潜在的意味構造のインデックス作成

潜在的意味構造索引( LaSSI ) は、潜在的意味解析(LSA)から得られる化学的類似性を計算する手法です。

LaSSIはメルク社で開発され、2007年にリチャード・ハル、ユージン・フルーダー、スレッシュ・シン、ロバート・シェリダン、ロバート・ナックバー、サイモン・カーズリーによって 特許を取得しました^{[1] 。}

LaSSI は、項目のコーパスから出現マトリックスを構築し、そのマトリックスに特異値分解を適用して潜在的な特徴を導き出すという点で LSA に似ています。異なるのは、出現マトリックスが化学構造の化学データベース内にある 2 次元および 3 次元の化学記述子 (自然言語用語ではなく) の頻度を表すことです。このプロセスにより、潜在的な化学構造概念が導き出され、薬物発見のための化学的類似性や構造活性関係の計算に使用できます。

• Hull, RD, Fluder, EM, Singh, SB, Nachbar, RB, Sheridan, RP および Kearsley, SK (2001)「化学的類似性を定義するための潜在的意味構造索引 (LaSSI)」J Med Chem、2001 年 4 月 12 日;44(8):1177–84。doi : 10.1021/jm000393c
• Hull, RD, Singh, SB, Nachbar, RB, Sheridan, RP, Kearsley, SK および Fluder, EM (2001)「潜在的意味構造索引 (LaSSI) を使用した化学類似性検索および TOPOSIM との比較」J Med Chem、2001 年 4 月 12 日;44(8):1185–91。
• Singh, SB, Sheridan, RP, Fluder, EM および Hull, RD (2001)「共同化学プローブによる化学採石場の採掘: 潜在的意味構造インデックス (LaSSI) と TOPOSIM (Dice) の化学データベース マイニングへの応用」J Med Chem、2001 年 5 月 10 日;44(10):1564–75。