逆ポリメラーゼ連鎖反応

逆PCR（インバースPCR ）は、既知の配列が1つしかないDNAを増幅するために用いられるPCRの一種です。従来のPCRの限界の一つは、標的DNAの両末端に相補的なプライマーが必要となることですが、この方法では、プライマーを設計できる配列が1つしかない場合でもPCRを行うことができます。

逆PCRは、挿入位置の決定に特に有用です。たとえば、さまざまなレトロウイルスやトランスポゾンは、ゲノムDNAにランダムに組み込まれます。^{[ 1 ]}それらが入り込んだ場所を特定するために、既知の「内部」ウイルスまたはトランスポゾンの配列を使用して、隣接する「外部」ゲノムDNAのごく一部を増幅するプライマーを設計できます。増幅された産物をシーケンスし、 DNAデータベースと比較することで、破壊された配列を特定できます。

逆PCR法では、一連の制限酵素消化とライゲーションを行い、既知の配列の単一セクションからPCRのプライマーとして使用できるループ状の断片を生成します。その後、他のポリメラーゼ連鎖反応プロセスと同様に、耐熱性DNAポリメラーゼによってDNAが増幅されます。

1. 内部に既知の配列を持つ領域と、未知の隣接領域を持つ標的領域が特定される。
2. ゲノムDNAは、通常低～中程度の頻度（6～8塩基）で切断する制限酵素によって、数キロベースの断片に分解される。
3. DNA濃度が低い場合や、ライゲーションが速い条件下では、自己ライゲーションが誘導され、環状DNA産物が生成される。
4. PCRは通常通り環状テンプレートを用いて行われ、既知の内部配列のセクションに相補的なプライマーが外側を向くように配置される。

最後に、配列決定されたPCR産物の配列を配列データベースと比較します。これは染色体クローリングの場合に使用されます。