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| ニセアカシア科 | |
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| 寒天プレート上の 偽心心ピニ | |
科学的分類 
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| ドメイン： | 細菌 |
| 門: | 放線菌類 |
| クラス： | 放線菌 |
| 注文： | シュードノカルディア レス ラベダとグッドフェロー 2015 [2] |
| 家族： | プセウドノカルディア 科 エンブリーら 1989 [1] |
| 属 | |
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本文を参照してください。 | |
| 同義語 | |
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Pseudonocardiaceaeは放線菌目細菌科に属し、 Pseudonocardineae亜目の唯一のメンバーです。
ゲノミクス
Pseudonocardiaceae 科の種は、連結したタンパク質配列に基づく系統樹では明確なクレードを形成します。さらに、現在Frankiales目に属するNakamurella multipartiteも、系統樹のブートストラップ複製の 100% で Pseudonocardiaceae 種とクレードを形成しました。保存されたシグネチャインデルがN. multipartiteと Pseudonocardiaceae 種の 1 つを除くすべてに見られることが確認されています。UMPキナーゼのこの 1 アミノ酸挿入は、Pseudonocardiaceae のほぼすべての分子マーカーを提供するとともに、 N. multipartiteがこのグループに密接に関連していることを示唆しています。また、Pseudonocardiales 目とCorynebacteriales目が密接に関連していることを示唆する証拠もあります。 PseudonocardialesとCorynebacterialesの両方に見られる保存されたシグネチャーインデルがいくつか特定されており、 UDP-ガラクトピラノースムターゼの保存領域における3アミノ酸挿入もその1つである。この挿入はN. multipartiteとFrankialesの別のメンバーであるGeodermatophilus obscurusにも存在する。さらに、Pseudonocardiales目とCorynebacteriales目にのみ見られる5つの保存されたシグネチャータンパク質が特定されている。これらのタンパク質の相同体は一般にN. multipartiteとG. obscurusに見られ、これら2種がPseudonocardiales目とCorynebacteriales目に密接に関連しているというさらなる証拠となっている。[3]
属
Pseudonocardiaceaeは以下の属から構成される: [4]
- アクチノアロ テイカス タムラ 他 2000
- Actinocrispum Hatano et al. 2016年
- アクチノキネオスポラ ハセガワ 1988
- 放線 菌 江ら 2008
- Actinophytocola Indananda et al. 2010年
- アクチノポリス ポラ・ゴクナウアーら 1975 (承認リスト 1980)
- Actinorectispora Quadri et al. 2016年
- アクチノシネマ 長谷川ら 1978 (承認リスト 1980)
- アロクツネリア・ ラベダとクロッペンシュテット 2008
- アロサッカロポリスポラ Teo et al. 2021年
- アミコラト プシス・レシュバリエら。 1986年
- ブナガエア ・メクラット他 2015
- クロッシエラ・ ラベダ 2001
- ガンジャリエラ ・ニンシら。 2019年
- グッドフェロー ウィエラ・ラベダら。 2008年
- ハロアクチノマイセス ・ライ他 2017
- ハロエキノスリックス ・タン他 2010
- ハロポリスポラ ・ライら 2014
- ハロサッカロポリスポラ Teo et al. 2021年
- Herbihavetans Zhang et al. 2016年
- キブデロスポ ランギウム シアラーら 1986
- Kutzneria Stackebrandt et al. 1994年
- ラベディア ・リー 2012
- レンツェア ・ヤシン他 1995
- ロンギミセリウム シア 他 2013
- プラウセラ・ キムとグッドフェロー 1999
- Pseudonocardia Henssen 1957 (承認リスト 1980)
- Qaidamihavetans Tian et al. 2022年
- サッカロモノスポラ ノノムラとオハラ 1971 (承認リスト 1980)
- サッカロポリス ポラ レイシーとグッドフェロー 1975 (承認リスト 1980)
- Saccharothrix Labeda et al. 1984年
- Salinifilum Moshtaghi Ni Kou et al. 2017年
- シシオネラ ・ティアン他 2009
- ソリハビタンズ ジン他 2022
- ストレプトアロテイカス (元Tomita et al. 1978) Tomita et al. 1987
- タマリシ ハビタンス・チンら。 2015年
- サーモクリスプム Korn-Wendisch et al. 1995年
- サーモチュニカ・ ウー他 2014
- ウメザワエア・ ラベダとクロッペンシュテット 2007
系統発生
現在受け入れられている分類法は、命名法上の原核生物名リスト（LPSN）に基づいています。[4]系統発生は全ゲノム解析に基づいています。[5] [a]
注記
- ^ Actinocrispum、Actinorectispora、Bounagaea、Crossiella、Gandjariella、Haloactinomyces、Halopolyspora、Halosaccharopolyspora、Herbihabitans、Labedaea、Longimycelium、Salinifilum、Solihabitans、Tamaricihabitans、およびThermtunicaはこの系統樹には含まれていません。
参考文献
- ^ Embley MT、Smida J、Stackebrandt E (1988)。「ミコレートレス壁ケモタイプIV放線菌の系統発生とPseudonocardiaceae科の新属新種の記述」。Syst . Appl. Microbiol . 11 : 16–19. doi :10.1016/S0723-2020(88)80047-X。
- ^ Labeda DP、Goodfellow M (2012)。「Order XIII. Pseudonocardiales ord. nov.」。Goodfellow M、Kämpfer P、Trujillo ME、Suzuki K、Ludwig W、Whitman WB (編)。Bergey 's Manual of Systematic Bacteriology。第5巻 (第2版)。ニューヨーク: Springer。p. 1301。
- ^ Gao, B .; Gupta, RS (2012). 「放線菌門の主要系統群の系統学的枠組みと分子シグネチャー」。微生物 学および分子生物学レビュー。76 (1): 66–112。doi : 10.1128/MMBR.05011-11。PMC 3294427。PMID 22390973。
- ^ ab Euzéby JP, Parte AC. 「Pseudonocardiaceae」。命名法で定められた原核生物名のリスト（LPSN） 。 2021年6月9日閲覧。
- ^ Nouioui I、Carro L、García-López M、Meier-Kolthoff JP、Woyke T、Kyrpides NC、Pukall R、Klenk HP、Goodfellow M、Göker M (2018)。「放線菌門のゲノムベース の分類」。Front。Microbiol。9：2007。doi ：10.3389 / fmicb.2018.02007。PMC 6113628。PMID 30186281。