スリニバス・アルル

スリニバス・アルルは、ジョージア工科大学計算科学工学部の教授であり、ジョージア工科大学データ工学・科学学際研究機関の共同エグゼクティブ・ディレクターです。^{[ 1 ] [ 2 ]}彼の主な研究分野は、高性能コンピューティング、データサイエンス、バイオインフォマティクスとシステム生物学、科学計算における組み合わせ手法、および文字列アルゴリズムです。アルルは、米国科学振興協会（AAAS）および電気電子学会（IEEE）のフェローです。彼は、並列アルゴリズムとアプリケーション、バイオインフォマティクスと計算生物学の学際的研究、特にこれら2つの分野の交わりに関する研究への貢献で最もよく知られています。^{[ 3 ] [ 4 ]}

アルルは1989年にインド工科大学マドラス校でコンピュータサイエンスの学士号を取得しました。その後、1991年と1994年にアイオワ州立大学でコンピュータサイエンスの修士号と博士号を取得しました。博士論文のテーマは「分布に依存しない階層型N体法」でした。^{[ 1 ]}

アルル氏は1991年にエイムズ研究所の研究助手としてキャリアをスタートさせました。博士号取得後、シラキュース大学で客員助教授として短期間勤務した後、ニューメキシコ州立大学コンピュータサイエンス学科の助教授に就任しました。1999年には母校に戻り、電気・コンピュータ工学科の教員を務めました。アイオワ州立大学では、学際工学のスタンレー講座教授（2006年～2009年）とメール教授（2009年～2013年）を務めました。また、学科横断的なバイオインフォマティクスプログラムの議長（2005年～2007年）を務め、電気・コンピュータ工学科の研究・大学院教育担当副学科長（2003年～2006年）も務めました。若手研究者賞、中堅研究者賞、優秀研究業績賞など、数々の大学研究賞を受賞し、高性能コンピューティングとバイオインフォマティクスの研究を主導しました。 2013年、彼はジョージア工科大学の計算科学工学部に移籍した。^{[ 1 ]}

Aluru の研究は、並列アルゴリズムとバイオインフォマティクス、特にゲノミクスへの貢献を中心に展開してきました。彼は計算生物学における並列手法の開発、およびハイスループット DNA シーケンス解析とその応用のためのアルゴリズムとソフトウェアの開発を先駆的に行いました。この文脈において、彼のグループの研究の一部は、特にサフィックス配列の構築や近似配列マッチングのためのアルゴリズムといった基本的な文字列アルゴリズムの開発につながりました。彼はまた、文字列編集距離や生物学的配列アライメントを最適な時間と空間で計算するという未解決問題も解決しました。彼は、トウモロコシゲノムのシーケンス、トウモロコシの新規遺伝子の発見、植物の成長と干ばつ応答の根底にある遺伝的メカニズムの解明など、いくつかの影響力の大きいプロジェクトでドメイン科学者と共同研究を行いました。^{[ 5 ]}

ビッグデータの初期のパイオニアであるアルル氏は、2012年の連邦政府によるビッグデータ投資の第1ラウンドで採択された、NSF-NIHによる8つの最初の中規模ビッグデータプロジェクトのうちの1つを率いました。彼は、NITRDとOSTPが主導するホワイトハウスのワークショップや、NSFとDOEが主導するビッグデータ研究の創出と育成の取り組みに貢献してきました。彼は、米国南部16州とワシントンDCの組織間のビッグデータパートナーシップを育成するNSF南部ビッグデータ地域イノベーションハブ^{[ 6 ]の設立を主導しました。}

• AAASフェロー、「高性能計算生物学への顕著な貢献、特に新しい並列手法の作成と応用を通じて大規模ゲノム解析とシステム生物学を可能にした功績に対して。」(2010) ^{[ 7 ]}
• IEEEフェロー、「計算生物学への貢献に対して」（2010年）^{[ 1 ]}
• ACMフェロー、「計算生物学における並列手法への貢献とデータサイエンスにおけるリーダーシップに対して」（2020年）^{[ 8 ]}
• SIAMフェロー、「計算ゲノミクスにおける逐次および並列離散アルゴリズムへの貢献、およびデータサイエンスとエンジニアリングにおけるリーダーシップに対して」。(2020) ^{[ 9 ]}
• IEEEコンピュータソサエティチャールズ・バベッジ賞、「並列計算生物学の分野への先駆的な貢献に対して」(2025) ^{[ 10 ]}

