DNase-Seq

DNase-seq（DNase I高感受性部位シーケンス）は、DNase Iによる切断に感受性のある領域のゲノムワイドシーケンスに基づいて、調節領域の位置を特定するために使用される分子生物学の方法である。^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]} FAIRE-Seqは、ゲノム内のアクセス可能なDNA領域をゲノムワイドに特定するためのDNase-seqの後継である。オープンクロマチン領域を特定するための両方のプロトコルには、基となるヌクレオソーム構造に応じてバイアスがある。たとえば、FAIRE-seqは非プロモーター領域でより高いタグカウントを提供する。^{[ 4 ]}一方、DNase-seqシグナルはプロモーター領域で高く、DNase-seqは非プロモーター領域でもFAIRE-seqよりも感度が高いことが示されている。^{[ 4 ]}

DNase-seq では、ゲノム全体のDNA フットプリントを提供するために、いくつかの下流のバイオインフォマティクス解析が必要です。提案されている計算ツールは、セグメンテーションベースのアプローチとサイト中心のアプローチの 2 つのクラスに分類できます。セグメンテーションベースの方法は、隠れマルコフモデルまたはスライディングウィンドウ法を適用して、ゲノムをオープン/クローズドクロマチン領域に分割します。このような方法の例としては、HINT ^{[ 5 ]} 、 Boyle 法^{[ 6 ]}、Neph 法^{[ 7 ]}などがあります。一方、サイト中心の方法は、モチーフ予測結合部位周辺のオープンクロマチンプロファイルに基づいてフットプリントを見つけます。これは、DNA-タンパク質配列情報を使用して予測された制御領域です (位置重み行列などの構造にエンコードされています)。これらの方法の例としては、CENTIPEDE ^{[ 8 ]}と Cuellar-Partida 法^{[ 9 ]などがあります。}

• R/Bioconductorを用いたDNase-seqデータのDNase Iフットプリンティング解析
• HINT ：HINTを使用したDNaseフットプリント検出のチュートリアル。
• ムカデのウェブサイト