グリコミクス実験に必要な最小限の情報

グリコミクス実験に関する最低限必要な情報( MIRAGE )イニシアチブは、最低限の情報基準の一部であり、特にグリコミクス実験の報告 (メタデータの記述)に関するガイドラインに適用されます。このイニシアチブは、Beilstein Institute for the Advancement of Chemical Sciencesによってサポートされています。^[1] MIRAGE プロジェクトは、相互作用および構造グリコミクスデータの公開ガイドラインの開発と、データ交換フォーマットの開発に重点を置いています。このプロジェクトは 2011 年にシアトルで開始され、MIRAGE プロジェクトの目的の説明から始まりました。^[2]

組織

MIRAGE 委員会は、互いに密接に連携する 3 つのグループで構成されています。諮問委員会は糖鎖生物学の第一線で活躍する科学者で構成され、例えばワーキンググループの成果を批判的に検討し、コミュニティ内で報告ガイドラインを推進します。ワーキンググループは外部の相談を求め、糖鎖学コミュニティと直接やり取りします。グループのメンバーは、MIRAGE プロジェクトの全体的な目的を達成するために、特定の研究分野に焦点を当てて、定義されたサブプロジェクト (ガイドラインの開発と改訂など) を実行します。調整チームはワーキンググループのサブプロジェクトを結び付け、その結果を諮問委員会に渡して検討します。

報告ガイドライン

以下の報告ガイドラインが開発され、公開されました。

質量分析法に基づくグリカン分析を報告するためのMIRAGE MSガイドライン。^{[2]これらのガイドラインは、}MIAPEガイドラインテンプレート、つまりMIAPE-MSバージョン2.24に基づいています。 ^[3]
MIRAGEサンプル準備ガイドライン^[4]は、データ分析の要件を簡潔かつ一貫したものに保つために、今後のMIRAGE報告ガイドラインの共通の基礎となると考えられています。
MIRAGEグリカンマイクロアレイガイドラインは、グリカンアレイ実験の包括的な説明と、グリカンマイクロアレイ分析の報告ガイドラインを策定したものです。^[5]これらのガイドラインに準拠した報告を行えるよう、著者を支援するために、模範的な出版物とデータ例を含むテンプレートが提供されています。^[6]
MIRAGE液体クロマトグラフィー（LC）グリカンデータの報告に関するガイドライン。^[7]

デリバティブ

MIRAGE レポートガイドラインは、実験的グリカンデータの分析用ソフトウェアツールと、相互作用分析データ (グリカンマイクロアレイ実験など) および構造分析データ (質量分析および液体クロマトグラフィー実験など) の保管用データベースの両方の開発に関連する後続のプロジェクトに不可欠なフレームワークを提供します。ガイドラインには、グリコミクス実験を包括的にレポートするために必要な最小限の情報の定義が含まれているため、この情報はデータベース構造、データ取得フォーム、およびデータ交換形式に組み込まれています。

以下のデータベースは MIRAGE ガイドラインに準拠しています。

UniCarb-DB は、LC-タンデム質量分析戦略によって特徴付けられたグリカン構造および関連するフラグメントデータに関する厳選されたデータと情報を保存します。
GlycoStore は、さまざまな糖タンパク質、糖脂質、バイオ医薬品に関連する N-、O-、スフィンゴ糖脂質 (GSL) グリカンおよび遊離オリゴ糖の、クロマトグラフィー、電気泳動、質量分析から得られた組成データベースです。
UniCarb-DR ^[8]グリカン構造のMS ^{nデータリポジトリ}
GlycoPOST は、グリコミクスとグリコプロテオミクスの質量スペクトルリポジトリです。

以下のプロジェクトは MIRAGE 標準を参照しています。

GlyTouCanは、個別に報告されたグリカン構造に固有の識別子が割り当てられるグリカン構造リポジトリです。
UniCarbKB グリカンと糖タンパク質のデータベース
GlyGen、炭水化物および糖質複合物関連データの統合および配信プロジェクト
GlyConnect、グリコミクスとグリコプロテオミクスの統合プラットフォーム

