2009年コパ・サンタンデール・リベルタドーレスの最後の4段階はノックアウトステージであり、ラウンド16、準々決勝、準決勝、そして決勝である。
トーナメントの残りのステージは、シングルエリミネーション方式で行われます。各ステージでは、各チームがホーム&アウェイ方式で対戦相手と2試合制で対戦します。勝利チームは3ポイント、引き分けチームは1ポイント、敗北チームは0ポイントを獲得します。各対戦終了時点で最も多くのポイントを獲得したチームが次のステージに進出します。
同点の場合の順位決定基準は以下のとおりです。
決勝トーナメントに進出した16チームは、グループステージの結果に基づいてシード順位が決定されます。各グループの上位チームは1位から8位までシードされ、最多得点チームが1位、最少得点チームが8位となります。各グループの次点チームは9位から16位までシードされ、最多得点チームが9位、最少得点チームが16位となります。シード順位の高いチームは、各対戦の第2戦をホームで戦います。
ラウンド16は5月5日に始まった。シード順位の高いチーム1は、第2戦をホームで戦った。
スポルト・レシフェ 3-3 パルメイラスは勝ち点で、スポルト・レシフェとパルメイラスは得失点差で並んだ。パルメイラスはPK戦の末3対1で勝利した。
カラカス 3-3 デポルティーボ・クエンカ(勝ち点差)。得失点差+3でカラカスが勝利。
グレミオが勝ち点6対0で勝利した。
クルゼイロが勝ち点6対0で勝利した。
エストゥディアンテスがポイントで4対1で勝利した。
デフェンソール・スポルティングが勝ち点4対1で勝利した。
シード順位が高いチーム1は、第2戦をホームで戦う。
ナシオナル 2-2 パルメイラス (勝ち点)ナシオナルとパルメイラスは得失点差と得点数で並んだ。ナシオナルがアウェーゴールで前進。
グレミオ 2−2 カラカスが勝ち点を獲得。グレミオとカラカスは得失点差と得点数で並んだ。グレミオがアウェイゴールで前進する。
エストゥディアンテスが6-0で勝ち点を上げた。
クルゼイロが6-0で勝ち点を上げた。
エストゥディアンテスが6-0で勝ち点を上げた。
クルゼイロが4-1で勝ち点を上げた。
決勝戦は7月8日と15日に行われた。
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