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| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | DNA変異の疾患発症の可能性を予測するコンピュータツール |
| 接触 | |
| 研究センター | シャリテ・ベルリン |
| 著者 | ヤナ・マリー・シュワルツとドミニク・ゼーロウ |
| 主な引用 | 24681721 のID |
| アクセス | |
| Webサイト | 翻訳: |
MutationTaster は、 DNA 配列変異の疾患誘発性を評価するための無料の Web ベースのアプリケーションです。このソフトウェアは、遺伝子産物 / タンパク質に対する変異の影響を推定するために、一連のin silicoテストを実行します。テストはタンパク質レベルと DNA レベルの両方で行われるため、MutationTaster は単一のアミノ酸の置換に限定されず、同義またはイントロン変異も処理できます。[1] [2]
背景
多くの遺伝性疾患は、単一遺伝子の変異によって引き起こされる可能性があります。しかし、新しいシーケンシング技術により、1 人の個人がゲノム全体で最大 350 万の変異を持つ可能性があり、そのほとんどは健康に有害な影響を及ぼさないことがわかっています。[3]したがって、予測ツールの課題は、無害な変異を病気を引き起こす変異からフィルタリングすることです。これらのツールは、がんなどの複雑な病気の原因を予測するようには設計されていないことに注意してください。後者は通常、単一遺伝子による原因ではなく、複数の遺伝子の欠陥が累積して病気に発展することで発生します。
アプローチとテスト
Mutation Taster はPerlで書かれており、すべての主要プラットフォーム (Roche 454、Illumina Genome Analyzer、ABI SOLiD) の次世代シーケンスデータを処理できます。プログラムは最初に、統合データベースと比較して、既知の無害な多型である変異を破棄します。残りの SNP (一塩基多型) は、それが引き起こす遺伝子の変化に応じてテストされます。
- アミノ酸の交換をもたらさないサイレント同義またはイントロンの変化
- 単一のアミノ酸に影響を及ぼす変異
- アミノ酸配列に複雑な変化を引き起こす変異（インデルなど）
特定の SNP の性質を判断するために複数のテストが実行されます。これらのテストには、次のようなものがあります。
- アミノ酸置換
- 影響を受けるアミノ酸の保存
- 機能的なタンパク質ドメインの潜在的な損失
- タンパク質の長さ
- スプライシングへの影響
- DNA レベルでの保存 (phastCons / phyloP)
- 制御要素（転写因子結合部位など）の潜在的な無効化
統合されたデータソース（その他）:
- アンサンブル
- ユニプロット
- クリンバー
- エクサック
- 1000ゲノムプロジェクト
- フィロP
- 欠点
次に、個々の結果がナイーブ ベイズ分類器によって評価され、それらの複合効果がタンパク質に有害であるかどうかが判断されます。MutationTaster の「生の」精度は約 90% ですが、一般的な (無害な) 多型と既知の疾患変異に関する知識を含めると、実際の正しい分類率ははるかに高くなります。テスト出力は、変化が既知または予測される無害または疾患を引き起こす変異であるかどうかを説明し、変異に関する詳細な情報を提供します。
重要なのは、突然変異の臨床効果の予測には特異性の欠如があり、これは上記の方法を含む最近使用されているすべての予測方法に共通する制約であると思われることです。それにもかかわらず、これらの方法によって媒介される予測は、ほぼ絶対的な感度に関連付けられています。予測方法の結果は、特にその分野の専門家ではない人々によって、無批判に使用されることがよくあります。[4]
発達
MutationTaster の開発は 2007 年に開始され、ソフトウェアは 2009 年からオンラインで利用可能になりました。MutationTaster は、Charité Berlin でホストされており、現在の開発者は Olivia Ebner、Daniela Hombach、Markus Schülke、Jana Marie Schwarz、Dominik Seelow です。現在の取り組みは、タンパク質コード遺伝子を直接変更しないが、遺伝子の調節と発現に影響を与える変異を統合することに重点を置いています。
参考文献
- ^ シュワルツ、ヤナ・マリー;ローデルスペルガー、クリスチャン。シュエルケ、マルクス。ゼーロウ、ドミニク (2010-08-01)。 「MutationTaster は、配列変化が病気を引き起こす可能性を評価します。」ネイチャーメソッド。7 (8): 575–576。土井:10.1038/nmeth0810-575。ISSN 1548-7105。PMID 20676075。S2CID 26892938 。
- ^ シュワルツ、ヤナ・マリー;クーパー、デビッド N;シュエルケ、マルクス。ゼーロウ、ドミニク (2014-03-28)。 「MutationTaster2: ディープシーケンシング時代の突然変異予測」。ネイチャーメソッド。11 (4): 361–362。土井:10.1038/nmeth.2890。ISSN 1548-7105。PMID 24681721。S2CID 19382079 。
- ^ Wheeler, David A. (2008-04-17). 「大規模並列DNAシーケンシングによる個体の完全ゲノム」. Nature . 452 (7189): 872– 876. Bibcode :2008Natur.452..872W. doi : 10.1038/nature06884 . PMID 18421352.
- ^ Simcikova D 、 Heneberg P（2019年12月）。「メンデル性疾患の発現に関する臨床的証拠に基づく進化医学予測の改良」。Scientific Reports。9 （ 1）：18577。Bibcode ：2019NatSR...918577S。doi ： 10.1038 /s41598-019-54976-4。PMC 6901466。PMID 31819097。
外部リンク
- 公式サイト|[1]