シド

バイオインフォマティクスにおいて、SIDDはストレス誘発性（DNA）二重鎖不安定化の略です。これはプロモーターによって誘発されるのではなく、純粋にDNAの超らせん（トポロジカルとも呼ばれる）性質によって誘発されるDNAの融解です。^[1]これは、クレイグ・J・ベンハムとリチャード・M・ファイによるDNAの統計力学処理に基づいています。 ^{[2]このストレス誘発性の巻き戻しは、}細菌プラスミドのDNAプロモーター領域と一致することが示されており、どの遺伝子が転写されるかに影響を与えることで、外部環境の変化に対する細胞の全体的な反応を方向付ける可能性があります。

計算モデル自体は、特定の DNA 塩基対配列が変性する確率プロファイルと、配列のエネルギープロファイルを計算します。このエネルギープロファイルから、この手法の名前が付けられました。低エネルギーの塩基対は高エネルギーの塩基対よりも安定性が低く (不安定化され)、変性する可能性が高くなります。DNAの結合数(特にねじれ成分) に関連するストレスは、二重らせん (二重鎖) の不安定化を引き起こします。したがって、ストレス誘発二重鎖不安定化と呼ばれます。

アプレット

クレイグ・ベンハムは、入力DNA配列のSIDDプロファイルを計算するオンラインアプレットも開発しました。^[3]また、指定された塩基対配列が変性する確率プロファイルを表示し、変性の実行回数と場所をカウントします。

完全な SIDD 計算法は複雑なため、マシンの処理に多大な時間がかかります。そこで、1999 年の論文で Benham らが提案した高速アルゴリズムが WebSIDD アルゴリズムに実装されました。この高速アルゴリズムは、特定の配座状態の寄与を無視してパーティション関数を切り捨てます。 ^{[引用が必要]}

参考文献

^ Sheridan SD、Benham CJ、Hatfield GW（1998年8月14日）。「上流活性化配列におけるスーパーコイル形成誘導性DNA二重鎖不安定化を必要とする新規DNA構造伝達機構による遺伝子発現の活性化」。The Journal of Biological Chemistry。273（33）：21298–21308。doi ：10.1074/jbc.273.33.21298。PMID 9694890。2013年4月8日閲覧。
^ Fye RM、Benham CJ (1999年3月)。「超らせん状に応力を受け たDNAの局所変性モデルを数値的に解析するための正確な方法」。Physical Review E . 59 ( 3): 3408––3426。Bibcode :1999PhRvE..59.3408F。doi :10.1103/PhysRevE.59.3408 。2013年4月8日閲覧。
^ Bi C、 Benham CJ (2004 年 5 月6日)。「WebSIDD: スーパーヘリカル DNA のストレス誘導二重鎖不安定化 (SIDD) サイトを予測するためのサーバー」。バイオインフォマティクス。20 (9): 1477–1479。doi : 10.1093/bioinformatics/bth304。PMID 15130924。

外部リンク

[1]

[1] Sheridan SD、Benham CJ、Hatfield GW（1998年8月14日）。「上流活性化配列におけるスーパーコイル形成誘導性DNA二重鎖不安定化を必要とする新規DNA構造伝達機構による遺伝子発現の活性化」。The Journal of Biological Chemistry。273（33）：21298–21308。doi ：10.1074/jbc.273.33.21298。PMID 9694890。2013年4月8日閲覧。

[2] ^ Fye RM、Benham CJ (1999年3月)。「超らせん状に応力を受け たDNAの局所変性モデルを数値的に解析するための正確な方法」。Physical Review E . 59 ( 3): 3408––3426。Bibcode :1999PhRvE..59.3408F。doi :10.1103/PhysRevE.59.3408 。2013年4月8日閲覧。

[3] ^ Bi C、 Benham CJ (2004 年 5 月6日)。「WebSIDD: スーパーヘリカル DNA のストレス誘導二重鎖不安定化 (SIDD) サイトを予測するためのサーバー」。バイオインフォマティクス。20 (9): 1477–1479。doi : 10.1093/bioinformatics/bth304。PMID 15130924。