1016 /S1472-9792( 03 )00051-9。ISSN 1472-9792。PMID 12906835 。
- ^ ab Chim, Nicholas; Habel, Jeff E.; Johnston, Jodie M.; Krieger, Inna; Miallau, Linda; Sankaranarayanan, Ramasamy; Morse, Robert P.; Bruning, John; Swanson, Stephanie; Kim, Haelee; Kim, Chang-Yub (2011 年 3 月)。「結核構造ゲノミクス コンソーシアム: 10 年間の進歩」。結核 (エディンバラ、スコットランド)。91 (2): 155–172。doi : 10.1016 / j.tube.2010.11.009。ISSN 1873-281X。PMC 3310434。PMID 21247804。
- ^ Rupp, B.; Segelke, BW; Krupka, HI; Lekin, T.; Schäfer, J.; Zemla, A.; Toppani, D.; Snell, G.; Earnest, T. (2002-09-26). 「TB構造ゲノミクスコンソーシアム結晶化施設:タンパク質から電子密度までの自動化に向けて」Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography . 58 (10): 1514–1518. Bibcode :2002AcCrD..58.1514R. doi :10.1107/s0907444902014282. PMID 12351851 . 2022-03-05に取得。
外部リンク
- ホームページは2017年3月2日にWayback Machineにアーカイブされました
