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この大学は、1988年から2000年まで初代学長を務めたアブドル・ガユーム・エブラヒミの指導の下で発展を遂げた。
この大学は1988年に、土木工学、生物学、農業工学の3つの専攻と60名の学生で開校しました。当時はゴルガン市のジョルジャン通りに位置していました。以来、大学は規模と質の両面で成長を遂げてきました。現在では、500名以上の教員と、48の専攻分野で学士、修士、博士課程に在籍する約13,000名の学生を擁しています。
1988年に設立されたこのキャンパスは、イラン北部ゴレスターン州のゴルガン市に位置し、約40エーカー（16万平方メートル）の敷地を占めています。
現在、ゴルガン・イスラム自由大学は48の学位プログラムで500以上のコースを提供しています。同大学は毎年、学士号、修士号、博士号を授与しています。平均的なクラス規模は25名です（大学院生講師が担当する実験クラスやディスカッションセッションは除く）。
ゴルガン・イスラム自由大学は、イランや米国などの他国で博士号を取得した卒業生を多数輩出しています。全国的に競争の激しい修士課程入学試験の合格率は特筆すべきものです。例えば、ゴルガン・イスラム自由大学の卒業生であるノラ・タガヴィは、現在、米国カリフォルニア州サンタバーバラにあるカリフォルニア大学サンタバーバラ校の分子細胞発生生物学（MCDB）学科の大学院生です。 [ 1 ]
学長職は1988年に創設され、以来、3名の正式な学長と2名の学長代行が就任している。
総長には5人の副総長がいる。