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| 安定版リリース | 3.0 / 2013年9月1日 |
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| 書かれた | Python、HTML |
| オペレーティング·システム | クロスプラットフォーム |
| 利用可能 | 英語 |
| タイプ | バイオインフォマティクス |
| ライセンス | 学術利用は無料 |
| Webサイト | cheshift.com |
Che Shift-2 (発音は /tʃeʃɪft/) は、 13 C αおよび13 C βタンパク質化学シフトを計算し、タンパク質構造を検証するために作成されたアプリケーションです。これは、20個のアミノ酸のねじれ角 (φ、ψ、ω、および χ 1、χ 2 )の関数として13 C αおよび13 C β化学シフトを量子力学計算することに基づいています。
Che Shift-2 は、 PDBファイルから理論上の化学シフト値のリストを返すことができます。また、アップロードされた PDB ファイルと化学シフト値に基づいて 3D タンパク質モデルを表示することもできます。3D タンパク質モデルは、理論上の化学シフト値と観測された化学シフト値の差を示す 5 色コードを使用して色付けされます。観測された13 C αおよび13 C β化学シフトと予測された13 C β化学シフトの差は、タンパク質構造の潜在的な局所的欠陥を検出するための高感度プローブとして使用できます。[1]観測された13 C αおよび13 C β化学シフトの 両方が指定されている場合、 Che Shift-2 は、観測された化学シフトと計算された化学シフトの差を減らす代替の χ1 および χ2 側鎖ねじれ角のリストを提供しようとします。これらの値を使用して、タンパク質構造の欠陥を修復できます。[2]
Che Shift-2 には、http://www.cheshift.com またはPyMOLプラグイン経由でオンラインでアクセスできます。
参照
関連ソフトウェア
- WHAT IF ソフトウェア
- プロチェック
- PSVS
外部リンク
- 公式サイト
- CheShift PyMOL プラグイン
- GitHub リポジトリ
参考文献
- ^ Martin, OA, Vila, JA および Scheraga, HA (2012). 「CheShift-2: タンパク質構造のグラフィック検証」.バイオインフォマティクス. 28 (11): 1538–1539. doi :10.1093/bioinformatics/bts179. PMC 3356844. PMID 22495749 .
{{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク) - ^ Martin OA Arnautova YA Icazatti AA Scheraga HA および Vila JA (2013). 「タンパク質構造の欠陥 を検証および修復するための物理学に基づく方法」. PNAS . 110 (42): 16826–16831. doi : 10.1073/pnas.1315525110 . PMC 3801053. PMID 24082119.