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このページは、配列アライメントソフトウェア一覧 のサブセクションです。
複数のアライメント可視化ツールは、通常、次の4つの目的を果たします。
この記事の残りの部分は、相同タンパク質の多重グローバルアライメントのみに焦点を当てています。最初の2つは、アライメントとその注釈のほとんどの表現が人間には判読不能であり、文献で広く見られるおなじみの配列行とアライメント列の形式で表現するのが最適であるという自然な結果です。3つ目は、多重配列アライメントと構造アライメントの両方のアルゴリズムが、常に完璧に機能するとは限らないヒューリスティックを使用しているため必要です。4つ目は、インタラクティブなグラフィカルツールが、配列解析に携わる研究者がさまざまな計算ツールを便利に実行して、アライメントの系統発生的意味を探ったり、特定の配列の構造と機能特性を予測したり（比較モデリングなど）できるようにする方法の優れた例です。