チャールズ・オフリア

チャールズ・オフリア
チャールズ・オフリア
生まれる	1973年12月13日（50歳）; ニューヨーク、ニューヨーク州（アメリカ合衆国）
母校	ストーニーブルック大学（理学士、1994年）; カリフォルニア工科大学（博士、1999年）
知られている	デジタル進化、アビダ
受賞歴	ウィズロー優秀学者賞（2006年、2016年）; NSFキャリア賞（2007年）; ウィズロー優秀教育賞（2010年）
	科学者としてのキャリア
フィールド	コンピュータサイエンス、進化生物学
機関	ミシガン州立大学
博士課程の指導教員	クリストフ・アダミ
その他の学術アドバイザー	リチャード・レンスキー
Webサイト	オフリア

チャールズ A. オフリア博士は、ミシガン州立大学のコンピュータサイエンスおよびエンジニアリング学部の教授であり、同大学のデジタル進化 (DEvo) ラボのディレクター、およびBEACON 進化研究センターのディレクターを務めています。彼は、自動車修理業界初の完全に統合されたショップ管理プログラムを開発した故チャールズオフリア氏^[3]の息子です。オフリア氏はスタイヴェサント高校に通い、 1991 年にウォードメルビル高校を卒業しました。彼は 1994 年にストーニーブルック大学でコンピュータサイエンス、純粋数学、応用数学の学士号を取得し、1999 年にカリフォルニア工科大学で計算および神経システムの博士号を取得しました。オフリア氏の研究は、コンピュータサイエンスとダーウィンの進化論との相互作用に焦点を当てています。^[4]

オフリアは、自己複製・進化するコンピュータプログラム（デジタル生物、デジタル生物シミュレーターも参照）の進化生物学を研究するための人工生命ソフトウェアプラットフォームであるAvidaの設計者の一人である。Avidaは、ダーウィンの進化論の基礎となる基本プロセスを研究するために広く使用されている。^{[5] Avidaは}ミシガン州立大学のオフリアのデジタル進化研究所で活発に開発されており、もともとは1993年にカリフォルニア工科大学のオフリア、クリス・アダミ、C・タイタス・ブラウンによって設計されたものである。

栄誉

オフリアは2007年にNSFキャリア賞^[6]、2010年に優れた教育に対するウィズロー優秀賞^[7]、2006年と2016年に優れた研究に対するウィズロー優秀賞を受賞しました^。[8] また、2017年にはウィリアム・J・ビール優秀教員賞を受賞しました。^[9]

代表的なジャーナル出版物

Clune J、Pennock RT、Ofria C、Lenski RE (2012)「個体発生はデジタル生物の系統発生を再現する傾向がある」The American Naturalist 180: E54–E63. (pdf)
Clune J、Goldsby HJ、Ofria C、および Pennock RT (2011) 正確な利他主義ターゲティングのための選択圧: 包括的適応度理論の検証が困難な側面に関するデジタル進化からの証拠。Proceedings of the Royal Society。278: 666-674。(PDF)
Clune J、Stanley KO、Pennock RT、Ofria C (2011) 規則性の連続体にわたる間接エンコーディングのパフォーマンスについて。IEEE Transactions on Evolutionary Computation。15(3): 346-367。(PDF)
Clune J、Misevic D、Ofria C、Lenski RE、Elena SF、およびSanjuán R.自然選択は、起伏のある適応度地形での長期適応のための突然変異率を最適化できない^[10]
Ofria C、Huang W、Torng E.複雑性の漸進的進化と複雑な特徴の突然の出現について^[11]
エレナSF、ウィルケCO、オブリアC、レンスキRE。集団サイズと突然変異率が突然変異の堅牢性の進化に与える影響^[12]
Ostrowski E、Ofria C、Lenski RE、「デジタル生物の生態学的特化と適応的衰退」^[13]
Lenski RE、Barrick JE、Ofria C. ロバスト性と進化性のバランス^[14]
ミセビッチ D、オフリア C、レンスキ RE。有性生殖はデジタル生物の遺伝子構造を再形成する^[15]

Avida を特集した厳選された科学出版物

RE Lenski 、 C . Ofria、TC Collier、C. Adami (1999)。デジタル生物におけるゲノムの複雑性、堅牢性、および遺伝的相互作用。Nature 400: 661-664。要約
C. Adami、C. Ofria、TC Collier (2000)。生物学的複雑性の進化。「米国科学アカデミー紀要」97 :4463-4468。要約
CO Wilke、JL Wang、C. Ofria、RE Lenski、C. Adami (2001)。「高突然変異率でのデジタル生物の進化が最も平坦なものの生存につながる」Nature 412: 331-333 要約。
RE Lenski、C. Ofria、RT Pennock、C. Adami (2003)。複雑な特徴の進化的起源。Nature 423: 139-145。要約
SS Chow、CO Wilke、C. Ofria、RE Lenski、C. Adami (2004)。「デジタル生物における資源競争からの適応放散」。Science 305 : 84-86 抄録。

