酵素学データの報告基準

酵素学データ報告基準（STRENDA）は、最小情報基準の一部である取り組みであり、特に酵素学実験の報告（メタデータの記述）に関するガイドラインの開発に焦点を当てています。この取り組みは、Beilstein Institute for the Advancement of Chemical Sciencesによってサポートされています。^{[1] STRENDA は、}酵素活性データの出版基準と、酵素活性データの電子検証および保存システムである STRENDA DB を確立します。2004 年に開始された STRENDA の基礎は、書面および電子出版物の酵素学データの品質の詳細な分析の結果です。^{[2] [3]}

^{STRENDAプロジェクトは、STRENDA委員会[4]}を構成する世界中の15人の科学者によって推進されており、生化学、酵素命名法、バイオインフォマティクス、システム生物学、モデリング、機構酵素学、理論生物学の専門知識をもって研究を支援しています。

STRENDAガイドライン^[5]は、対応する実験条件を含む酵素活性の調査から得られた運動学的および平衡データを包括的に報告するために必要な最小限の情報を提案しています。この最小限の情報は、酵素学研究データが報告される際にデータセットが包括的に記述されるように科学出版物で取り上げられることが提案されています。これにより、科学者はデータをレビュー、解釈、および裏付けることができるだけでなく、生体触媒経路のモデリングとシミュレーションにデータを再利用することもできます。さらに、ガイドラインは研究者が実験データを再現可能かつ透明にすることをサポートします。^{[6] [7] [8] [9]}

2020年3月現在、55を超える国際生化学ジャーナルが、酵素学データを報告する際に推奨事項としてSTRENDAガイドラインを著者向け指示書に含めています。^[10] STRENDAプロジェクトはFAIRsharing.orgに登録されており^[11]、ガイドラインはシステム生物学のFAIRDOMコミュニティ標準の一部です。^[12]

ストレンダDB

STRENDA DB ^[13]は、ガイドラインを組み込んだウェブベースのストレージおよび検索プラットフォームであり、提出されたデータがSTRENDAガイドラインに準拠しているかどうかを自動的にチェックし、原稿のデータセットが完全で有効であることを保証します。有効なデータセットにはSTRENDAレジストリ番号（SRN）が付与され、提出されたすべてのデータを含むファクトシート（PDF）が作成されます。各データセットはDataciteに登録され、データを参照および追跡するためにDOIが割り当てられます。査読付きジャーナルに原稿が掲載されると、STRENDA DBのデータはオープンアクセス可能になります。^{[14] [15] STRENDA DBは、} re3dataとOpenDOAR が推奨するリポジトリです。OpenAIREによって収集されます。このデータベースサービスは、Nature、The Journal of Biological Chemistry、eLife、PLoSを含む10を超える生化学ジャーナルの著者向け指示書で推奨されています。これは、酵素反応速度論データの検証と保存のための標準ツールとして、さまざまな出版物で参照されています^{[16] [17] [18] [19] [20] [21]} 最近の研究では、2つの主要なジャーナルからのサポート情報を含む11の出版物を調査し、これらの論文のすべてに少なくとも1つの欠落が見つかったことが明らかになりました。著者らは、現在のバージョンのSTRENDA DBを使用すると、関連情報の約80％が利用可能になることが保証されると結論付けました。^[22]

データ管理

STRENDA DBは、研究コミュニティによる研究データ管理のためのツールと考えられている（例：EUプロジェクトCARBAFIN ^[23]）。

• STRENDA DB の FAIRSharing.org の記録、https://fairsharing.org/FAIRsharing.ekj9zx