参考文献

^ “バイルシュタイン研究所のミラージュ”.
^ ab Kolarich, Daniel; Rapp, Erdmann; Struwe, Weston B.; Haslam, Stuart M.; Zaia, Joseph; McBride, Ryan; Agravat, Sanjay; Campbell, Matthew P.; Kato, Masaki; Ranzinger, Rene; Kettner, Carsten; York, William S. (2013 年 4 月 1 日)。「グリコミクス実験に必要な最小限の情報 (MIRAGE) プロジェクト: 質量分析法に基づく糖分析データの報告基準の改善」。Molecular & Cellular Proteomics。12 ( 4 ) : 991–995。doi : 10.1074 / mcp.O112.026492。ISSN 1535-9476。PMC 3617344。PMID 23378518。
^ Taylor, Chris F; Binz, Pierre-Alain; Aebersold, Ruedi; Affolter, Michel; Barkovich, Robert; Deutsch, Eric W; Horn, David M; Hühmer, Andreas; Kussmann, Martin; Lilley, Kathryn; Macht, Marcus; Mann, Matthias; Müller, Dieter; Neubert, Thomas A; Nickson, Janice; Patterson, Scott D; Raso, Roberto; Resing, Kathryn; Seymour, Sean L; Tsugita, Akira; Xenarios, Ioannis; Zeng, Rong; Julian, Randall K (2008 年 8 月 1 日)。「プロテオミクスにおける質量分析法の使用を報告するためのガイドライン」。Nature Biotechnology 26 ( 8): 860–861。doi :10.1038/nbt0808-860. PMID 18688232. S2CID 205270031.
^ Struwe, et al. (2016年9月). 「グリコミクス実験（MIRAGE）プロジェクトに必要な最小限の情報：グリコミクスデータセットの信頼性の高いレポートのためのサンプル準備ガイドライン」. Glycobiology . 26 ( 9): 907–910. doi :10.1093/glycob/cww082. PMC 5045532. PMID 27654115.
^ Liu, et al. (2017年4月). 「グリコミクス実験（MIRAGE）プロジェクトに必要な最小限の情報：グリカンマイクロアレイベースのデータを報告する基準の改善」. Glycobiology . 27 (4): 280–284. doi :10.1093/glycob/cww118. PMC 5444268. PMID 27993942 .
^ 例 - MIRAGE - プロジェクト - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften
^ Campbell, Matthew P; Abrahams, Jodie L; Rapp, Erdmann; Struwe, Weston B; Costello, Catherine E; Novotny, Milos; Ranzinger, Rene; York, William S; Kolarich, Daniel; Rudd, Pauline M; Kettner, Carsten (2019年2月19日). 「グリコミクス実験（MIRAGE）プロジェクトに必要な最小限の情報：LCガイドライン」. Glycobiology . 29 (5): 349–354. doi :10.1093/glycob/cwz009. PMID 30778580.
^ ニクラス・カールソン;リサチェク、フレデリック。青木-木下、清子 F.パッカー、ニコル・H.ケトナー、カールステン。ウーラー、マンフレッド。ラッド、ポーリン M.コラリッチ、ダニエル。レヴァンダー、フレドリック。ストルーウェ、ウェストン B.ホーラッチャー、オリバー。ミラー、レベッカ L.。張、タオ。マドゥニッチ、カタリナ。クリストファー・アッシュウッド。新町大輔青木伸之 P.ヴェンカタクリシュナン、ヴィグネーシュ。ジン・チュンシェン。アンダーソン、ピーター。マリートーズ、ジュリアン。ロハス・マシアス、ミゲル・A.（2018年8月27日）。「報告ガイドラインに準拠したグライコミ質量分析データの記録のための電子ワークフロー」。bioRxiv : 401141.doi : 10.1101 / 401141 .

外部リンク

MIRAGEサンプル準備ガイドラインについてはFairsharing.orgに記録してください
MIRAGE質量分析ガイドラインのFairsharing.orgへの記録
MIRAGE Glycan アレイガイドラインの Fairsharing.org への記録
MIRAGE 液体クロマトグラフィーガイドラインの Fairsharing.org での記録

[1] “バイルシュタイン研究所のミラージュ”.

