バイオJS

バイオJS
初回リリース	2012
リポジトリ	github.com/biojs/biojs ;
書かれた	JavaScript
タイプ	バイオインフォマティクス
ライセンス	アパッチ2
Webサイト	バイオジェス

BioJS は、ウェブ上のバイオインフォマティクスデータのためのオープンソースプロジェクトです。 ^[1]その目標は、生物学的データを視覚化するためのJavaScriptコンポーネントのオープンソースライブラリを開発することです。^[2] BioJS は、他の人が再利用できる小さな構成要素 (コンポーネント) を開発し、維持しています。利用可能なコンポーネントを見つけるために、BioJS はレジストリを維持しています。2018-03-13 にアーカイブされています。

歴史

BioJS の最初のバージョンは、2012 年に John Gomez Carvajal によってリリースされました。これは、Web アプリケーションで生物学的データを表す Web コンポーネントの JavaScript ライブラリとして開発されました。バージョン 2.0 にはライブラリの完全な再設計が含まれ、Manuel Corpasが主導し、David Dao と Sebastian Wilzbach が開発した Google Summer of Code プロジェクトとして 2014 年にリリースされました。それ以来、100 人以上がこのプロジェクトに貢献しています。現在、150 を超えるコンポーネントが BioJS レジストリで利用可能です。

公開されたコンポーネントの選択リスト

DAGビューア^[3]
DNAコンテンツビューア^[4]
フィーチャビューア^[5]
ヒートマップビューア^[6]
インターマイン分析^[7]
インターマインエンドポイント^[8]
KEGGビューア^[9]
PPI相互作用^[10]
サイキックグラフ^[11]
シーケンス^[12]
ウィッグエクスプローラー^[13]
ツリーウィジェット^[14]

BioJS を使用している機関

参照

参考文献

^ コーパス;ヒメネス、ラファエル。カーボン、セス・J;ガルシア、アレックス。ガルシア、レイラ。ゴールドバーグ、タチアナ。ゴメス、ジョン。カルデリミス、アレクシス。ルイス、スザンナ E;イアン・マルバニー。パウリク、アレクサンドラ。ローランド、フランシス。サラザール、グスタボ。シュライバー、フェビアン。イアン・シリトー。スプーナー、ウィリアム・H;ありがとう、アニル。ビジャベセス、ホセ M;ヤチダフ、ガイ。ヘルムヤコブ、ヘニング (2014)。「BioJS: 生物学的視覚化のためのオープンソース標準 - 2014 年の状況」。F1000リサーチ。3 : 55.土井: 10.12688/f1000research.3-55.v1。ISSN 2046-1402。PMC 4103492 . PMID 25075290.
^ 「BioJS のビジョンとミッション」。BioJS。2014 年 8 月 10 日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014 年8 月 29 日閲覧。
^ Kalderimis, Alexis; Stepan, Radek; Sullivan, Julie; Lyne, Rachel; Lyne, Michael; Micklem, Gos (2014). 「BioJS DAGViewer: 有向グラフを表示するための再利用可能な JavaScript コンポーネント」. F1000Research . 3:51 . doi : 10.12688/f1000research.3-51.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 3945768. PMID 24627804 .
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^ Garcia, Leyla; Yachdav, Guy; Martin, Maria-Jesus (2014). 「FeatureViewer、タンパク質配列の位置ベースの注釈を視覚化する BioJS コンポーネント」F1000Research . 3 : 47. doi : 10.12688/f1000research.3-47.v2 . ISSN 2046-1402. PMC 3983936 . PMID 24741440.
^ Yachdav, Guy; Hecht, Maximilian; Pasmanik-Chor, Metsada; Yeheskel, Adva; Rost, Burkhard (2014). 「HeatMapViewer: 生物学における 2D データのインタラクティブ表示」. F1000Research . 3:48 . doi : 10.12688/f1000research.3-48.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 4023661. PMID 24860644 .
^ Kalderimis, Alexis; Stepan, Radek; Sullivan, Julie; Lyne, Rachel; Lyne, Michael; Micklem, Gos (2014). 「BioJS InterMine リスト分析: InterMine エンドポイントからのアイテムのコレクションのグラフィカルまたは統計分析を表示するための BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3 : 45. doi : 10.12688/f1000research.3-45.v1 . ISSN 2046-1402.
^ Kalderimis, Alexis; Stepan, Radek; Sullivan, Julie; Lyne, Rachel; Lyne, Michael; Micklem, Gos (2014). 「BioJS InterMineTable コンポーネント: InterMine 互換 Web サービスエンドポイントからのデータを表示するための BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3 : 46. doi : 10.12688/f1000research.3-46.v1 . ISSN 2046-1402.
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^ Salazar, Gustavo A.; Meintjes, Ayton; Mulder, Nicola (2014). 「PPI レイアウト: タンパク質間相互作用を表示 するための BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3:50 . doi : 10.12688/f1000research.3-50.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 4103490. PMID 25075288.
^ Villaveces, Jose M.; Jimenez, Rafael C.; Habermann, Bianca H. (2014). 「PsicquicGraph、PSICQUIC サーバーからの分子相互作用を視覚化する BioJS コンポーネント」F1000Research . 3 : 44. doi : 10.12688/f1000research.3-44.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 4097353 . PMID 25075287.
^ Gomez, John; Jimenez, Rafael (2014). 「Sequence、シーケンスを視覚化するための BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3:52 . doi : 10.12688/f1000research.3-52.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 4103491. PMID 25075289 .
^ Thanki, Anil S.; Jimenez, Rafael C.; Kaithakottil, Gemy G.; Corpas, Manuel ; Davey, Robert P. (2014). 「wigExplorer、ウィッグデータを視覚化する BioJS コンポーネント」F1000Research . 3:53 . doi : 10.12688/f1000research.3-53.v2 . ISSN 2046-1402. PMC 5054804 . PMID 27781080.
^ Schreiber, Fabian (2014). 「treeWidget: 系統樹を視覚化する BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3:49 . doi : 10.12688/f1000research.3-49.v1 . ISSN 2046-1402.

