ユニカーブDB

UniCarb-DB ^[1]は、グリコミクスで使用される構造および質量分析データベースです。UniCarb-DB は、手動で注釈が付けられた糖タンパク質から放出されたN結合型およびO結合型グリカンの LC-MS/MS スペクトルを 1000 件以上提供しています。各エントリには、公開された研究への参照、構造に関する情報、GlyToucan アクセッション番号、完全なピークリストを含む MS/MS フラグメンテーション、生物学的コンテキスト、実験メタデータが含まれています。^{[2]このデータベースは}、ヨーテボリ大学とマッコーリー大学の共同作業によって作成され^[3]^{[4] 、2016 年 11 月以降は}スイスバイオインフォマティクス研究所によってホストされています。このデータベースは、グリコミクス MS/MS データをデータベースに送信するための最小情報標準MIRAGE (グリコミクス実験について必要な最小情報)を実装した最初のデータベースです。 ^[5]

参考文献

^ 「UniCarb-DB」。unicarb-db.expasy.org 。 2016年11月14日閲覧。
^ Lisacek, Frederique; Mariethoz, Julien; Alocci, Davide; Rudd, PaulineM.; Abrahams, JodieL.; Campbell, MatthewP.; Packer, NicolleH.; Ståhle, Jonas; Widmalm, Göran (2017-01-01). 「グリコミクスとグリコプロテオミクスのためのデータベースと関連ツール」。Lauc, Gordan; Wuhrer, Manfred (編)。ハイスループットグリコミクスとグリコプロテオミクス。分子生物学の方法。第 1503 巻。Springer New York。pp. 235–264。doi :10.1007 / 978-1-4939-6493-2_18。ISBN 9781493964918. PMID 27743371。
^ Campbell, Matthew P.; Nguyen-Khuong, Terry; Hayes, Catherine A.; Flowers, Sarah A.; Alagesan, Kathirvel; Kolarich, Daniel; Packer, Nicolle H.; Karlsson, Niclas G. (2014-01-01). 「UniCarb-DB のキュレーションパイプラインの検証: グローバルグリカン参照 MS/MS リポジトリの構築」. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics . 1844 (1 Pt A): 108–116. doi :10.1016/j.bbapap.2013.04.018. ISSN 0006-3002. PMID 23624262.
^ Hayes, Catherine A.; Karlsson, Niclas G.; Struwe, Weston B.; Lisacek, Frederique; Rudd, Pauline M.; Packer, Nicolle H.; Campbell, Matthew P. (2011-05-01). 「UniCarb-DB: グリコミクス発見のためのデータベースリソース」.バイオインフォマティクス. 27 (9): 1343–1344. doi : 10.1093/bioinformatics/btr137 . ISSN 1367-4811. PMID 21398669.
^ ロハス＝マシアス、ミゲル A.;マリートーズ、ジュリアン。アンダーソン、ピーター。ジン・チュンシェン。ヴェンカタクリシュナン、ヴィグネーシュ。青木伸之 P.新町大輔クリストファー・アッシュウッド。マドゥニッチ、カタリナ（2018-08-27）。「報告ガイドラインに準拠したグライコミ質量分析データの記録のための電子ワークフロー」。バイオRxiv。土井：10.1101/401141。

外部リンク

ユニカーブDB

[1] 「UniCarb-DB」。unicarb-db.expasy.org 。 2016年11月14日閲覧。

[2] Lisacek, Frederique; Mariethoz, Julien; Alocci, Davide; Rudd, PaulineM.; Abrahams, JodieL.; Campbell, MatthewP.; Packer, NicolleH.; Ståhle, Jonas; Widmalm, Göran (2017-01-01). 「グリコミクスとグリコプロテオミクスのためのデータベースと関連ツール」。Lauc, Gordan; Wuhrer, Manfred (編)。ハイスループットグリコミクスとグリコプロテオミクス。分子生物学の方法。第 1503 巻。Springer New York。pp. 235–264。doi :10.1007 / 978-1-4939-6493-2_18。ISBN 9781493964918. PMID 27743371。

[3] Campbell, Matthew P.; Nguyen-Khuong, Terry; Hayes, Catherine A.; Flowers, Sarah A.; Alagesan, Kathirvel; Kolarich, Daniel; Packer, Nicolle H.; Karlsson, Niclas G. (2014-01-01). 「UniCarb-DB のキュレーションパイプラインの検証: グローバルグリカン参照 MS/MS リポジトリの構築」. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics . 1844 (1 Pt A): 108–116. doi :10.1016/j.bbapap.2013.04.018. ISSN 0006-3002. PMID 23624262.

[4] Hayes, Catherine A.; Karlsson, Niclas G.; Struwe, Weston B.; Lisacek, Frederique; Rudd, Pauline M.; Packer, Nicolle H.; Campbell, Matthew P. (2011-05-01). 「UniCarb-DB: グリコミクス発見のためのデータベースリソース」.バイオインフォマティクス. 27 (9): 1343–1344. doi : 10.1093/bioinformatics/btr137 . ISSN 1367-4811. PMID 21398669.

[5] ロハス＝マシアス、ミゲル A.;マリートーズ、ジュリアン。アンダーソン、ピーター。ジン・チュンシェン。ヴェンカタクリシュナン、ヴィグネーシュ。青木伸之 P.新町大輔クリストファー・アッシュウッド。マドゥニッチ、カタリナ（2018-08-27）。「報告ガイドラインに準拠したグライコミ質量分析データの記録のための電子ワークフロー」。バイオRxiv。土井：10.1101/401141。