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南北戦争勃発後、ミズーリ州では、州を連邦から離脱させようとする組織と、州を連邦内に留めようとする組織が複数存在した。連邦支持者、特にドイツ系アメリカ人は、分離主義の準軍事組織であるミニットマン、ミズーリ州義勇民兵隊内の分離主義勢力、そして最終的には分離主義のミズーリ州兵隊に対抗するため、ホームガード中隊や連隊を編成した。セントルイス地域のホームガード連隊の多くは、1860年の選挙中に設立された共和党組織であるワイド・アウェイクスや、ドイツ文化団体であるターンフェラインのメンバーから編成された。
セントルイスの連邦支持者たちは1861年4月に連邦軍に召集された。5個連隊が第1～5ミズーリ義勇兵連隊と命名され、さらに5個連隊が合衆国予備軍として創設された。後者のグループは一般に（セントルイス）郷土防衛隊と呼ばれ、1792年の民兵法に基づくミズーリ州義勇兵の必要人数を超過していたため、その創設は批判を浴びた。プライス＝ハーニー休戦中、クレイボーン・ジャクソン州知事とミズーリ州兵司令官スターリング・プライス少将は、第1～5合衆国予備軍を非合法組織として解散するよう要求した。（これらの連隊はミズーリ州分離危機の間も任務を続け、後に3年任期の連隊に改編された。）
1861年6月に州内で実際に戦闘が始まると、セントルイス郊外の地域では、ナサニエル・ライオン准将が連邦支持派をホームガード部隊として組織し動員し、同時期に編成されていたスターリング・プライスのミズーリ州兵に対抗した。これらの部隊の1つであるベントン郡ホームガードは、コールキャンプの戦いでミズーリ州兵大隊に敗北した。[ 2 ]
1861年末から1862年初頭にかけて、3ヶ月間の任期を持つ郷土防衛隊は、新設されたミズーリ州民兵隊、 1862年7月に義務的に編成されたミズーリ州登録民兵隊、そして後に結成された暫定ミズーリ州登録民兵隊を含む、連邦派民兵連隊に取って代わられた。
特に有名なホームガード民兵隊の一つは、ミズーリ州コロンビアの民兵隊でした。1864年、当時南軍の将軍であったプライスが、ミズーリ州を横断する進軍の方向を、北軍支持派の町コロンビアに向ける計画を立てているという噂が流れました。コロンビアは、北軍支持派の拠点としてだけでなく、ミズーリ大学の図書館と主要な学術棟に北軍の駐屯部隊と刑務所が置かれていた場所としても重要でした。プライスの襲撃を心配し、南軍支持派のブーン郡周辺にゲリラがいることを懸念した90人の男たちが、コロンビアのファイティング・タイガースと呼ばれる民兵隊を結成しました。この旅団は武器を備蓄し、見張りを行い、町に警報の鐘を設置し、市庁舎の周りに堀を掘りました。ミズーリ大学の運動部は、この民兵隊にちなんで名付けられています。[ 3 ]
南北戦争中、アイオワ州民兵隊はミズーリ州との州境沿いの防衛任務にあたった。ミズーリ州アセンズの戦いでは、デモイン川の対岸にいたアイオワ州民兵隊が補給基地を守った。
ケンタッキー州民兵隊は、1861年9月のケンタッキー州バーバービルの戦い、キャンプ・ワイルドキャットの戦い、そしてオーガスタの戦い（1862年）など、その他多くの小規模な戦闘に参加した。
バージニア州ペンドルトン郡（現在のウェストバージニア州東部パンハンドル地方の山岳地帯）の北軍支持の郷土防衛隊は、南北戦争中、南軍の陣地や小規模な分遣隊を攻撃したが、その成果は芳しくなかった。こうした非正規部隊の中で最も有名なのは、「沼地の竜」と名乗る集団である。
インディアン郷土防衛隊として知られる北軍の志願歩兵連隊は、インディアン準州の五つの文明化された部族から募集された。部族の指導者たちは南軍を支持していたが、部族員の多くはそうではなかった。