プロト・マヤ語は、現存する30のマヤ語族の共通祖先、およびマヤ碑文に記録されている古典マヤ語の仮説上の共通祖先である。マヤ語のサブグループ分けについては議論があるものの、この語族の主な5つのサブグループとして、ワステカ語族、ユカテカ語族、チョラン・ツェルタラン語族、カンホバラン・チュヘアン語族、キチェ語・マメアン語族が概ね合意されている。[ 1 ]

原マヤ語は、以下の音を持つ言語として再構築されている(キャンベルとカウフマン、1985年)。
その言語に声調体系があった可能性は低い。
原マヤ語から現代マヤ語に至るまでの以下の音韻変化は、マヤ語族の分類の基礎として用いられています。それぞれの音韻変化は複数の言語で共通している場合があり、灰色の背景は変化がないことを示します。
口蓋破裂音[tʲʼ]と[tʲ]は、ほとんどの現代語では保持されていませんが、チョル語は例外です。代わりに、異なる系統で異なる形で反映され、これらの音素を口蓋破裂音として再構築することができます。西部系統 (チュジェアン-カンジョバラン語とチョラン語) では[t]と[tʼ]として反映されます。マメアン語では[ts]と[tsʼ]として、ユカテク語とキチェアン語では[tʃʰ]と[tʃʼ]として反映されます。[ 2 ]
原マヤ語の流音[r]は、西部諸語(チュヘアン語族、カンホバラン語族、チョラン語族)、ワステカ語族、ユカテク語族では[j]として表されるが、マメ語族では[tʃʰ]として、キチェ語族とポコム語族では[r]として表される。[ 2 ]
原マヤ語の軟口蓋鼻音*[ŋ]は、東部方言 (Kʼichean–Mamean) では[x]に、Qʼanjobʼalan、Cholan、Yukatekan では[n]に反映され、Chuj と Poptí では[ŋ]としてのみ保存される。[ 4 ] Huastecan では*[ŋ]は[h]に反映される。
原マヤ語の声門摩擦音[h]の変化は多く、位置によって異なる反応を示す。長さの区別を保持する言語では、ある位置では先行する母音に長さが加えられる。他の言語では、[w]、[j]、[ʔ]、[x]、または無反応となる。[ 5 ]
Kʼichean–Mamean 語と一部の Qʼanjobʼalan 語のみが原マヤ語の口蓋垂破裂音[q]と[qʼ]を保持しており、他のすべての分派はこれらをそれぞれ[k]と[kʼ]に変化させている。
マメ語では連鎖的な変化が起こり、*[r]が[t]に、*[t]が[tʃ]に、*[tʃ]が[tʂ]に、*[ʃ]が[ʂ]に変化した。これらのそり舌破擦音と摩擦音は後にカンジョバラン語に拡散した。[ 6 ]
多音節語では、カクチケル語とツツヒル語では、原マヤ語の語末の*[w]と*[ɓ]がそれぞれ[j]と*[ʔ]に変化している。[ 7 ]
ワステカン語は、原マヤ語の*[w]を[b]に変えた唯一の分派です。ワステク語は、音素的に唇音化した軟口蓋音素[kʷ]を持つ唯一のマヤ語ですが、これは植民地時代以降の発展であることが知られています。植民地時代のワステク語の文書と現代のワステク語を比較すると、元々は[k]と円唇母音のクラスターに続いて半母音が付いていたことがわかります。たとえば、現代のワステク語で[kʷiːʃ]と発音される「ハゲワシ」という単語は、植民地時代のワステク語では<cuyx>と書かれ 、 [kuwiːʃ]と発音されていました。
ユカタン諸語はすべて、語末位置で原マヤ語の*[t]を[tʃ]に変化させている。
特にチョラン語とユカタン語などいくつかの言語では、短い[a]が[ɨ]に変化しました。
チョラン語族のすべての言語は、原マヤ語の長母音[eː]と[oː]をそれぞれ[i]と[u]に変化させている。
カンジョブアラン・チュジェアン語(モチョ語とアカテコ語を除く)、カクチケル語、チョラン語では母音の長さの区別が失われている。一部の言語では母音の長さの区別が緊張した弛緩の区別に縮小され、後にほとんどの母音で失われたが、カクチケル語では原マヤ語の[a]の反映として中央の弛緩シュワーのような母音が残っている。[ 8 ]ユカテク語とウスパンテク語の2つの言語とツォツィル語の1つの方言では、以前の母音の長さと[h]と[ʔ]の反映として、母音に高音と低音の区別が導入されている。