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特徴指向スキャン（FOS）は、走査型プローブ顕微鏡を用いて表面形状を精密に測定する方法であり、表面の特徴（物体）を顕微鏡プローブの取り付け基準点として使用します。FOS法では、ある表面の特徴から近くにある別の表面の特徴へと移動することで、特徴間の相対距離と特徴近傍の形状を測定します。この方法により、表面の目的領域を部分ごとにスキャンし、得られた断片から全体の画像を再構築することができます。なお、この方法はオブジェクト指向スキャン（OOS）とも呼ばれます。
広い意味で丘や窪みのように見える地形要素はすべて、表面の特徴とみなすことができます。表面の特徴（物体）の例としては、原子、間隙、分子、粒子、ナノ粒子、クラスター、結晶、量子ドット、ナノ島、柱、細孔、短いナノワイヤー、短いナノロッド、短いナノチューブ、ウイルス、細菌、細胞小器官、細胞などが挙げられます。
FOSは、表面形状（図参照）をはじめとする様々な表面特性を高精度で測定するために設計されています。さらに、従来のスキャン方式と比較して、FOSはより高い空間分解能を実現します。FOSに組み込まれた数々の技術により、熱ドリフトやクリープによる歪みはほぼ完全に解消されます。
FOSには、表面計測、精密プローブ位置決め、自動表面特性評価、自動表面改質/刺激、ナノオブジェクトの自動操作、「ボトムアップ」アセンブリのナノテクノロジープロセス、マルチプローブ機器における分析プローブと技術プローブの協調制御、原子/分子アセンブラーの制御、プローブナノリソグラフィーの制御など、以下の応用分野があります。
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