バイオバイク

BioBike ^{[1] [2]}（旧称BioLingua ^[3]）は、クラウドベースのウェブ経由でプログラム可能な（PaaS）シンボリックバイオコンピューティングおよびバイオインフォマティクスプラットフォームであり、計算生物学、特にインテリジェントバイオコンピューティング（つまり、計算生物学への人工知能の応用）を、専門のプログラマではない研究者が利用できるようにすることを目的とします。^[4]

BioBIKE は、統合されたシンボリック バイオコンピューティングおよびバイオインフォマティクス プラットフォームであり、最初から完全に (現在ではクラウドベースと呼ばれている)クラウド ベースのアーキテクチャとして構築されており、すべてのコンピューティングはリモート サーバーで実行され、すべてのユーザー アクセスは Web ブラウザーを通じて実行されます。

BioBIKEには、すべてのオブジェクト、データ、知識が表現されるフレーム システムが組み込まれています。これにより、ネイティブLisp、ビジュアル プログラミング言語、またはSNARK定理証明器で表現されたルール システムで記述されたコードから、生物学的知識全体に統合された方法でアクセスできるようになります。

当時としては（2002年にリリース）、ユーザーがバックエンドサーバー上でWebブラウザーUIのみで動作する、完全に機能するバイオコンピューティングプログラムを作成できるという点でユニークでした。（現代の言葉で言えば、これはSalesforceよりも前からこの機能を備えていた、最初のPaaS（サービスとしてのプラットフォーム）システムの1つでした。）当初、このプログラミングは生のLispで行われていましたが、 VCUのJeff ElhaiのチームはNSFの資金援助を受けて、Boxerスタイルのプログラミング環境に基づいて、BioBIKE上に完全にグラフィカルなプログラミング環境を作成しました。^[1]

BioBIKEはマルチヘッド、マルチスレッド、マルチユーザー、マルチテナントのクラウドベースシステムであるため、ユーザーはWebブラウザを介して直接共同作業を行うことができ、リモートで同じリスナーとメモリ空間を共有できます。これにより、Shrager (2007)で議論されているようなユニークなコラボレーションが可能になりました。^[5]

BioBIKEの特殊な派生である「BioDeducta」には、SRIのSNARK定理証明器が含まれており、独自の「演繹的バイオコンピューティング」機能を提供します。^[2]

BioBIKEはLispプログラミング言語を使用して実装されたオープンソースソフトウェアです。継続的な開発はバージニアコモンウェルス大学を中心とするBioBIKEチーム^[6]によって行われています。

BioBIKE は元々「BioLingua」と呼ばれ、ワシントンのカーネギー研究所植物生物学部の Jeff Shrager と、NASA の宇宙生物学部門の資金提供を受けて JP Massar によって開発されました。Shrager と Massar は、バイオインフォマティクスに特化した、Web ベースのマルチユーザーLisp マシンを作成したいと考えていました。このプロジェクトに初期から貢献した他の人物には、Mike Travers と VCU の Jeff Elhai がいます。Elhai は、このプロジェクトのために国立科学財団から継続的な資金提供を受け、BioBIKE と改名されました。Elhai と同僚は、BioBIKE 独自のビジュアル プログラミング言語を追加しました。一方、Shrager は SRI の Richard Waldinger と協力して、SRI ( SNARK ) の定理証明器を BioBIKE に組み込み、BioDeducta と呼ばれる演繹的バイオコンピューティング システムを作り上げました。^[2]

かつては、ウイルス病原体、シアノバクテリアやその他の細菌、シロイヌナズナ、および参考文献に記載されているその他のいくつかの生物領域を含む、さまざまな生物学的領域に多数の BioBIKE 垂直分野がありました。

• バイオインフォマティクスワークフロー管理システム

• BioBIKE プロジェクトホームページ