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PSI Protein Classifierは、 PSI-BLASTプログラムの連続反復と独立反復の両方の結果を一般化するプログラムです。PSI Protein Classifierは、PSI-BLASTによって検出されたタンパク質が既知のファミリーに属するかどうかを判定します。分類されなかったタンパク質は、類似性に基づいてグループ化されます。PSI Protein Classifierを使用すると、PSI-BLASTの反復回数に基づいて、相同タンパク質のファミリー間の進化距離を測定できます。