タンパク質トポロジー

タンパク質のトポロジーは、変形しても（結合を切断したり破壊したりしない限り）変化しないタンパク質分子の特性です。

フレームワーク

2 つの主要なトポロジーフレームワークが開発され、タンパク質分子に適用されています。

結び目理論

鎖の絡み合いを分類する結び目理論。結び目理論の使用は、ほとんどのタンパク質が結び目がないため、ごく一部のタンパク質に限定されます。

回路トポロジー

回路トポロジーは、鎖内の接触をその配置に基づいて分類します。回路トポロジーは、タンパク質の折り畳み速度^[1]と安定性の決定要因です。^[2]

その他の用途

生物学文献では、トポロジーという用語は、タンパク質構造におけるαヘリックスやβストランドなどの規則的な二次構造の相互配向を指すためにも使用されます^{[3] [1]。たとえば、相互作用する2つの隣接したαヘリックスまたはβストランドは、同じ方向または反対方向に進むことができます。既知の3次元構造を持つさまざまなタンパク質のトポロジー図は、}PDBsumによって提供されます（例）。

参照

参考文献

^ B. Scalvini et al., タンパク質フォールディングの位相原理. 物理化学化学物理学 23, 21316-21328 (2021)
^ J. Woodard et al., 鎖トポロジーはミスセンス変異の病原性を予測する。タンパク質：構造、機能、バイオインフォマティクス90(9) 1634-1644 (2022)
^ Rawlings, CJ; Taylor, WR; Nyakairu, J; Fox, J; Sternberg, M JE (1985). 「論理プログラミング言語PROLOGを使用したタンパク質トポロジーの推論」. Journal of Molecular Graphics . 3 (4): 151–157. doi :10.1016/0263-7855(85)80027-8.

外部リンク

プロ折り紙: タンパク質構造の漫画
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[1] B. Scalvini et al., タンパク質フォールディングの位相原理. 物理化学化学物理学 23, 21316-21328 (2021)

[2] J. Woodard et al., 鎖トポロジーはミスセンス変異の病原性を予測する。タンパク質：構造、機能、バイオインフォマティクス90(9) 1634-1644 (2022)

[3] Rawlings, CJ; Taylor, WR; Nyakairu, J; Fox, J; Sternberg, M JE (1985). 「論理プログラミング言語PROLOGを使用したタンパク質トポロジーの推論」. Journal of Molecular Graphics . 3 (4): 151–157. doi :10.1016/0263-7855(85)80027-8.