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大西洋岸森林地帯には、連邦の保護区が131箇所、州の保護区が443箇所、市の保護区が14箇所、民間の保護区が124箇所あり、ブラジルのゴイアス州を除く16州にまたがっています。保護地域は生物群系の2%未満しかカバーしておらず、完全な保護地域は残存地のわずか24%しか保護していません。多くの保護区は非常に小さく孤立した断片で構成されており、絶滅危惧種の脊椎動物の半数はどの保護地域にも生息していません。その他の関連する問題としては、保護区を維持するためのインフラの不足や、イリャ・ド・カルドーゾ州立公園、スーペラグイ国立公園、モンテ・パスコアル国立公園に見られるような先住民の指導者との一連の行き詰まりなどがあります。[ 1 ]
ブラジルの保護区のすべてのカテゴリーの中で、自然遺産保護区（RPPN）は、残存する森林の大部分が依然として私有地であるため、新しい保護区を確立する上で最も重要です。北東部では、RPPNは、特に鳥類などの固有種や絶滅危惧種の重要な断片を保護しています。新しい保護区を作成するもう1つの戦略は、保護区を公式に宣言した市町村や州に付与される税制上の補償であるICMS Ecológicoです。 [ 1 ] [ 2 ]
アルゼンチンとパラグアイには、アルト・パラナ大西洋岸森林生態地域に重要な保護区があり、ブラジルではイグアス国立公園、モロ・ド・ディアボ州立公園、トゥルボ州立公園に集中しています。ミシオネス州、セラ・ド・マール、バイーア州南部の保護区は、大西洋岸森林の最大の連続した残存地を構成しています。生物多様性と重要な生態学的プロセスを維持するために、これらの各地域の保護区を結ぶ野生生物回廊を作ることを提案しています。[ 1 ] [ 3 ] [ 4 ]
大西洋岸森林地帯には多数の保護区があり、そのほとんどは小さく孤立している。このセクションでは、重要な生態回廊の「コアゾーン」として基本的な機能を果たす保護地域を列挙する。[ 52 ] [ 53 ]
生物圏保護区は、ユネスコが世界中のさまざまな生物群系の保護においてより地域的な活動を促進する目的で設立した保護区の集合体です。ブラジル、アルゼンチン、パラグアイにまたがる大西洋岸森林地域には4つの保護区があります。 [ 108 ] [ 109 ]