miRBase

miRBase
コンテンツ
説明	マイクロRNAデータベース
接触
研究センター	マンチェスター大学
著者	アナ・コゾマラ
主な引用	コゾマラら（2011）
発売日	2010
アクセス
Webサイト	ミルベース

バイオインフォマティクスにおいて、miRBaseはマイクロRNAの配列と注釈のアーカイブとして機能する生物学的データベースである。 ^[1]^[2]^[3]^[4] 2010年9月時点で、15,172個のマイクロRNAに関する情報が含まれていた。^[1]この数は2018年3月までに38,589個に増加した。^[5] miRBaseレジストリは、マイクロRNA遺伝子に新しい名前を割り当てるための集中システムを提供する。^[6]

miRBaseは、2003年にサム・グリフィス・ジョーンズによって設立されたマイクロRNAレジストリリソースから成長しました。^[7]

アナ・コゾマラとサム・グリフィス・ジョーンズによると、miRBaseには5つの目的がある。^[1]

マイクロRNAの一貫した命名システムを提供する
既知のマイクロRNA配列をすべて収集する中心的な場所を提供する
各マイクロRNAについて人間とコンピュータが読み取り可能な情報を提供する
各マイクロRNAの一次証拠を提供する
マイクロRNAターゲット情報を集約しリンクする

MiRBaseには、アルベオラータ、クロマルベオラータ、後生動物、菌類、緑色植物、ウイルスに属する様々な種のmiRNAが含まれています。緑色植物については、リリース21（2014年）で73種のデータが利用可能です。これには、4800個のユニークな成熟miRNAと8480個の前駆体配列が含まれています。^[8]

MiRBase の現在のバージョンはリリース 22 (2018 年 3 月) です。

参考文献

^ abcd Kozomara, A.; Griffiths-Jones, S. (2010). 「MiRBase: microRNA アノテーションとディープシーケンシングデータの統合」. Nucleic Acids Research . 39 (データベース号): D152–7. doi :10.1093/nar/gkq1027. PMC 3013655. PMID 21037258 .
^ Griffiths-Jones, Sam (2010). 「MiRBase: microRNA 配列と注釈」. Current Protocols in Bioinformatics . 第 12 巻、第 12 章、pp. Unit 12.9.1–10. doi :10.1002/0471250953.bi1209s29. ISBN 978-0471250951. PMID 20205188. S2CID 19303675.
^ Griffiths-Jones, S.; Saini, HK; Van Dongen, S.; Enright, AJ (2007). 「MiRBase: microRNA ゲノミクスのためのツール」. Nucleic Acids Research . 36 (データベース号): D154–8. doi :10.1093/nar/gkm952. PMC 2238936. PMID 17991681 .
^ Griffiths-Jones, Sam (2006). 「MiRBase: マイクロRNA 配列データベース」.マイクロRNA プロトコル. 分子生物学の方法. 第 342 巻. pp. 129–38. doi :10.1385/1-59745-123-1:129. ISBN 1-59745-123-1. PMID 16957372。
^ 「Mirbase 22 リリースノート」。
^ Griffiths-Jones, S.; Grocock, RJ; Van Dongen, S; Bateman, A; Enright, AJ (2006). 「MiRBase: microRNA の配列、ターゲット、遺伝子命名法」. Nucleic Acids Research . 34 (データベース号): D140–4. doi :10.1093/nar/gkj112. PMC 1347474. PMID 16381832 .
^ Griffiths-Jones S (2004 年 1 月). 「マイクロ RNA レジストリ」. Nucleic Acids Res . 32 (データベース号): D109–11. doi :10.1093/nar/gkh023. PMC 308757. PMID 14681370 .
^ Nithin, Chandran; Thomas, Amal; Basak, Jolly; Bahadur, Ranjit Prasad (2017-11-15). 「Cajanus cajanにおけるmiRNAとlncRNAのゲノムワイド同定」. BMC Genomics . 18 (1): 878. doi : 10.1186/s12864-017-4232-2 . ISSN 1471-2164. PMC 5688659. PMID 29141604 .

外部リンク

miRBase

[pmid21037258-1] Kozomara, A.; Griffiths-Jones, S. (2010). 「MiRBase: microRNA アノテーションとディープシーケンシングデータの統合」. Nucleic Acids Research . 39 (データベース号): D152–7. doi :10.1093/nar/gkq1027. PMC 3013655. PMID 21037258 .

[pmid20205188-2] Griffiths-Jones, Sam (2010). 「MiRBase: microRNA 配列と注釈」. Current Protocols in Bioinformatics . 第 12 巻、第 12 章、pp. Unit 12.9.1–10. doi :10.1002/0471250953.bi1209s29. ISBN 978-0471250951. PMID 20205188. S2CID 19303675.

[pmid17991681-3] Griffiths-Jones, S.; Saini, HK; Van Dongen, S.; Enright, AJ (2007). 「MiRBase: microRNA ゲノミクスのためのツール」. Nucleic Acids Research . 36 (データベース号): D154–8. doi :10.1093/nar/gkm952. PMC 2238936. PMID 17991681 .

[pmid16957372-4] Griffiths-Jones, Sam (2006). 「MiRBase: マイクロRNA 配列データベース」.マイクロRNA プロトコル. 分子生物学の方法. 第 342 巻. pp. 129–38. doi :10.1385/1-59745-123-1:129. ISBN 1-59745-123-1. PMID 16957372。

[5] 「Mirbase 22 リリースノート」。

[pmid16381832-6] Griffiths-Jones, S.; Grocock, RJ; Van Dongen, S; Bateman, A; Enright, AJ (2006). 「MiRBase: microRNA の配列、ターゲット、遺伝子命名法」. Nucleic Acids Research . 34 (データベース号): D140–4. doi :10.1093/nar/gkj112. PMC 1347474. PMID 16381832 .

[pmid14681370-7] Griffiths-Jones S (2004 年 1 月). 「マイクロ RNA レジストリ」. Nucleic Acids Res . 32 (データベース号): D109–11. doi :10.1093/nar/gkh023. PMC 308757. PMID 14681370 .

[8] Nithin, Chandran; Thomas, Amal; Basak, Jolly; Bahadur, Ranjit Prasad (2017-11-15). 「Cajanus cajanにおけるmiRNAとlncRNAのゲノムワイド同定」. BMC Genomics . 18 (1): 878. doi : 10.1186/s12864-017-4232-2 . ISSN 1471-2164. PMC 5688659. PMID 29141604 .