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マガモ複合体とは、世界中に生息し、すべて共通の祖先から派生したと考えられている、密接に関連したマガモ属の種を指します。マガモ複合体の種は、複合体内の他の種との間で頻繁に交雑することが知られています。複合体内の種は、交雑、祖先の遺伝的変異の保持、またはその両方により、遺伝的に区別することが非常に困難です。マガモ複合体のカモ、特に「マガモ類」の表現型は、交雑、戻し交配、および祖先の遺伝的変異の保持により、通常は持たない形質が種に付与される可能性があるため、区別が困難です。たとえば、アメリカクロガモ（Anas rubripes ）は、祖先の遺伝物質の保持またはマガモ（Anas platyrhynchos ）からの遺伝子流入により、鏡の上下に二重の白い帯を持つことがあります。
北米に生息する同種の生物群については、研究者らは遺伝子データセット（3000以上の遺伝子座を含む）を用いて、個体をそれぞれの分類群に分類した。また、特定の種間および変異体間の遺伝子流動の程度も観察できた。遺伝情報が他の種の集団に移動することは、一部の種が遺伝的純粋性を大きく失う可能性があるため、長年にわたり自然保護活動家にとって懸念事項であった。特に、個体数と生息域が限られているメキシコガモ（Anas diazi ）のような種にとっては深刻な問題である。
祖先由来の遺伝的変異の保持は、不完全系統選別（ILS）と二次接触後の遺伝子浸透によって引き起こされる可能性がある。これら2つの要因により、近縁種間で遺伝的変異が共有される可能性があり、これがアメリカクロガモやマダラガモ（Anas fulvigula）の鏡鏡に目立つ白い部分があったり、メキシコガモに緑色の斑点があったりする理由かもしれない。この複合種の一部に見られるこれらの稀な表現型は、マガモの遺伝子流動の結果ではなく、祖先由来の遺伝的変異の結果である可能性もある。
マガモ類複合体に含まれるすべての種は、重複する生息域内の他の種と交雑することが知られています。特に、飼育されているマガモと野生のマガモは交雑しやすいことで知られており、マガモ類複合体内だけでなく、アナス島外でも頻繁に交雑することが知られています。交雑しやすい性質は、マガモからの遺伝子流入がメキシコガモなどのより脆弱な種の純粋な個体群を汚染する可能性があるため、保護活動家たちの懸念となっています。 [ 2 ]比較的個体数の少ないメキシコガモは、マダラガモとマガモの両方から遺伝子流入を受けています。マガモ類複合体内の種が交雑し戻し交配する傾向があるため、純粋な遺伝子が希釈され、種の遺伝的純度に問題が生じる可能性があります。特に戻し交配は、マガモ以外の種に悪影響を与える可能性があります。なぜなら、多くの場合、雑種がより脆弱な種と交配し、さらなる遺伝的希釈につながるからです。アメリカクロガモの飼育研究では、雑種はホールデンの法則に従い、雑種の雌は性成熟に達する前に死亡することが多いことがわかっています。
マガモ類複合体は、12の近縁種からなるマガモ属の大きな枝である。[ 3 ]