イソミR

isomiR（iso- + miR）は、基準配列に対して変異を持つmiRNA配列です。この用語は、2008年にMorinらによって造られました。 ^[1] isomiR発現プロファイルは、人種、人口、性別の依存性を示すこともわかっています。^[2]

主なバリエーションの種類は 4 つあります。

5'トリミング - 5'ダイシング部位は参照miRNA配列の上流または下流にある
3' トリミング - 3' ダイシングサイトは参照 miRNA 配列の上流または下流にあります
3'ヌクレオチド付加 - 参照miRNAの3'末端に付加されるヌクレオチド
ヌクレオチド置換 - miRNA 前駆体からのヌクレオチドの変化。これは転写後修飾と同様のプロセスであると考えられています。

発見

miRBase は、ゴールドスタンダードの miRNA データベースと考えられており、何千もの実験で検出された miRNA 配列を格納しています。このデータベースでは、各 miRNA は miRNA 前駆体と 1 つまたは 2 つの成熟 miRNA (-5p および -3p) に関連付けられています。これまで、同じ miRNA 前駆体は同じ miRNA 配列を生成すると常に言われてきました。しかし、ディープシーケンシングの出現により、研究者は miRNA 生合成の大きな変動を検出できるようになりました。つまり、同じ miRNA 前駆体から、潜在的に異なるターゲットを持つ多くの異なる配列が生成される可能性があります。^[3]^[4]^[5]または、mRNA 発現の反対の変化につながることさえあります。^[4]

生合成

シーケンシングの出現により、科学者は膨大な数の新しい miRNA を解明し、関連する生合成に関する知識を増やし、これまで無視されてきた miRNA の転写後編集プロセスを発見できるようになりました。これらのプロセスは主に、miRBase で 3' 末端と 5' 末端に注釈が付けられている現在の miRNA の変異と、miRNA の長さに沿ったヌクレオチド置換を低頻度で生成します。^[6]^[7]^[8]^[9]これらの変異は主に、切断部位の Drosha と Dicer のシフトによって生成されますが、3' 末端でのヌクレオチドの追加によっても生成され、^[10]注釈の付けられた miRNA とは異なる新しい配列が生成されます。これらは、2008 年に Morin らによって「isomiR」と名付けられました。IsomiR は、後生動物のさまざまな種でよく確立されており^[11]^[12]^[13]^[14]^[15]、ヒト幹細胞とヒト脳サンプルで初めて詳細に説明されました。^[8]^[9]さらに、次世代シーケンシングのサンプル調製中に RNA が分解されることで isomiR が発生するのではないことが証明されています。^[16] miRNA の多様性を前駆体の構造的基礎によって説明しようとした研究もありますが、明確な結果は得られていません。^[17] 3' 末端でのアデニル化またはウリジニル化 (3' 付加 isomiR) の機能は、miRNA-3'-UTR の安定性の変化に関連しています。^{[18]さらに、}D. melanogasterとHippoglossus hippoglossus L.の発達中に isomiR の差次的発現が検出され、生物学的機能が示唆されています。^[15]^[19]

トリミングのバリエーション: Drosha および/または Dicer によるわずかな変化により可能になります。
ヌクレオチド付加：ワイマンら^[20]は、ヌクレオチド転移酵素がmiRNA配列に個々のヌクレオチドを付加するプロセスについて説明している。
ヌクレオチド置換: このようなイベントでは、非常に幅広い変化が考えられます。その一部は、 mRNA が関与する転写後RNA 編集イベントで起こることと同様に、A から G または C から U のような現在のアデノシンデアミナーゼによって説明できます。

参考文献

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外部リンク

miRベース

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