セクレトグロビン

利用可能なタンパク質構造：
PDB	IPR016126 PF01099 ( ECOD ; PDBsum )
アルファフォールド	IPR016126; PF01099;

セクレトグロビン
セクレトグロビン
識別子
シンボル	セクレトグロビン
Pfam	PF01099
インタープロ	IPR016126
プロサイト	PS51311
SCOP2	d1utra_ / SCOPe / SUPFAM
CDD	cd00633
PDB
利用可能なタンパク質構造：
PDB	IPR016126 PF01099 ( ECOD ; PDBsum )
アルファフォールド	IPR016126; PF01099;

分泌グロビン（SCGB）は、哺乳類にのみ存在する、小型のαヘリックス構造を持つジスルフィド結合型二量体タンパク質のファミリーである。このファミリーは、創始メンバーであるウテログロビンの2つの別名にちなんで、以前はウテログロビン／クララ細胞10kDaファミリーとして知られていた。

構造と機能

これらのタンパク質は主にαヘリックス構造であり、二量体は逆平行に形成される。二量体界面には2つのモノマーをまたぐ空洞があり、ステロイドやリン脂質などの小型から中型のリガンドを収容できる。^{[ 1 ]}結合と解離は、シスチンの酸化還元状態、すなわちこれらのジスルフィド結合の存在と関連している可能性がある。^{[ 2 ]}

多くは規制機能を担っている。

分類

このファミリーは、2006年に配列相同性に基づいて6つのサブファミリーに分類されました。^{[ 3 ]} 2011年の更新によると、ヒトとマウスのゲノムには最初の3つのファミリーのみが含まれています。すべてのファミリーが単系統群であるわけではありません。^{[ 4 ]}

ラットプロスタテイン（ラット前立腺ステロイド結合タンパク質）は、グループ2および3の3つのリポフィリン様遺伝子から構成される3成分の四量体タンパク質複合体です。一部の情報源では、これをリポフィリンのオルソログと説明しています。^[³^]

追加の亜科

サブファミリー4と6は当初、ヒトとマウスで発見されたと記載されていましたが、現在では既存のグループの重複として扱われています。サブファミリー5はそもそもどちらにも見られません。^{[ 3 ]}

サブファミリー4には、以前はグループ1Bおよび2Bとしてグループ4Aとして知られていたものが含まれていました。1B/2B（ABP）遺伝子のペアは、独立して複製された「モジュール」として染色体上でヘッドツーヘッドに配置されています。^{[ 4 ]}

Subfamily 6 was supposed to include human and rat RYD5,^[3] now reassigned Scgb1c1.^[4]

Fel d 1 was supposed to be put into two subfamilies: chain 1 in subfamily 4, and chain 2 in subfamily 5.^[3] Although it is not mentioned in the 2011 update, InterPro matches suggest that CH1 is similar to 1B and CH2 is similar to 2B.^[5] Extra computational research confirms the similarity, invalidating subfamilies 4 and 5 fully.^[6]

References

↑Umland TC, Swaminathan S, Singh G, Warty V, Furey W, Pletcher J, Sax M (August 1994). "Structure of a human Clara cell phospholipid-binding protein-ligand complex at 1.9 A resolution". Nature Structural Biology. 1 (8): 538–45. doi:10.1038/nsb0894-538. PMID 7664082. S2CID 28261246.
↑Härd T, Barnes HJ, Larsson C, Gustafsson JA, Lund J (November 1995). "Solution structure of a mammalian PCB-binding protein in complex with a PCB". Nature Structural Biology. 2 (11): 983–9. doi:10.1038/nsb1195-983. PMID 7583672. S2CID 10369347.
1 2 3 4 5Klug J, Beier HM, Bernard A, Chilton BS, Fleming TP, Lehrer RI, et al. (25 January 2006). "Uteroglobin/Clara cell 10-kDa family of proteins: nomenclature committee report". Annals of the New York Academy of Sciences. 923 (1): 348–54. doi:10.1111/j.1749-6632.2000.tb05549.x. PMID 11193777. S2CID 38862724.
1 2 3 4Jackson BC, Thompson DC, Wright MW, McAndrews M, Bernard A, Nebert DW, Vasiliou V (October 2011). "Update of the human secretoglobin (SCGB) gene superfamily and an example of 'evolutionary bloom' of androgen-binding protein genes within the mouse Scgb gene superfamily". Human Genomics. 5 (6): 691–702. doi:10.1186/1479-7364-5-6-691. PMC 3251818. PMID 22155607.
↑「フェル d 1 チェーン 1」、ハツカネズミ、「フェル d 1 チェーン 2」、ハツカネズミ。インタープロ。
↑ Durairaj R、Pageat P、Bienboire-Frosini C (2018)。「もう一つの猫とネズミのゲーム：SCGBスーパーファミリーの進化を解読し、計算アプローチを使用して主要なネコのアレルゲンFel d 1とマウスABPの分子類似性を探る」。PLOS ONE。13 ( 5 ) e0197618。Bibcode：2018PLoSO..1397618D。doi ： 10.1371 / journal.pone.0197618。PMC 5957422。PMID 29771985。

[1] Umland TC, Swaminathan S, Singh G, Warty V, Furey W, Pletcher J, Sax M (August 1994). "Structure of a human Clara cell phospholipid-binding protein-ligand complex at 1.9 A resolution". Nature Structural Biology. 1 (8): 538–45. doi:10.1038/nsb0894-538. PMID 7664082. S2CID 28261246.

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[cls-3] 1 2 3 4 5Klug J, Beier HM, Bernard A, Chilton BS, Fleming TP, Lehrer RI, et al. (25 January 2006). "Uteroglobin/Clara cell 10-kDa family of proteins: nomenclature committee report". Annals of the New York Academy of Sciences. 923 (1): 348–54. doi:10.1111/j.1749-6632.2000.tb05549.x. PMID 11193777. S2CID 38862724.

[hsa-4] 1 2 3 4Jackson BC, Thompson DC, Wright MW, McAndrews M, Bernard A, Nebert DW, Vasiliou V (October 2011). "Update of the human secretoglobin (SCGB) gene superfamily and an example of 'evolutionary bloom' of androgen-binding protein genes within the mouse Scgb gene superfamily". Human Genomics. 5 (6): 691–702. doi:10.1186/1479-7364-5-6-691. PMC 3251818. PMID 22155607.

[5] 「フェル d 1 チェーン 1」、ハツカネズミ、「フェル d 1 チェーン 2」、ハツカネズミ。インタープロ。

[6] Durairaj R、Pageat P、Bienboire-Frosini C (2018)。「もう一つの猫とネズミのゲーム：SCGBスーパーファミリーの進化を解読し、計算アプローチを使用して主要なネコのアレルゲンFel d 1とマウスABPの分子類似性を探る」。PLOS ONE。13 ( 5 ) e0197618。Bibcode：2018PLoSO..1397618D。doi ： 10.1371 / journal.pone.0197618。PMC 5957422。PMID 29771985。

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