外部リンク

公式サイト
GitHubの Biojs

[CorpasJimenez2014-1] コーパス;ヒメネス、ラファエル。カーボン、セス・J;ガルシア、アレックス。ガルシア、レイラ。ゴールドバーグ、タチアナ。ゴメス、ジョン。カルデリミス、アレクシス。ルイス、スザンナ E;イアン・マルバニー。パウリク、アレクサンドラ。ローランド、フランシス。サラザール、グスタボ。シュライバー、フェビアン。イアン・シリトー。スプーナー、ウィリアム・H;ありがとう、アニル。ビジャベセス、ホセ M;ヤチダフ、ガイ。ヘルムヤコブ、ヘニング (2014)。「BioJS: 生物学的視覚化のためのオープンソース標準 - 2014 年の状況」。F1000リサーチ。3 : 55.土井: 10.12688/f1000research.3-55.v1。ISSN 2046-1402。PMC 4103492 . PMID 25075290.

[BioJS_Mission-2] 「BioJS のビジョンとミッション」。BioJS。2014 年 8 月 10 日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014 年8 月 29 日閲覧。

[3] Kalderimis, Alexis; Stepan, Radek; Sullivan, Julie; Lyne, Rachel; Lyne, Michael; Micklem, Gos (2014). 「BioJS DAGViewer: 有向グラフを表示するための再利用可能な JavaScript コンポーネント」. F1000Research . 3:51 . doi : 10.12688/f1000research.3-51.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 3945768. PMID 24627804 .

[ThankiCaim2014-4] Thanki, Anil S.; Caim, Shabhonam; Corpas, Manuel ; Davey, Robert P. (2014). 「DNAContentViewer GC/AT コンテンツを視覚化する BioJS コンポーネント」F1000Research . 3:54 . doi : 10.12688/f1000research.3-54.v1 . ISSN 2046-1402.

[GarciaYachdav2014-5] Garcia, Leyla; Yachdav, Guy; Martin, Maria-Jesus (2014). 「FeatureViewer、タンパク質配列の位置ベースの注釈を視覚化する BioJS コンポーネント」F1000Research . 3 : 47. doi : 10.12688/f1000research.3-47.v2 . ISSN 2046-1402. PMC 3983936 . PMID 24741440.

[YachdavHecht2014-6] Yachdav, Guy; Hecht, Maximilian; Pasmanik-Chor, Metsada; Yeheskel, Adva; Rost, Burkhard (2014). 「HeatMapViewer: 生物学における 2D データのインタラクティブ表示」. F1000Research . 3:48 . doi : 10.12688/f1000research.3-48.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 4023661. PMID 24860644 .

[7] Kalderimis, Alexis; Stepan, Radek; Sullivan, Julie; Lyne, Rachel; Lyne, Michael; Micklem, Gos (2014). 「BioJS InterMine リスト分析: InterMine エンドポイントからのアイテムのコレクションのグラフィカルまたは統計分析を表示するための BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3 : 45. doi : 10.12688/f1000research.3-45.v1 . ISSN 2046-1402.

[8] Kalderimis, Alexis; Stepan, Radek; Sullivan, Julie; Lyne, Rachel; Lyne, Michael; Micklem, Gos (2014). 「BioJS InterMineTable コンポーネント: InterMine 互換 Web サービスエンドポイントからのデータを表示するための BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3 : 46. doi : 10.12688/f1000research.3-46.v1 . ISSN 2046-1402.

[9] Villaveces, Jose M.; Jimenez, Rafael C.; Habermann, Bianca H. (2014). 「KEGGViewer、KEGG Pathways を視覚化する BioJS コンポーネント」F1000Research . 3 : 43. doi : 10.12688/f1000research.3-43.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 3954160 . PMID 24715980.

[SalazarMeintjes2014-10] ^ Salazar, Gustavo A.; Meintjes, Ayton; Mulder, Nicola (2014). 「PPI レイアウト: タンパク質間相互作用を表示 するための BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3:50 . doi : 10.12688/f1000research.3-50.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 4103490. PMID 25075288.

[11] Villaveces, Jose M.; Jimenez, Rafael C.; Habermann, Bianca H. (2014). 「PsicquicGraph、PSICQUIC サーバーからの分子相互作用を視覚化する BioJS コンポーネント」F1000Research . 3 : 44. doi : 10.12688/f1000research.3-44.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 4097353 . PMID 25075287.

[GomezJimenez2014-12] Gomez, John; Jimenez, Rafael (2014). 「Sequence、シーケンスを視覚化するための BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3:52 . doi : 10.12688/f1000research.3-52.v1 . ISSN 2046-1402. PMC 4103491. PMID 25075289 .

[ThankiJimenez2014-13] Thanki, Anil S.; Jimenez, Rafael C.; Kaithakottil, Gemy G.; Corpas, Manuel ; Davey, Robert P. (2014). 「wigExplorer、ウィッグデータを視覚化する BioJS コンポーネント」F1000Research . 3:53 . doi : 10.12688/f1000research.3-53.v2 . ISSN 2046-1402. PMC 5054804 . PMID 27781080.

[Schreiber2014-14] Schreiber, Fabian (2014). 「treeWidget: 系統樹を視覚化する BioJS コンポーネント」. F1000Research . 3:49 . doi : 10.12688/f1000research.3-49.v1 . ISSN 2046-1402.