[KolarichYork-2] Kolarich, Daniel; Rapp, Erdmann; Struwe, Weston B.; Haslam, Stuart M.; Zaia, Joseph; McBride, Ryan; Agravat, Sanjay; Campbell, Matthew P.; Kato, Masaki; Ranzinger, Rene; Kettner, Carsten; York, William S. (2013 年 4 月 1 日)。「グリコミクス実験に必要な最小限の情報 (MIRAGE) プロジェクト: 質量分析法に基づく糖分析データの報告基準の改善」。Molecular & Cellular Proteomics。12 ( 4 ) : 991–995。doi : 10.1074 / mcp.O112.026492。ISSN 1535-9476。PMC 3617344。PMID 23378518。

[3] Taylor, Chris F; Binz, Pierre-Alain; Aebersold, Ruedi; Affolter, Michel; Barkovich, Robert; Deutsch, Eric W; Horn, David M; Hühmer, Andreas; Kussmann, Martin; Lilley, Kathryn; Macht, Marcus; Mann, Matthias; Müller, Dieter; Neubert, Thomas A; Nickson, Janice; Patterson, Scott D; Raso, Roberto; Resing, Kathryn; Seymour, Sean L; Tsugita, Akira; Xenarios, Ioannis; Zeng, Rong; Julian, Randall K (2008 年 8 月 1 日)。「プロテオミクスにおける質量分析法の使用を報告するためのガイドライン」。Nature Biotechnology 26 ( 8): 860–861。doi :10.1038/nbt0808-860. PMID 18688232. S2CID 205270031.

[The_minimum_information_required_for_a_glycomics_experiment_(MIRAGE)_project:_sample_preparation_guidelines_for_reliable_reporting_of_glycomics_datasets-4] Struwe, et al. (2016年9月). 「グリコミクス実験（MIRAGE）プロジェクトに必要な最小限の情報：グリコミクスデータセットの信頼性の高いレポートのためのサンプル準備ガイドライン」. Glycobiology . 26 ( 9): 907–910. doi :10.1093/glycob/cww082. PMC 5045532. PMID 27654115.

[The_minimum_information_required_for_a_glycomics_experiment_(MIRAGE)_project:_improving_the_standards_for_reporting_glycan_microarray-based_data-5] Liu, et al. (2017年4月). 「グリコミクス実験（MIRAGE）プロジェクトに必要な最小限の情報：グリカンマイクロアレイベースのデータを報告する基準の改善」. Glycobiology . 27 (4): 280–284. doi :10.1093/glycob/cww118. PMC 5444268. PMID 27993942 .

[6] 例 - MIRAGE - プロジェクト - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften

[7] Campbell, Matthew P; Abrahams, Jodie L; Rapp, Erdmann; Struwe, Weston B; Costello, Catherine E; Novotny, Milos; Ranzinger, Rene; York, William S; Kolarich, Daniel; Rudd, Pauline M; Kettner, Carsten (2019年2月19日). 「グリコミクス実験（MIRAGE）プロジェクトに必要な最小限の情報：LCガイドライン」. Glycobiology . 29 (5): 349–354. doi :10.1093/glycob/cwz009. PMID 30778580.

[8] ニクラス・カールソン;リサチェク、フレデリック。青木-木下、清子 F.パッカー、ニコル・H.ケトナー、カールステン。ウーラー、マンフレッド。ラッド、ポーリン M.コラリッチ、ダニエル。レヴァンダー、フレドリック。ストルーウェ、ウェストン B.ホーラッチャー、オリバー。ミラー、レベッカ L.。張、タオ。マドゥニッチ、カタリナ。クリストファー・アッシュウッド。新町大輔青木伸之 P.ヴェンカタクリシュナン、ヴィグネーシュ。ジン・チュンシェン。アンダーソン、ピーター。マリートーズ、ジュリアン。ロハス・マシアス、ミゲル・A.（2018年8月27日）。「報告ガイドラインに準拠したグライコミ質量分析データの記録のための電子ワークフロー」。bioRxiv : 401141.doi : 10.1101 / 401141 .