相互作用タンパク質のデータベース

相互作用タンパク質データベース (DIP)
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説明	タンパク質相互作用データベース
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研究センター	カリフォルニア大学ロサンゼルス校
著者	デビッド・アイゼンバーグ
主な引用	ゼナリオスら（2002）
発売日	2002
アクセス
Webサイト	翻訳：
その他
ライセンス	CC BY-ND 3.0

相互作用タンパク質データベース（DIP）は、実験的に決定されたタンパク質間の相互作用をカタログ化する生物学的データベースです。^[2]^[3]さまざまなソースからの情報を組み合わせて、単一の一貫したタンパク質間相互作用セットを作成します。DIPに保存されているデータは、専門のキュレーターによって手動でキュレーションされているほか、最も信頼性の高いDIPデータのコアサブセットから抽出されたタンパク質間相互作用ネットワークに関する知識を活用する計算手法を使用して自動的にキュレーションされています。データベースは2002年に最初にリリースされました。2014年現在、DIPはUCLAのDavid Eisenbergの研究グループによってキュレーションされています。

DIPはウェブインターフェースを通じて検索することができ、選択したジャーナル記事に記載されている相互作用や、実験的証拠によって裏付けられた相互作用などに基づいて検索することができます。^[4]

DIPは、相互作用データの主要な公的提供者のグループである国際分子交換コンソーシアム（IMEx）^{[5]のメンバーです。他の参加データベースには、生体分子相互作用ネットワークデータベース（BIND）}^[6] 、 IntAct、^[7]、分子相互作用データベース（MINT）^[8]、 MIPS、^[9] MPact、BioGRID ^[5]などがあります。IMExのデータベースは、重複するソースからデータを収集し、キュレーションされた相互作用データを共有することで、作業の重複を防ぐために連携しています。IMExコンソーシアムは、現在広く実装されているHUPO - PSI -MI XML形式の開発にも取り組みました。 ^[5]^[10]

DIP内のすべての情報は、クリエイティブ・コモンズBY-ND 3.0ライセンスの下で無料で利用できます。^[2]

参考文献

^ Xenarios, I; Salwínski, L; Duan, XJ; Higney, P; Kim, SM; Eisenberg, D (2002 年 1 月 1 日)。「DIP、相互作用タンパク質のデータベース: タンパク質相互作用の細胞ネットワークを研究するための研究ツール」。核酸研究。30 ( 1 ) : 303–5。doi : 10.1093/ nar /30.1.303。PMC 99070。PMID 11752321。
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外部リンク

DIPホームページ

[1] Xenarios, I; Salwínski, L; Duan, XJ; Higney, P; Kim, SM; Eisenberg, D (2002 年 1 月 1 日)。「DIP、相互作用タンパク質のデータベース: タンパク質相互作用の細胞ネットワークを研究するための研究ツール」。核酸研究。30 ( 1 ) : 303–5。doi : 10.1093/ nar /30.1.303。PMC 99070。PMID 11752321。

[dip-home-2] "DIP:Home". dip.doe-mbi.ucla.edu . 2014年9月8日閲覧。

[3] Salwinski, L.; Miller, CS; Smith, AJ; Pettit, FK; Bowie, JU; Eisenberg, D. (2004). 「相互作用タンパク質のデータベース: 2004 年更新」。Nucleic Acids Research . 32 (90001): D449–D451. doi :10.1093/nar/gkh086. PMC 308820 . PMID 14681454.

[dip-search-4] 「DIP:Search」dip.doe-mbi.ucla.edu . 2014年9月8日閲覧。

[imex-5] サウスカロライナ州abc オーチャード;ケリアン、S.アッバニ、Ｓ．アランダ、B.バーテ、J.ビッドウェル、S.ブリッジ、A.ブリガンティ、L.ブリンクマン、F.チェザレーニ、G.チャトル・アリヤモントリ、A.ショータール、E.チェン、C.デュムソー、M.ゴル、J.ハンコック、R.ハニック、リー;ジュリシカ、I。カダケ、J.リン、DJ。マハデヴァン、米国;ペルフェット、L.ラグナス、A.リカール・ブルーム、S.ロチャート、B.サルウィンスキー、L.シュトゥンプフレン、V.タイアーズ、M.ウエッツ、P.ゼナリオス、I. (2012)。「タンパク質相互作用データのキュレーション：国際分子交換（IMEx）コンソーシアム」。Nature Methods . 9 (4): 345–350. doi :10.1038/nmeth.1931. PMC 3703241. PMID 22453911 .

[bind-6] Alfarano, C. (2004 年 12 月 17 日). 「生体分子相互作用ネットワークデータベースおよび関連ツール 2005 年更新版」. Nucleic Acids Research . 33 (データベース号): D418–D424. doi :10.1093/nar/gki051. PMC 540005. PMID 15608229 .

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[mint-8] ザンゾーニ、A;モンテッキパラッツィ、L;クオンダム、M;アウシエロ、G;ヘルマー・チテリッヒ、M;チェザーレニ、G (2002 年 2 月 20 日)。「MINT: Molecular INTeraction データベース」。FEBS レター。513 (1): 135-40。土井：10.1016/s0014-5793(01)03293-8。PMC 1751541。PMID 11911893。

[9] Guldener, U. (2006 年 1 月 1 日). 「MPact: 酵母における MIPS タンパク質相互作用リソース」. Nucleic Acids Research . 34 (90001): D436–D441. doi :10.1093/nar/gkj003. PMC 1347366. PMID 16381906 .

[hupo-psi-10] ヘルムヤコブ、ヘニング;モンテッキパラッツィ、ルイーザ;ベイダー、ゲイリー。ウォジク、ジェローム。サルウィンスキー、ルカシュ。セオル、アルノー。ムーア、スーザン。オーチャード、サンドラ。サルカン、ウギス。フォン・メーリング、クリスチャン。ベルント・ロヒャート;プー、シルヴァン。ユング、エヴァ。メルシュ、ヘニング。カーシー、ポール。ラッペ、マイケル。リー、イシュエ。ゼン、ロン。ラナ、デバシ。ニコルスキー、マッハ。フーシ、ホルガー。ブラン、クリスティーン。シャンカー、K。グラント、セス GN;サンダー、クリス。ボーク、ピア。朱偉民。パンディ、アキレシュ。ブラズマ、アルヴィス。ジャック、バーナード。ビダル、マルク。シャーマン、デイビッド。ルグラン、ピエール。 Cesareni, Gianni; Xenarios, Ioannis; Eisenberg, David; Steipe, Boris; Hogue, Chris; Apweiler, Rolf (2004)。「HUPO PSI の分子相互作用フォーマット - タンパク質相互作用データの表現のためのコミュニティ標準」。Nature Biotechnology。22 (2): 177–183. doi :10.1038/nbt926. PMID 14755292. S2CID 17557764.