TIGRFAMs

TIGRFAMsは、手動および自動のゲノム注釈をサポートするために設計されたタンパク質ファミリーのデータベースです。^[1]^[2]^[3]各エントリには、複数の配列アライメントと、アライメントから構築された隠れマルコフモデル（HMM）が含まれています。特定のTIGRFAMs HMMの定義済みカットオフを超えるスコアを持つ配列は、そのタンパク質ファミリーに割り当てられ、対応する注釈が割り当てられる場合があります。ほとんどのモデルは、細菌と古細菌に見られるタンパク質ファミリーを説明しています。

Pfamと同様に、TIGRFAMsはSean Eddyによって書かれたHMMERパッケージを使用します。 ^[4]

歴史

TIGRFAMsはもともとゲノム研究所（TIGR）とその後継機関であるJ.クレイグ・ベンター研究所（JCVI）で作成されていましたが、2018年4月に国立生物工学情報センター（NCBI）に移管されました。TIGRFAMsはInterProのメンバーデータベースのままです。JCVIの最新バージョンであるリリース15.0には、4488のモデルが含まれていました。TIGRFAMsは現在、NCBIで、RefSeqおよびPGAPゲノム注釈パイプラインで使用されるNCBIFAMsと呼ばれるHMMのより大きなコレクションの一部として継続されています。^[5] NCBIではTIGRFAMsモデルの積極的なキュレーションと改訂が継続されていますが、RefSeqグループから新しく構築されたHMMはNCBIFAMsに追加されるときに異なる指定を受けるため、TIGRFAMsモデル自体の作成は終了しました。

参考文献

^ Haft, DH; Selengut , JD ; White, O (2003). 「タンパク質ファミリーのTIGRFAMsデータベース」。核酸研究。31 (1): 371–3. doi :10.1093/nar/gkg128。PMC 165575。PMID 12520025。
^ Selengut, JD; Haft, DH; Davidsen, T; Ganapathy, A; Gwinn-Giglio, M; Nelson, WC; Richter, AR; White, O (2007). 「TIGRFAM とゲノム特性: 原核生物ゲノムの分子機能と生物学的プロセスの割り当てのためのツール」. Nucleic Acids Research . 35 (データベース号): D260–4. doi :10.1093/nar/gkl1043. PMC 1781115. PMID 17151080 .
^ Haft, DH; Selengut, JD; Richter, RA; Harkins, DM; Basu, MK; Beck, E (2012). 「TIGRFAM と 2013 年のゲノム特性」。Nucleic Acids Research . 41 (データベース号): D387-95. doi :10.1093/nar/gks1234. PMC 3531188 . PMID 23197656.
^ Eddy, SR (2009). 「確率的推論に基づく新世代の相同性検索ツール」.ゲノム情報学. ゲノム情報学国際会議. 23 (1): 205–11. PMID 20180275.
^ Li W、O'Neill KR、Haft DH、DiCuccio M、Chetvernin V、Badretdin A; et al. (2021). 「RefSeq: タンパク質ファミリーモデルのキュレーションによる原核生物ゲノムアノテーションパイプラインの範囲拡大」。Nucleic Acids Res . 49 (D1): D1020–D1028. doi :10.1093/nar/gkaa1105. PMC 7779008 . PMID 33270901. {{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク)

外部リンク

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/tigrfams/ - TIGRFAM のホームページ
https://www.ebi.ac.uk/interpro/ - InterPro ホームページ
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protfam/?term=TIGRFAM%5Bfilter%5D - NCBI での TIGRFAM テキスト検索
https://ftp.ncbi.nih.gov/hmm/current - より大きなコレクションの一部として、最新バージョンの TIGRFAM を含む FTP サイト

[1] ^ Haft, DH; Selengut , JD ; White, O (2003). 「タンパク質ファミリーのTIGRFAMsデータベース」。核酸研究。31 (1): 371–3. doi :10.1093/nar/gkg128。PMC 165575。PMID 12520025。

[2] Selengut, JD; Haft, DH; Davidsen, T; Ganapathy, A; Gwinn-Giglio, M; Nelson, WC; Richter, AR; White, O (2007). 「TIGRFAM とゲノム特性: 原核生物ゲノムの分子機能と生物学的プロセスの割り当てのためのツール」. Nucleic Acids Research . 35 (データベース号): D260–4. doi :10.1093/nar/gkl1043. PMC 1781115. PMID 17151080 .

[3] Haft, DH; Selengut, JD; Richter, RA; Harkins, DM; Basu, MK; Beck, E (2012). 「TIGRFAM と 2013 年のゲノム特性」。Nucleic Acids Research . 41 (データベース号): D387-95. doi :10.1093/nar/gks1234. PMC 3531188 . PMID 23197656.

[4] Eddy, SR (2009). 「確率的推論に基づく新世代の相同性検索ツール」.ゲノム情報学. ゲノム情報学国際会議. 23 (1): 205–11. PMID 20180275.

[pmid33270901-5] Li W、O'Neill KR、Haft DH、DiCuccio M、Chetvernin V、Badretdin A; et al. (2021). 「RefSeq: タンパク質ファミリーモデルのキュレーションによる原核生物ゲノムアノテーションパイプラインの範囲拡大」。Nucleic Acids Res . 49 (D1): D1020–D1028. doi :10.1093/nar/gkaa1105. PMC 7779008 . PMID 33270901. {{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク)