1571年1月21日に生まれたポンタヌスは、ヘルシンゲルに駐在していたオランダのデンマーク領事イサーク・ピーテルスとマルガレータ・ファン・デレンの息子であった。[ 2 ]画家ピーテル・イサークス(1568年 - 1625年)は彼の兄であった。[ 3 ] 1578年、一家はオランダに戻り、ポンタヌスはアムステルダムで育った。[ 3 ] 1589年、彼はフラネケル大学[ 2 ]に医学生として入学し、1592年にはライデン大学に「ヨハネス・ヘレスポンティウス・ダヌス」として入学した。これは明らかに短縮された「ポンタヌス」[ 4 ]よりも前のことである(彼はデンマークのヘレスポント海峡、エーレスンド海峡のヘルシンゲル近郊の海上で生まれたと言われている)。[ 2 ]翌年、彼は『Dissertatio de rationalis animas facilitate』の弁護を行い、ローマへ旅行し、帰路でドイツの学者を訪ねた。[ 2 ]その後、ポンタヌスは両親が帰国していたデンマークを訪れ、ティコ・ブラーエとアリルト・フイトフェルトと知り合った。1596年、彼は主にイングランドで過ごし、カンタベリー、オックスフォード、スタンフォードを訪れた。その後数年間、彼はドイツ、スイス、フランスの都市を旅し、その一部ではブラーエの若い家族3人を護衛した。[ 2 ]
1604年、彼はハーデルウェイクのゲルデルン・アカデミーの教授に任命され、その後生涯にわたってそこで教鞭を執った。ポンタヌスは、各地や国の歴史を著したことで最もよく知られている。彼のアムステルダムの歴史(1611年)は、この都市に関する最初の歴史書とみなされている。ローマ教会によってブラックリストに載せられるほど物議を醸した。[ 2 ] 1618年、彼はラテン語でデンマークの歴史を書くよう依頼され、そのためにデンマーク王室の公式歴史家に任命された。彼は死ぬまでこの仕事を続け、1631年に最初の部分しか出版できなかった。[ 4 ] 1621年、彼はゲルデルンの歴史を書くよう依頼され、主にパウルス・メルラとヨハネス・ルンティウスの著作に基づいて、1639年に完成させた。[ 2 ]
ポンタヌスは1606年5月と6月にアムステルダム/ハルデルウェイクでアネチェン・ファン・デン・ヘルデ(またはヘルデ、ヘーデ)と結婚した。彼らには少なくとも4人の子供がいました。彼は、アカデミーが正式にハルデルウェイク大学と宣言される 9 年前の 1639 年にハルデルウェイクで亡くなりました。[ 2 ]