参考文献

^ 「Ofria and Owen receives Withrow Awards」ミシガン州立大学。2016年6月4日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年10月2日閲覧。
^ “Ofria and Tan received Withrow awards”.ミシガン州立大学. 2015年3月25日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年10月2日閲覧。
^ “Charles Ofria (senior)”. FamilyCar.com. 2013年2月8日時点のオリジナルよりアーカイブ。2011年12月11日閲覧。
^ コンピューターサイエンスミシガン州立大学
^ 「ダーウィンのテスト」。ディスカバーマガジン。2005年2月。
^ 「Charles Ofria が NSF CAREER 賞を受賞」ミシガン州立大学2007 年。2012 年 4 月 6 日時点のオリジナルよりアーカイブ。
^ 「オフリアとタンがウィズロー賞を受賞」2010年。
^ 「ジェイン、オフリア、スタイアウォルトがウィズロー賞を受賞」2006年。
^ 「2017 ウィリアム J. ビール優秀教員賞」 2017年。
^ Clune, J; Misevic, D; Ofria, C; Lenski, RE; Elena, SF; Sanjuán, R (2008). 「自然選択は、険しい適応度地形における長期適応のための突然変異率の最適化に失敗する」PLOS Computational Biology . 4 (9): e1000187. Bibcode :2008PLSCB...4E0187C. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000187 . PMC 2527516 . PMID 18818724.
^ Ofria, Charles; Huang, Wei; Torng, Eric (2007). 「複雑性の漸進的進化と複雑な特徴の突然の出現について」.人工生命. 14 (3): 255–263. doi :10.1162/artl.2008.14.3.14302. PMID 18489251. S2CID 2010637.
^ Elena, Santiago F.; Wilke, Claus O.; Ofria, Charles; Lenski, Richard E. (2007). 「集団サイズと突然変異率が突然変異の堅牢性の進化に与える影響」. Evolution . 61 (3): 666–674. doi : 10.1111/j.1558-5646.2007.00064.x . PMID 17348929. S2CID 14353070.
^ Ostrowski, Elizabeth A.; Ofria, Charles; Lenski, Richard E. (2007). 「デジタル生物の生態学的特化と適応的衰退」. The American Naturalist . 169 (1): E1–20. doi :10.1086/510211. JSTOR 10.1086/510211. PMID 17206577. S2CID 15024491.
^ Lenski, RE; Barrick, JE; Ofria, C (2006). 「堅牢性と進化性のバランス」. PLOS Biology . 4 (12): e428. doi : 10.1371/journal.pbio.0040428 . PMC 1750925. PMID 17238277 .
^ Misevic, Dusan; Ofria, Charles; Lenski, Richard E. (2005). 「有性生殖はデジタル生物の遺伝的構造を変化させる」Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 273 (1585): 457–464. doi :10.1098/rspb.2005.3338. PMC 1560214 . PMID 16615213.

外部リンク

アビダソフトウェア
ロバート・T・ペノックが率いるAvida-EDプロジェクト
Avida 開発者サイト
複雑適応機能の進化的起源 2009-03-02ウェイバックマシンにアーカイブ2003 Nature 論文
2010 Microbe WORLD の Carl Zimmer とのポッドキャスト
Google Scholar Citationに掲載されたオフリアの出版物

[1] 「Ofria and Owen receives Withrow Awards」ミシガン州立大学。2016年6月4日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年10月2日閲覧。

[2] “Ofria and Tan received Withrow awards”.ミシガン州立大学. 2015年3月25日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年10月2日閲覧。

[3] “Charles Ofria (senior)”. FamilyCar.com. 2013年2月8日時点のオリジナルよりアーカイブ。2011年12月11日閲覧。

[4] コンピューターサイエンスミシガン州立大学

[5] 「ダーウィンのテスト」。ディスカバーマガジン。2005年2月。

[6] 「Charles Ofria が NSF CAREER 賞を受賞」ミシガン州立大学2007 年。2012 年 4 月 6 日時点のオリジナルよりアーカイブ。

[7] 「オフリアとタンがウィズロー賞を受賞」2010年。

[8] 「ジェイン、オフリア、スタイアウォルトがウィズロー賞を受賞」2006年。

[9] 「2017 ウィリアム J. ビール優秀教員賞」 2017年。

[10] Clune, J; Misevic, D; Ofria, C; Lenski, RE; Elena, SF; Sanjuán, R (2008). 「自然選択は、険しい適応度地形における長期適応のための突然変異率の最適化に失敗する」PLOS Computational Biology . 4 (9): e1000187. Bibcode :2008PLSCB...4E0187C. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000187 . PMC 2527516 . PMID 18818724.

[11] Ofria, Charles; Huang, Wei; Torng, Eric (2007). 「複雑性の漸進的進化と複雑な特徴の突然の出現について」.人工生命. 14 (3): 255–263. doi :10.1162/artl.2008.14.3.14302. PMID 18489251. S2CID 2010637.

[12] Elena, Santiago F.; Wilke, Claus O.; Ofria, Charles; Lenski, Richard E. (2007). 「集団サイズと突然変異率が突然変異の堅牢性の進化に与える影響」. Evolution . 61 (3): 666–674. doi : 10.1111/j.1558-5646.2007.00064.x . PMID 17348929. S2CID 14353070.

[13] Ostrowski, Elizabeth A.; Ofria, Charles; Lenski, Richard E. (2007). 「デジタル生物の生態学的特化と適応的衰退」. The American Naturalist . 169 (1): E1–20. doi :10.1086/510211. JSTOR 10.1086/510211. PMID 17206577. S2CID 15024491.

[14] Lenski, RE; Barrick, JE; Ofria, C (2006). 「堅牢性と進化性のバランス」. PLOS Biology . 4 (12): e428. doi : 10.1371/journal.pbio.0040428 . PMC 1750925. PMID 17238277 .

[15] Misevic, Dusan; Ofria, Charles; Lenski, Richard E. (2005). 「有性生殖はデジタル生物の遺伝的構造を変化させる」Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 273 (1585): 457–464. doi :10.1098/rspb.2005.3338. PMC 1560214 . PMID 16615213.