SCHEMA（バイオインフォマティクス）

SCHEMA は、タンパク質工学において、タンパク質の3 次元構造の完全性を損なわずに組み換え可能なタンパク質の断片(スキーマと呼ばれる) を識別するために使用される計算アルゴリズムです。^[1] このアルゴリズムは、タンパク質の異なるアミノ酸残基間の相互作用を計算し、タンパク質の構造ドメインを交換することでどの相互作用が破壊されるかを判断します。これらの破壊を最小限に抑えることで、SCHEMA は、安定して折り畳まれ、親タンパク質と比較して機能が変更されている可能性のあるキメラタンパク質を設計するために使用できます。 ^[2] SCHEMA アルゴリズムは、遠縁の β-ラクタマーゼの組み換えライブラリに適用されています。^[3]

参考文献

^ Voigt, CA; Martinez, C; Wang, ZG; Mayo, SL; Arnold, FH; et al. (2002年6月). 「組み換えによって保存されるタンパク質構成要素」. Nature Structural Biology . 9 (7): 553–558. doi :10.1038/nsb805. PMID 12042875. S2CID 19170079.
^ Otey, CR; Landwehr, M; Endelman, JB; Hiraga, K; Bloom, JD; Arnold, FH (2006 年 5 月). 「構造誘導組換えによりシトクロム P450 の人工ファミリーが作成」. PLOS Biology . 4 (5): e112. doi : 10.1371/journal.pbio.0040112 . PMC 1431580. PMID 16594730 .
^ Meyer, M; Hochrein, L.; Arnold, F (2006). 「構造誘導SCHEMAによる遠縁βラクタマーゼの組み換え」. Protein Eng Des Sel . 19 (12): 563–570. doi : 10.1093/protein/gzl045 . PMID 17090554.

[1] Voigt, CA; Martinez, C; Wang, ZG; Mayo, SL; Arnold, FH; et al. (2002年6月). 「組み換えによって保存されるタンパク質構成要素」. Nature Structural Biology . 9 (7): 553–558. doi :10.1038/nsb805. PMID 12042875. S2CID 19170079.

[2] Otey, CR; Landwehr, M; Endelman, JB; Hiraga, K; Bloom, JD; Arnold, FH (2006 年 5 月). 「構造誘導組換えによりシトクロム P450 の人工ファミリーが作成」. PLOS Biology . 4 (5): e112. doi : 10.1371/journal.pbio.0040112 . PMC 1431580. PMID 16594730 .

[3] Meyer, M; Hochrein, L.; Arnold, F (2006). 「構造誘導SCHEMAによる遠縁βラクタマーゼの組み換え」. Protein Eng Des Sel . 19 (12): 563–570. doi : 10.1093/protein/gzl045 . PMID 17090554.