• Schnable, Patrick S.; Ware, Doreen; Fulton, Robert S.; Stein, Joshua C.; Wei, Fusheng; Pasternak, Shiran; Liang, Chengzhi; Zhang, Jianwei; Fulton, Lucinda (2009-11-20). "B73 トウモロコシゲノム: 複雑性、多様性、および動態" . Science . 326 (5956): 1112– 1115. Bibcode : 2009Sci...326.1112S . doi : 10.1126/science.11​​78534 . ISSN 0036-8075 . PMID 19965430 . S2CID 21433160 .   
• Ko, Pang; Aluru, Srinivas (2003-06-25). "スペース効率の良い線形時間での接尾辞配列の構築".組み合わせパターンマッチング. コンピュータサイエンス講義ノート. Vol.  2676. Springer, Berlin, Heidelberg. pp. 200–210 . doi : 10.1007/3-540-44888-8_15 . ISBN  978-3540448884。
• Huang, Xiaoqiu; Wang, Jianmin; Aluru, Srinivas; Yang, Shiaw-Pyng; Hillier, LaDeana (2003-09-01). "PCAP: 全ゲノムアセンブリプログラム" . Genome Research . 13 (9): 2164– 2170. doi : 10.1101/gr.1390403 . ISSN 1088-9051 . PMC 403719 . PMID 12952883 .   
• Kim, Dong Kyue; Sim, Jeong Seop; Park, Heejin; Park, Kunsoo (2003-06-25). "Linear-Time Construction of Suffix Arrays". Combinatorial Pattern Matching . Lecture Notes in Computer Science. Vol.  2676. Springer, Berlin, Heidelberg. pp. 186–199 . CiteSeerX 10.1.1.458.3655 . doi : 10.1007/3-540-44888-8_14 . ISBN   978-3540448884。
• Yu, Xiaofei; Li, Lei; Zola, Jaroslaw; Aluru, Maneesha; Ye, Huaxun; Foudree, Andrew; Guo, Hongqing; Anderson, Sarah; Aluru, Srinivas (2011-02-01). "シロイヌナズナにおけるBESI標的遺伝子のゲノムワイド同定により明らかになったブラシノステロイド転写ネットワーク". The Plant Journal . 65 (4): 634– 646. doi : 10.1111/j.1365-313X.2010.04449.x . ISSN 1365-313X . PMID 21214652 .  
• Aluru, Srinivas (2005-12-21).計算分子生物学ハンドブック. CRC Press. ISBN 9781420036275。
• Yang, X.; Chockalingam, SP; Aluru, S. (2013-01-01). "次世代シーケンシングにおけるエラー訂正方法の概説" . Briefings in Bioinformatics . 14 (1): 56– 66. doi : 10.1093/bib/bbs015 . ISSN 1467-5463 . PMID 22492192 .  
• Aluru, Srinivas (2005). "スペース効率の良い線形時間での接尾辞配列の構築" .Journal of Discrete Algorithms.3 ( 2–4 ): 143–156 . doi : 10.1016/j.jda.2004.08.002 .
• Yang, X.; Dorman, KS; Aluru, S. (2010-10-15). "Reptile: ショートリードエラー訂正のための代表的タイリング" . Bioinformatics . 26 (20): 2526– 2533. doi : 10.1093/bioinformatics/btq468 . ISSN 1367-4803 . PMID 20834037 .  
• Ott, Michael; Zola, Jaroslaw; Stamatakis, Alexandros; Aluru, Srinivas (2007). 「IBM Blue Gene /L 上での大規模最大尤度法に基づく系統解析」。2007 ACM/IEEE スーパーコンピューティング会議 - SC '07 論文集。p.  1. doi : 10.1145/1362622.1362628 . ISBN 9781595937643. S2CID 16113442 . 
• Kalyanaraman, A. (2003-06-01). "並列コンピュータ上での大規模ESTデータセットの効率的なクラスタリング" . Nucleic Acids Research . 31 (11): 2963– 2974. doi : 10.1093/nar/gkg379 . ISSN 0305-1048 . PMC 156714 . PMID 12771222 .   
• Rajko, S.; Aluru, S. (2004 年 12 月). 「空間と時間の最適な並列シーケンスアライメント」 . IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems . 15 (12): 1070–1081 . doi : 10.1109/TPDS.2004.86 . ISSN 1045-9219 . S2CID 1183248 .