一本鎖コンフォメーション多型

一本鎖コンフォメーション多型（SSCP）、または一本鎖鎖多型とは、特定の実験条件下で配列の違いによって誘発される、同一長さの一本鎖ヌクレオチド配列のコンフォメーションの違いとして定義される。この性質により、ゲル電気泳動によって配列を区別することが可能となり、異なるコンフォメーションに応じて断片が分離される。^{[ 1 ]}

二本鎖DNAに見られるような特定の配列における単一ヌクレオチドの変化は、ゲル電気泳動法では区別できません。これは、二本鎖DNAの物理的性質が両方の対立遺伝子でほぼ同一であるためです。変性後、一本鎖DNAは特徴的な3次元折り畳みを受け、DNA配列に基づいて独自の立体構造をとることがあります。異なる配列を持つ2本の一本鎖DNA鎖の形状の違いにより、ヌクレオチドの数が同じであっても、電気泳動ゲル内での移動方向が異なってしまうことがあり、これは実際にはSSCPの応用例です。

SSCPはかつてDNAシーケンスとは別に新しいDNA多型を発見する方法でしたが、効率と精度の点でシーケンス技術に取って代わられつつあります。 ^{[ 2 ]}現在、SSCPは分子生物学における診断ツールとして最も応用されています。変異スクリーニングの場合、SSCPアッセイは通常、短いPCR断片を中心に設計されます。これは、アンプリコンの長さが長くなるにつれて検出感度が低下するためです。古典的な評価では、最適値は約150 bpであることがわかりました。レビュー文献では、実用的な範囲として、300 bp未満、好ましくは200 bp未満の断片がよく記載されています。^{[ 3 ] [ 4 ]}異なる対立遺伝子状態のホモ接合個体、および電気泳動実験でそれぞれ異なるパターンを示すはずのヘテロ接合個体を検出するために、遺伝子型判定に使用できます。^{[ 5 ]} SSCPは、ウイルス学においてウイルスの異なる株の変異を検出するためにも広く使用されており、その考え方は、両方の株に存在する特定のウイルス粒子が突然変異によって変化し、これらの変化によって2つの粒子が異なる立体構造をとるようになり、SSCPゲル上で区別できるようになるというものである。^{[ 6 ]}