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| 開発者 | Insilab（スロベニア国立化学研究所） |
|---|---|
| 初回リリース | 2010年 |
| 書かれた | C++、JavaScript、PHP |
| オペレーティング·システム | Unix系、Windows |
| タイプ | Web サーバー、プラグイン、アルゴリズム、データベース |
| Webサイト | プロビス.cmm.ki.si |
ProBiS は、与えられたタンパク質構造の結合部位とそれに対応するリガンドを予測できるコンピュータソフトウェアです。当初 ProBiS は、2010 年に Janez Konc と Dušanka Janežič によって ProBiS アルゴリズムとして開発され[1]、現在は ProBiS サーバー、ProBiS CHARMMing サーバー、ProBiS アルゴリズム、および ProBiS プラグインとして利用できます。ProBiS という名前は、ソフトウェア自体の目的、つまり与えられたタンパク質構造の結合部位とそれに対応するリガンドを予測することに由来しています。
説明
ProBiS ソフトウェアは、高速最大クリーク アルゴリズムを使用して局所表面構造アラインメントによりタンパク質表面上の構造的に類似した部位を検出する ProBiS アルゴリズムとして始まりました。ProBiSアルゴリズムの後には、局所構造アラインメントに基づいてタンパク質結合部位を検出するプログラム ProBiS へのアクセスを提供する ProBiS サーバーが続きました。使用可能な ProBiS サーバーには、ProBiS サーバーと ProBiS CHARMMing サーバーの 2 つがあります。後者は、ProBiS サーバーとCHARMMingサーバーを 1 つの機能ユニットに接続し、タンパク質−リガンド複合体の予測、およびその形状最適化と相互作用エネルギーの計算を可能にします。これらの追加機能を備えた ProBiS CHARMMing サーバーは、米国国立衛生研究所でのみ使用できます。それ以外の場合は、通常の ProBiS サーバーとして機能します。さらに、ProBiS PyMOLプラグインと ProBiS UCSF Chimeraプラグインが作成されました。両方のプラグインは、インターネットを介して、タンパク質データバンクの既存のタンパク質の結合部位を高速に予測できるように、事前に計算された結合部位比較の新しく準備されたデータベースに接続されます。予測される結合部位とリガンドのポーズを 3 次元グラフィックで表示できます。
タンパク質構築サイトツール
- 構造的に類似した結合部位を検出する
- このツールは、クエリ タンパク質または結合部位を入力として受け取ります。ProBiS アルゴリズムは、配列やフォールドとは関係なく、クエリを非冗長タンパク質構造のデータベースと構造的に比較します。このツールの出力は、Jmol ビューアで構造保存度に応じて青 (非保存) から赤 (構造保存) に色分けされた 3D クエリ タンパク質と、類似タンパク質の表です。
- ペアワイズ局所構造アラインメント
- このツールは、2 つのタンパク質または結合部位を入力として受け取ります。ProBiS アルゴリズムは、形状と物理化学的特性に基づいて構造を比較し、ローカル構造アラインメントを返します。
- ProBiS Web サーバー RESTful Web サービス
- ProBiS Web サーバーは、RESTful (Representational State Transfer) Web サービスを備えており、任意の PDB タンパク質構造の結合部位の類似性とローカル ペアワイズ アラインメントに、任意のスクリプトから簡単にアクセスできるようにします。
- ProBiS-データベースアクセス
- ProBiS データベースには、ProBiS (CHARMMing) サーバー、任意の Web ページに組み込んで ProBiS データベースへのアクセスを提供する ProBiS データベース ウィジェット、または任意のスクリプトから ProBiS データベースに簡単にアクセスできるようにする RESTful Web サービスから直接アクセスできます。
歴史
- 局所構造アラインメントによる構造的に類似したタンパク質結合部位の検出のためのProBiSアルゴリズム（2010年3月）[1]
- ProBiS: 構造的に類似したタンパク質結合部位を検出するためのウェブサーバー (2010年2月) [2]
- ProBiSデータベース: 事前に計算された結合部位の類似性とPdb構造のローカルペアワイズアラインメント（2011年12月）[3]
- ProBiS - 2012: タンパク質内の構造的に類似した結合部位を検出するためのWebサーバーとWebサービス（2012年2月）[4]
- Parallel-ProBiS: タンパク質構造と結合部位の局所構造比較のための高速並列アルゴリズム (2012年3月) [5]
- ProBiS-ligands: タンパク質結合部位の検査によるリガンド予測のためのウェブサーバー (2014年2月) [6]
- ProBiS-Charmming: タンパク質結合部位のリガンドの予測と最適化のためのWebインターフェース（2015年8月）[7]
参考文献
- ^ ab Janez Konc; Dušanka Janežič (2010). 「局所構造アラインメントによる構造的に類似したタンパク質結合部位の検出のための ProBiS アルゴリズム」. バイオインフォマティクス. 26 (9): 1160–1168. doi :10.1093/bioinformatics/btq100. PMC 2859123. PMID 20305268 .
- ^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2010). 「ProBiS: 構造的に類似したタンパク質結合部位を検出するための Web サーバー」。Nucleic Acids Research . 38 (Web サーバー号): W436–W440. doi :10.1093/nar/gkq479. PMC 2896105 . PMID 20504855.
- ^ トモ・チェスニク;ジョアンナ・トリコウスカ・コンク。マテイ・ペンカ;ドゥシャンカ ヤネジッチ (2012)。 「ProBiS データベース: 事前に計算された結合部位の類似性と Pdb 構造の局所的なペアワイズ アラインメント」。化学情報とモデリングのジャーナル。52 (2): 604–612。土井：10.1021/ci2005687。PMC 3287116。PMID 22268964。
- ^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2012). 「ProBiS - 2012: タンパク質内の構造的に類似した結合部位を検出するための Web サーバーと Web サービス」(PDF) . Nucleic Acids Research . 40 (Web サーバー号): W214–21. doi :10.1093/nar/gks435. PMC 3394329 . PMID 22600737.
- ^ ジャネス・コンク;マジャズ・デポリ;ローマン・トロベック。カティ・ロズマン。ドゥシャンカ ヤネジッチ (2012)。 「Parallel-ProBiS: タンパク質構造と結合部位の局所構造比較のための高速並列アルゴリズム」(PDF)。計算化学ジャーナル。33 (27): 2199–2203。土井：10.1002/jcc.23048。PMID 22718529。S2CID 12067419 。
- ^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2014). 「ProBiS-ligands: タンパク質結合部位の検査によるリガンドの予測のためのウェブサーバー」。Nucleic Acids Research . 42 (Web Server 号): W215–20. doi :10.1093/nar/gku460. PMC 4086080 . PMID 24861616.
- ^ ジャネス・コンク;ベンジャミン・T・ミラー;ターニャ・シュトゥラール。サモ・レシュニク。 H・リー・ウッドコック。バーナード・R・ブルックス。ドゥシャンカ ヤネジッチ (2015)。 「ProBiS-Charmming: タンパク質結合部位のリガンドの予測と最適化のための Web インターフェイス」。化学情報とモデリングのジャーナル。55 (11): 2308–2314。土井：10.1021/acs.jcim.5b00534。PMC 8725999。PMID 26509288。
外部リンク
- ProBiS サーバー