エキノベース

エキノベース

コンテンツ
説明	Echinobase: 棘皮動物の知識ベース。
キャプチャされたデータの種類	文献、ヌクレオチド配列、RNA配列、タンパク質配列、構造、ゲノミクス、モルフォリノ、代謝およびシグナル伝達経路、ヒトおよびその他の脊椎動物ゲノム、ヒト遺伝子および疾患、マイクロアレイデータおよびその他の遺伝子発現、プロテオミクスリソース、その他の分子生物学、細胞小器官
生物	棘皮動物
接触
研究センター	カーネギーメロン大学、カルガリー大学
研究室	エッテンソン研究室、ヒンマン研究室、ヴィゼ研究室
主な引用	38262680 のID
発売日	2009
アクセス
Webサイト	https://www.echinobase.org/
ダウンロードURL	https://download.echinobase.org/echinobase/
ツール
スタンドアロン	BLAST、JBrowse
その他
ライセンス	パブリックドメイン
データ公開 頻度	連続
バージョン	6.x
キュレーションポリシー	専門家によるキュレーション
ブックマーク可能な エンティティ	はい

Echinobaseはモデル生物データベース（MOD）です。棘皮動物の進化、発達、遺伝子制御ネットワークに関する多様で豊富な機能的ゲノムデータにアクセスするための集中型で統合されたWebベースのリソースを提供することで、国際的な研究コミュニティをサポートしています。^[1]

ゲノム研究データとツールは、ゲノム、遺伝子、転写産物の検索、閲覧、バイオインフォマティクス分析に利用できます。

Echinobase は、NIH が資金提供する他のプロジェクトに重要なデータ共有インフラストラクチャを提供し、より広範な生物医学研究コミュニティに対する棘皮動物データの可用性と可視性を高めます。

Echinobase は、サポートされている棘皮動物種に対して 2 つのレベルの統合を提供します。完全サポートには、遺伝子ページを含むデータベースへの完全なゲノム統合、BLAST へのゲノムの利用、JBrowse によるブラウズ、ゲノムのダウンロードが含まれます。部分サポートでは、BLAST、JBrowse、ダウンロード オプションが提供されますが、遺伝子ページの統合は提供されません。

現在レベル 1 でサポートされている種 (統合のさまざまな段階) は次のとおりです。

• Strongylocentrotus purpuratus（ムラサキウニ）
• パティリア・ミニアタ（コウモリ星）
• Lytechinus variegatus（ミドリウニ）
• オニヒトデ（オニヒトデ）

現在レベル 2 でサポートされている種 (統合のさまざまな段階) は次のとおりです。

• ニシキウニ​
• Anneissia japonica（ウミユリ類、羽毛状ヒトデ）
• アステリアス ルーベンス（シュガースター）

Echinobaseはクラウド環境で稼働しています。^[2]仮想マシンは2台のサーバー上のVMware vSphere環境で稼働しており、自動負荷分散とフォールトトレランス機能を備えています。ソフトウェアはJava、JSP、JavaScript、AJAX、XML、CSSを使用しています。また、Apache TomcatとIBM Db2データベースも使用しています。EchinobaseはXenbaseと連携して開発されています。

Echinobase は、遺伝子モデル別に整理され、遺伝子ページを使用して表現されるゲノミクス研究用のリソースです。各遺伝子ページには、膨大な量の遺伝子固有の情報が含まれています。

^{ゲノミクス - 検索およびBLASTツールは、遺伝子モデルのHGNC準拠の名前、オルソロジー、 [3]} GO用語、BLASTへのリンク、JBrowseゲノムブラウザ、および遺伝子発現プロットツールを表示する遺伝子ページから直接、またはそこから利用できます。

概要の後のタブには、遺伝子固有の文献、転写産物、発現データ、タンパク質配列、相互作用物質が表示されます。

ゲノム研究ツールは、ゲノム配列アセンブリ、注釈、および機能の閲覧、検索、分析、および視覚化を支援するために実装されています。さらに、遺伝子発現データの収集、検索、および視覚化も提供されます。

• 遺伝子検索- ランディングページから名前、シンボル、同義語で遺伝子を直接検索します
• 遺伝子命名ガイドライン- Echinobaseは棘皮動物の遺伝子命名を担当する公式機関です
• RNA-seq および ATAC-seq データのトラックを備えたゲノム ブラウザー- Echinobase は JBrowse を使用します
• BLAST - ユーザーはサポートされているゲノム、RNA、タンパク質配列に対してBLASTを実行できます
• RNA-seq データの視覚化- S. purpuratusの時間的発現プロファイルと空間 (解剖学的) 発現ヒートマップのプロット
• 疾患- ユーザーは、疾患オントロジーとOMIM疾患の両方を検索して、関連する遺伝子と出版物を見つけることができます。

棘皮動物解剖オントロジー (ECAO) では、標準化された用語を使用して解剖学上の細胞の種類と構造を参照し、これらを発達段階に関連付けます。オントロジーには多数の棘皮動物種が含まれているため、一部の用語はすべての棘皮動物に存在し、その他の用語は種に固有です。ECAO には、細胞の種類、構造、組織、および神経系や骨格系などの解剖学的システムに関する何千もの解剖用語が含まれています。エンティティ間の関係は、「develops_from」または「develops_into」と「is_a」または「part_of」を使用して定義されます。

• 棘皮動物の解剖学的オントロジー- 標準化された解剖学用語は発達段階を説明するために使用されます

Echinobase に関する文献は、棘皮動物の検索用語を使用して公開された論文を自動的に検索することによって収集され、取得された記事は手動でキュレーションされます。

• 文献検索- ユーザーはタイトル、著者、ジャーナルなどに基づいて論文を検索できます。

データ ダウンロード サイトでは GFF ゲノム ファイルを利用でき、Gene Page Reports ではバイオインフォマティクス解析用のファイルが提供されます。

• EchinoWiki - Echinobase リソースは、データ、プロトコル、試薬、その他のリソースを収集し、EchinoWiki を使用して共有することでコミュニティをサポートします。
• 試薬- Echinobase には、公開された研究で使用されている抗体 (Ab)、モルフォリノ (MO)、ガイド RNA (gRNA) の試薬検索ツールがあります。

コミュニティをサポートし、学際的かつ共同研究を可能にするために、コミュニティのメンバー、研究室、組織の研究、説明、連絡先情報が利用可能で、検索可能です。新しい求人情報も​​ Echinobase に掲載されます。

• コミュニティリンク- 棘皮動物を研究する人々、仕事、研究室

• ゼンベース
• フライベース
• ワームベース
• マウスゲノムインフォマティクス
• ズフィン
• ディクティベース

• ベイラーウニゲノムプロジェクト
• NCBI のウニゲノム
• MPIMG のウニ遺伝子カタログ
• S. purpuratus 遺伝子発現 - NIDCR 2016-08-07 にWayback Machineでアーカイブ
• 内中胚葉遺伝子制御ネットワーク
• バーチャルウニ
• 特許: 細胞の分化状態を制御するための遺伝子制御ネットワークおよび阻止方法

遺伝子制御ネットワーク