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AMPHORA（「AutoMated Phylogenomic infeRence Application」）はオープンソースのバイオインフォマティクスワークフローです。[ 1 ] [ 2 ] AMPHORA2は、メタゲノムデータセットから系統情報を推論するために、 31個の細菌および104個の古細菌の系統マーカー遺伝子を使用します。マーカー遺伝子のほとんどは単一コピー遺伝子であるため、AMPHORA2はメタゲノムショットガンシーケンスデータから細菌および古細菌群集の正確な分類学的構成を推論するのに適しています。
AMPHORAは2008年にサルガッソ海のメタゲノムデータの再解析に初めて使用されました[ 3 ]が、最近ではAMPHORA2による解析を待つメタゲノムデータセットがSequence Read Archiveにますます増えています。
AmphoraNet [ 4 ]は、PIT バイオインフォマティクスグループによって開発された AMPHORA2 ワークフローのウェブサーバー実装です。AmphoraNet は AMPHORA2 のデフォルトオプションを使用します。
AmphoraVizu [ 5 ]は、PITバイオインフォマティクスグループによって開発されたウェブサーバーであり、AMPHORA2またはそのウェブサーバー実装であるAmphoraNetによって生成された出力を視覚化することができます。
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