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| 開発者 | GNU プロジェクト |
|---|---|
| 安定版リリース | 6.2.0 / 2020年6月3日 |
| リポジトリ |
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| 書かれた | Ｃ |
| オペレーティング·システム | クロスプラットフォーム |
| タイプ | 数値解析 |
| ライセンス | GNU 一般公衆利用許諾書 |
| Webサイト | https://www.gnu.org/software/mcsim |
GNU MCSim はシミュレーション ソフトウェア スイートです。独自の統計モデルやシミュレーション モデルを設計し、モンテ カルロシミュレーションを実行したり、(緩和)マルコフ連鎖モンテ カルロシミュレーションを通じてベイズ推論を実行したりできます。最新バージョンでは、モンテ カルロ シミュレーションまたは MCMC シミュレーションの 並列計算が可能です。
説明
GNU MCSim は、モンテカルロ解析を実行するために最適化された、 代数方程式または微分方程式システムのシミュレーションおよび統計的推論ツールです。このソフトウェアは、モデル ジェネレーターとシミュレーション エンジンで構成されています。
- モデル ジェネレーターは、実行時間を短く保ちながら、構造モデルの定義とメンテナンスを容易にします。モデルは単純な文法を使用してコード化され、ジェネレーターはそれを C コードに変換します。バージョン 5.3.0 以降では、SBMLでコード化されたモデルも使用できます。
- シミュレーション エンジンは、実行可能なコードを生成するためにモデルにリンクされたルーチンのセットです。その結果、さまざまな条件下で構造モデルのシミュレーションを実行できます。
内部的には、ソフトウェアは数値計算の一部に GNU Scientific Library を使用します。
歴史
このプロジェクトは1991年にバークレーで始まり、ドン・マズルとフレデリック・Y・ボイスが、ボイスがハーバード大学で博士論文用に開発したプログラムをC言語に翻訳し、再構成しました。この作業の主な目的は、 PBPKモデルを迅速に開発し、簡単に保守できるようにすることでした。しかし、構文は多くの代数方程式や一次常微分方程式を解けるように十分な一般性を持って定義されていました。グループの研究ニーズに応えるため、効率的なモンテカルロシミュレーションを実行する機能が早い段階で追加されました。コードはカリフォルニア大学バークレー校のサーバーから無料で利用できるようにされました。UCSF薬学部のスチュアート・ビールとの議論から、チームはPBPKモデルのキャリブレーションにマルコフ連鎖モンテカルロ法を使用する方法を調査することになりました。対応するコードは、当時カリフォルニア大学バークレー校統計学部の教授だったアンドリュー・ゲルマンとの共同プロジェクト中に、マズルによって開発されました。ケン・レブザンによって書かれた追加コードにより、階層的（マルチレベル）統計モデルの定義とベイジアンキャリブレーションが可能になりました。これらの開発当時 (1996 年頃)、これらの機能は、無料で配布され、簡単にアクセスでき、非常に強力で多用途なソフトウェアとしてはユニークなものでした。それ以来、このソフトウェアは一貫して保守され、拡張されてきました。
リリースされたバージョン
- 6.2.0 (2020年6月3日)
- 6.1.0 (2019年2月19日)
- 6.0.1 (2018年5月5日)
- 6.0.0 (2018年2月24日)
- 5.6.6 (2017年1月21日)
- 5.6.5 (2016年2月27日)
- 5.6.4 (2016年1月30日)
- 5.6.3 (2016年1月1日)
- 5.6.2 (2015年12月24日)
- 5.6.1 (2015年12月21日)
- 5.6.0 (2015年12月16日)
- 5.5.0 (2013年3月17日)
- 5.4.0 (2011年1月18日)
- 5.3.1 (2009年3月3日)
- 5.3.0 (2009年1月12日)
- 5.2 ベータ版 (2008 年 1 月 29 日)
- 5.1beta (2006年9月18日)
- 5.0.0 (2005 年 1 月 4 日)
- 4.2.0 (2001年10月15日)
- 4.1.0 (1997年8月1日)
- 4.0.0 (1997年3月24日)
- 3.6.0
- 3.3.2
ライセンス
GNU MCSim はフリーソフトウェアです。フリーソフトウェア財団が発行する GNU 一般公衆利用許諾書の条件に従って、再配布および/または改変することができます。ライセンスのバージョンは、ライセンスのバージョン 3 または (オプションで) それ以降のバージョンです。
プラットフォームの可用性
C ソース コードが提供されており、C コンパイラを備えた任意のマシンでコンパイルできます。統計モデルでいくつかの追加ディストリビューションを使用するには、ターゲット プラットフォームでGNU Scientific Libraryも使用できる必要があります。SBML 変換機能を利用するには、LibSBLM ライブラリをインストールする必要があります。バージョン 6.0.0 以降では、Sundials Cvodes インテグレータも使用されます。並列計算 (バージョン 6.2.0 以降) を利用するには、MPIライブラリをインストールする必要があります。
参照
参考文献
Bois F.、Maszle D.、1997、「MCSim: シミュレーション プログラム」、Journal of Statistical Software、2(9):http://www.stat.ucla.edu/journals/jss/v02/i09。
Jonsson F.、Johanson G.、2003、「生理学的毒性動態-毒性力学モデルへのベイズ集団アプローチ - MCSim ソフトウェアを使用した例」、Toxicology Letters 138:143-150。
Bois F.、2009、「GNU MCSim: SBML コード化システム生物学モデルのベイズ統計的推論」、Bioinformatics、25:1453-1454、doi: 10.1093/bioinformatics/btp162。
Allen BC、Hack EC、Clewell HJ、2007、「メチル水銀の生理学的薬物動態モデルを用いたマルコフ連鎖モンテカルロ分析による米国出産年齢女性の曝露量の推定」、Risk Analysis、27:947-959。
Covington TR、Gentry PR、他、2007、「マルコフ連鎖モンテカルロ不確実性分析の使用によるパークロロエチレンの公衆衛生目標のサポート」、Regulatory Toxicology and Pharmacology、47:1-18。
David RM、Clewell HJ、他、2006、「ジクロロメタンに対するがんリスクの改訂評価 II。確率的手法のがんリスク判定への応用」。規制毒性学および薬理学 45: 55–65。
Franks SJ、Spendiff MK、他、2006、「2-ブトキシエタノールへのヒト曝露の生理学的薬物動態モデル化」、Toxicology Letters 162:164-173。
Hack EC、2006、「生理学に基づく毒物動態および毒物力学モデルのベイズ分析」、Toxicology、221:241-248。
Hack EC、Chiu WA、他、2006、「トリクロロエチレンとその代謝物の調和された生理学に基づく薬物動態モデルのベイズ集団分析」、Regulatory Toxicology and Pharmacology、46:63-83。
Lyons MA、Yang RSH、Mayeno AN、Reisfeld B. 2008、「クロロホルムの計算毒性学：ベイズ推定、マルコフ連鎖モンテカルロシミュレーション、およびヒトバイオモニタリングデータを使用した逆線量測定」、Environmental Health Perspectives、116:1040-1046。
Marino, DJ, H. Clewell, et al., 2006, 「ジクロロメタンに対する癌リスクの改訂評価：パート I マウスにおけるベイズ PBPK および用量反応モデリング」、Regulatory Toxicology and Pharmacology 45:44-54。
Mezzetti M.、Ibrahim JG、他、2003、「1,3-ブタジエン代謝の評価のためのベイズコンパートメントモデル」、Journal of the Royal Statistical Society、シリーズ C、52:291-305。
外部リンク
- GNU MCSim ホームページ