OMPdb

OMPdb
コンテンツ
説明	βバレル外膜タンパク質。
生物	グラム陰性細菌
接触
研究センター	アテネ大学
研究室	細胞生物学・生物物理学科
著者	コンスタンティノス D. ツィリゴス、パンテリス G. バゴス、スタブロス J. ハモドラカス
主な引用	ツィリゴスら（2011）
発売日	2011
アクセス
Webサイト	http://www.ompdb.org

OMPdbは、グラム陰性細菌のベータバレル（βバレル）外膜タンパク質を収録した専用データベースです。^{[1]このようなタンパク質は、}受動的な栄養素の摂取、大きな分子の能動輸送、タンパク質の分泌、細菌が毒性を発揮する宿主細胞への接着など、幅広い重要な機能を担っています。

βバレルタンパク質の生物学的重要性と、公開データベースにおける不十分な注釈および分類を合わせると、βバレルタンパク質に関する徹底的な研究と正確なデータ収集の必要性が高まります。

OMPdb に含まれる情報は、配列データのほか、構造特性 (膜貫通セグメントなど) の注釈、文献参照、他の公開データベースへのリンクなど、世界的にユニークな特徴で構成されています。3D 構造が解明されたタンパク質エントリのリストは、該当する場合、各ファミリーエントリページにも表示されます。

データベースとともに、主にPFAM ^[2]データベースから派生した、βバレル外膜タンパク質に特徴的であることが示されたプロファイル隠れマルコフモデルのコレクションもコンパイルされました。このセットは、最近発表されたPRED-TMBB2 ^[3]アルゴリズムと組み合わせて使用すると、新規βバレルタンパク質の識別と分類、および全プロテオーム解析の強力なツールとして機能します。

OMPdb の Web インターフェイスでは、利用可能なデータを表示するだけでなく、データベースのタンパク質エントリ内でテキスト検索を行うための高度なクエリを送信したり、タンパク質やドメインの検索を実行したりすることもできます。データベースの最新バージョンは、さまざまな形式 (フラットテキスト、XML形式、生のFASTAシーケンス) でダウンロードできます。

ダウンロードページでは、βバレルタンパク質の完全なデータセットをダウンロードできます。このデータセットは、PDBTM ^[4]データベース、OPM ^[5] データベース、およびカリフォルニア大学アーバイン校のStephen White研究室の3D構造がわかっている膜タンパク質のリスト（2013-12-25にアーカイブ）の定期的な更新に従ってコンパイルされています。

2014年8月11日から12日にかけて、OMPdbはウェルカムトラストカンファレンスセンターで開催されたタンパク質バイオインフォマティクスとコミュニティリソースのリトリートに参加し、いくつかの専門的なタンパク質リソースの主任研究者と、大規模なバイオインフォマティクスセンターのタンパク質データベースの主任研究者を集めました。この会議では、そのようなリソースの作成と維持に伴ういくつかの共通の重要な課題と、それらに対処するためのさまざまなアプローチが議論されました。^[6]重要な成果は、メンバーリソースの活動の調整を改善することを目的とした専門タンパク質リソースネットワークの作成でした。^[7]

参考文献

^ ab Tsirigos, Konstantinos D; Bagos Pantelis G; Hamodrakas Stavros J (2011 年 1 月)。「OMPdb: グラム陰性細菌のベータバレル外膜タンパク質のデータベース」。Nucleic Acids Res . 39 (データベース号)。イギリス: D324-31。doi :10.1093/ nar /gkq863。PMC 3013764。PMID 20952406。
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[2] Finn, Robert D.; Coggill, Penelope; Eberhardt, Ruth Y.; Eddy, Sean R.; Mistry, Jaina; Mitchell, Alex L.; Potter, Simon C.; Punta, Marco; Qureshi, Matloob (2016-01-04). 「Pfamタンパク質ファミリーデータベース：より持続可能な未来に向けて」。核酸研究。44 ( D1 ): D279–285。doi :10.1093 / nar /gkv1344。ISSN 1362-4962。PMC 4702930。PMID 26673716。

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[4] コズマ、ダニエル;シモン、イシュトヴァーン。トスナディ、ガボール E. (2013-01-01)。「PDBTM: 8 年ぶりの膜貫通タンパク質のタンパク質データバンク」。核酸研究。41 (データベースの問題): D524–529。土井：10.1093/nar/gks1169。ISSN 1362-4962。PMC 3531219。PMID 23203988。

[5] Lomize, Mikhail A.; Pogozheva, Irina D.; Joo, Hyeon; Mosberg, Henry I.; Lomize, Andrei L. (2012-01-01). 「OPM データベースと PPM Web サーバー: 膜内のタンパク質配置リソース」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D370–376. doi :10.1093/nar/gkr703. ISSN 1362-4962. PMC 3245162. PMID 21890895 .

[6] Holliday, Gemma L.; Bairoch, Amos; Bagos, Pantelis G.; Chatonnet, Arnaud; Craik, David J.; Finn, Robert D.; Henrissat, Bernard; Landsman, David; Manning, Gerard (2015-06-01). 「専門的なタンパク質資源の創出と維持における重要な課題」.タンパク質. 83 (6): 1005–1013. doi :10.1002/prot.24803. ISSN 1097-0134. PMC 4446195. PMID 25820941 .

[7] Babbitt, Patricia C.; Bagos, Pantelis G.; Bairoch, Amos; Bateman, Alex; Chatonnet, Arnaud; Chen, Mark Jinan; Craik, David J.; Finn, Robert D.; Gloriam, David (2015-01-01). 「専門的なタンパク質リソースネットワークの作成：タンパク質バイオインフォマティクスとコミュニティリソースリトリートの会議レポート」.データベース：The Journal of Biological Databases and Curation . 2015 : bav063. doi :10.1093/database/bav063. ISSN 1758-0463. PMC 4499208 . PMID 26284514.