ジャルビュー

ジャルビュー
ジャルビュー
開発者	ダンディー大学のアンドリュー・ウォーターハウス、ジェームズ・プロクター、デイビッド・マーティン、ジェフリー・バートン。オリジナル版はミシェル・クランプ、ジェームズ・カフ、スティーブン・サール、ジェフリー・バートンによる。
安定放出	2.11.2 / 2022年3月10日 ( 2022-03-10 )
執筆	Java
オペレーティング·システム	UNIX、Linux、Mac OS X、Microsoft Windows
タイプ	バイオインフォマティクスツール
ライセンス	GPL
Webサイト	http://www.jalview.org

Jalview は、複数の配列アライメントを表示および編集するために使用されるバイオインフォマティクスソフトウェアです。このプログラムは、元々オックスフォード大学および欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)のGeoff Bartonの研究グループで働いていた Michele Clamp によって作成されました。 ^[²^] Jalview 2 は、ダンディー大学生命科学部のGeoff Barton の研究グループで働いていた Andrew Waterhouse と Jim Procter によって再設計されたバージョンで、2005 年にリリースされました。^[³^]その開発は、バイオテクノロジーおよび生物科学研究会議(BBSRC) およびウェルカムトラストによって支援されています。

これは様々なウェブサーバー（例えば、EBI ClustalWサーバーやPfamタンパク質ドメインデータベースなど）で広く利用されているが、汎用アライメントエディタとしても利用可能である。

Jalviewは、多重配列アライメントの生成、表示、編集に加え、系統樹の計算や分子構造の表示など、幅広い機能を備えています。最新バージョンのJalviewには、公開データベースやローカルの Variant Call Format （VCF）ファイルからの遺伝子変異解析機能も搭載されています。Jalviewは、多くの外部Webサービスに接続してデータをインポートし、計算を実行できます。

参考文献

↑ 「リリース履歴」。2019年3月6日にオリジナルからアーカイブされました。2016年5月30日に取得。
↑ Clamp M 、 Cuff J、Searle SM、Barton GJ (2004 年 2 月)。「Jalview Java アライメントエディタ」。Bioinformatics。20 ( 3): 426–7。doi : 10.1093 /bioinformatics/ btg430。PMID 14960472。
↑ Waterhouse AM、Procter JB 、Martin DM、Clamp M、Barton GJ (2009 年 5 月)。「Jalviewバージョン2 -多重配列アライメントエディタおよび解析ワークベンチ」。Bioinformatics。25 (9): 1189–91。doi : 10.1093 /bioinformatics/ btp033。PMC 2672624。PMID 19151095。