フィリップ

PHYLogeny Inference Package ( PHYLIP ) は、進化樹 (系統樹)を推論するプログラムの無料の計算系統学パッケージです。 ^{[1] 65 個の}ポータブルプログラムで構成されており、ソース コードはプログラミング言語Cで書かれています。バージョン 3.696 以降は、オープン ソース ソフトウェアとしてライセンスされています。バージョン 3.695 以前は、プロプライエタリ ソフトウェア フリーウェアでした。リリースはソースコードとして、また、Windows (95、98、ME、NT、2000、XP、Vista)、Mac OS 8、Mac OS 9、OS X、Linux ( Debian、Red Hat )、FreeBSD.org のFreeBSDなど、多くのオペレーティング システム用のコンパイル済み実行可能ファイルとして行われます。 ^[2] パッケージ内のすべてのプログラムについて完全なドキュメントが作成され、パッケージに含まれています。 phylipパッケージのプログラムは、シアトルのワシントン大学ゲノム科学部および生物学部のJoseph Felsenstein教授によって書かれました。^[3]

パッケージで利用可能な方法（各プログラムによって実装）には、ブートストラップやコンセンサスツリーを含む節約法、距離行列法、尤度法などがあります。処理できるデータの種類には、分子配列、遺伝子頻度、制限部位とフラグメント、距離行列、離散文字などがあります。^[2]

各プログラムはメニューを介して制御され、メニューはユーザーにどのオプションを設定するかを尋ね、計算を開始できるようにします。データは、ユーザーが任意のワードプロセッサまたはテキストエディタを使用して準備できるテキストファイルからプログラムに読み込まれます（ただし、このテキストファイルはワードプロセッサの特別な形式ではなく、フラットなASCIIまたはテキストのみの形式である必要があります）。Clustal Wアラインメントプログラムなどの一部の配列分析プログラムは、PHYLIP形式でデータファイルを書き込むことができます。ほとんどのプログラムは、と呼ばれるファイルでデータを検索します。phylipプログラムがこのファイルを見つけられない場合、ユーザーにデータファイルのファイル名を入力するように求めます。^[2]infile

phylip のコンポーネント プログラムは、いくつかの異なる形式を使用しますが、いずれも比較的単純です。DNA 配列アラインメント、タンパク質配列アラインメント、または個別の文字 (形態データなど) を分析するプログラムは、以下に示すように、それらのデータを順次形式またはインターリーブ形式で受け入れることができます。

シーケンシャル形式:

5 42
トルコ AAGCTNGGGC ATTTCAGGGT GAGCCCGGGC AATACAGGGT AT
サルモ schiAAGCCTTGGC AGTGCAGGGT GAGCCGTGGC CGGGCACGGT AT
H. サピエンスACCGGTTGGC CGTTCAGGGT ACAGGTTGGC CGTTCAGGGT AA
チンパンジー AAACCCTTGC CGTTACGCTT AAACCGAGGC CGGGACACTC AT
ゴリラ AAACCCTTGC CGGTACGCTT AAACCATTGC CGGTACGCTT AA

インターリーブ形式:

5 42
トルコ AAGCTNGGGC ATTTCAGGGT
サルモ schiAAGCCTTGGC AGTGCGGGT
ホモ・サピエンスACCGGTTGGC CGTTCAGGGT
チンパンジー AAACCCTTGC CGTTACGCTT
ゴリラ AAACCCTTGC CGGTACGCTT

GAGCCCGGGC AATACAGGGT AT
GAGCCGTGGC CGGGCACGGT AT
AAAGGTTGGC CGTTCAGGGT AA
AAACCGAGGC CGGGACACTC AT
AAACCATTGC CGGTACGCTT AA

数字は分類群の数（上記の例では異なる種）とそれに続く文字数（分子配列の場合は整列したヌクレオチドまたはアミノ酸）です。制限部位データには酵素の数も含める必要があります。

名前はデフォルトで 10 文字に制限されており、その長さにするには空白で埋め、その直後に 1 文字のコードを使用して文字データを続ける必要があります。ただし、10 文字という名前制限は、コードを少し変更することで変更できます ( nmlngthphylip.h を変更して再コンパイルする)。括弧 (" (" と " )")、角括弧 (" [" と " ]")、コロン (" :")、セミコロン (" ;")、およびカンマ (" ") を除き、印刷可能なすべての ASCII/ISO 文字が名前として使用できます,。配置に埋め込まれたスペースは無視されます。

一般的に使用されているRAxML ^{[4] [5]}やIQ-TREE ^[6]プログラムを含む多くの系統解析プログラムは、phylip形式、またはその形式をわずかに修正したrelaxed phylip形式を使用しています。

リラックスしたフィリップ形式（シーケンシャル）:

5 42
トルコ AAGCTNGGGCATTTCAGGGTGAGCCCGGGCAATACAGGGTAT
Salmo_schiefermuelleri AAGCCTTGGCAGTGCAGGGTGAGCCGTGGCCGGGCACGGTAT
H_sapiens ACCGGTTGGCCGTTCAGGGTACAGGTTGGCCGTTCAGGGTAA
チンパンジー AAACCCTTGCCGTTACGCTTAAAACCGAGGCCGGACACTCAT
ゴリラ AAACCCTTGCCGGTACGCTAAACCATTGCCGGTACGCTTAA

リラックスした phylip 形式の主な違いは、10 文字の制限がないことと、その長さに達するまで名前を空白で埋める必要がないことです (ただし、文字マトリックスの同じ位置から始まるように名前を埋めると、ユーザーの可読性が向上します)。このリラックスした形式の例では、名前にスペースではなくアンダースコアが使用され、名前と整列した文字データの間にスペースが使用されています。分類名に空白を入れないようにし、ファイルを生成するときに名前から文字データを分離することが、多くの場合、良い方法です。厳密な phylip 形式のファイルと同様に、リラックスした phylip 形式のファイルはインターリーブ形式にすることができ、シーケンス データ内にスペースとエンドラインを含めることができます。

距離データを使用するプログラム (近隣結合neighbor法を実装するプログラムなど) も、分類群の数、その名前、および距離の数値のみを含む単純な距離マトリックス形式を使用します。

フィリップ距離行列:

7
牛 0.0000 1.6866 1.7198 1.6606 1.5243 1.6043 1.5905
マウス 1.6866 0.0000 1.5232 1.4841 1.4465 1.4389 1.4629
ギボン 1.7198 1.5232 0.0000 0.7115 0.5958 0.6179 0.5583
オラン 1.6606 1.4841 0.7115 0.0000 0.4631 0.5061 0.4710
ゴリラ 1.5243 1.4465 0.5958 0.4631 0.0000 0.3484 0.3083
チンパンジー 1.6043 1.4389 0.6179 0.5061 0.3484 0.0000 0.2692
人間 1.5905 1.4629 0.5583 0.4710 0.3083 0.2692 0.0000

数字は分類群の数を示し、分類群名にも同じ制限があります。この行列は対称であり、対角線の値は 0 であることに注意してください (定義により分類群とそれ自体の距離は 0 であるため)。

ツリーを入力として使用するプログラムは、7 つの主要な系統発生パッケージの作成者によって 1986 年に合意された非公式の標準であるNewick 形式outfileのツリーを受け入れます。出力は、 やなどの名前のファイルに書き込まれますouttree。 に書き込まれるツリーouttreeは Newick 形式です。

• 公式サイト
• 系統発生プログラム リスト: 系統発生パッケージの大規模なリストと、それぞれの詳細。現在の数^{[アップデート]}は 366 です。